В середині XVI сторіччя братства першими прийняли на власні груди удар католицької експансії й досить швидко виробили стратегію боротьби з нею. Вони по–діловому перейняли передовий досвід ордену єзуїтів із впровадження ідеалів своєї релігії у всі сфери суспільного життя й почали активний наступ на панування латинської віри в Галичині, на Волині та в Білорусії. Маючи у своєму розпорядженні значні кошти, братства підтримували будівництво православних храмів, надавали допомогу парафіяльній церкві в оздобленні й організації урочистих богослужінь. Під час таких заходів бідним прихожанам роздавалась щедра милостиня, людей пригощали обідом і напоями, іноді влаштовуючи під час православних свят справжні бенкети. Таким чином, братчики досить відчутно піднімали авторитет православної церкви серед міщанства, і невдовзі на їхню діяльність звернули найпильнішу увагу як духовна, так і світська влада Речі Посполитої, яка несподівано для себе з'ясувала, що боротися із впливом братств на маси населення значно важче, аніж здавалось на перший погляд.

Уже з перших своїх кроків, зроблених у справі захисту православної церкви, у братствах зрозуміли: освіта — найкраща зброя для оборони своєї віри і культури від чужорідного впливу. Саме освіта є тим фундаментом, який потрібен для подальшої діяльності людини та утвердження її в суспільстві, тому навчанню в православних традиціях надавалась серед діяльності братств першочергова роль. Тож у другій половині XVI сторіччя при братствах стартував процес створення так званих братських шкіл.

Значна увага серед навчального процесу у братських школах приділялась слов'янській та українській мовам. Крім того, там вивчалися грецька мова та латина, що сприяло засвоєнню праць античних філософів та богословів, вивченню надбань тогочасної європейської науки і культури. Учні слов'яно–греко–латинських шкіл, окрім мов, оволодівали програмою так званих «семи вільних наук», яка поділялася на дві категорії: тривіум — граматика, діалектика і риторика, а також квадривіум — музика, арифметика, геометрія, астрономія. Такий підхід до навчального процесу давав можливість ознайомлювати учнів із переважною більшістю тогочасних наук. Пізніше окремі братські школи переросли у вищі навчальні заклади, як, наприклад, Києво–Могилянська академія, створена на базі Київської братської школи, котра існує до нашого часу, залишаючись стовпом української національної освіти.

Викладачами у братських школах працювали здебільшого українці. Вони намагались виховувати своїх учнів у руслі православних традицій, оберігаючи їх від впливу чужорідних для Русі отців–єзуїтів. Досить скоро братства почали не лише відігравати велику роль в освіті українців, але й поставили владу перед необхідністю сприймати їх як нову внутрішньополітичну силу, з якою неможливо було не рахуватись. Варто зауважити, що становлення братських шкіл не зустрічало значного опору з боку влади Речі Посполитої. Під тиском прогресивних українських сил — братств польський король Стефан Баторій, який дозволив відкрити першу школу при Віденському братстві, з 1585 року поширив це право на всі братства Великого князівства Литовського та Галичини. Того ж року було зроблено перший набір до Львівської братської школи, а невдовзі подібні заклади почали працювати в Рогатині, Городку, Перемишлі, Луцьку, Вінниці, Немирові, Кам'янці–Подільському, Кременці, Києві та в інших містах. Усього в Україні напередодні Брестської унії нараховувалось близько тридцяти братських шкіл.

Окрему увагу хочемо звернути на соціальний стан учнів братських шкіл. У них навчалися діти не лише шляхти, духовенства або багатих міщан. Тут можна було побачити представників усіх прошарків населення, навіть найбідніших. Непоодинокими були випадки утримання братськими школами учнів–сиріт. їх утримували коштами братства за рахунок благодійних внесків, а отже, бідні та сироти мали змогу вчитися безкоштовно. При цьому виключалася будь–яка несправедливість по відношенню до учнів з боку представників братства. «Навчати й любити всіх дітей однаково» було основною заповіддю дідасколів[3] братських шкіл.

Не дивно, що на фоні такої прогресивної діяльності православних братств Великого князівства Литовського всі потуги католицької церкви із придушення «схизми» та підпорядкування православної церкви римському папі зазнавали систематичних невдач. Тож згодом самі братства почали розглядатись у Римі, як ворожий елемент, а боротьбі з ними присвячувались усе нові й нові програми ордену єзуїтів, котрі, як не дивно, зустрічали в Україні й Білорусії палку підтримку верхівки самої православної церкви. Підґрунтя для впровадження Брестської унії було створене.

Активна діяльність братств, розпочата наприкінці XVI сторіччя, викликала, як не дивно це виглядає, активну протидію саме православної церковної влади, котра мимоволі стала пособником єзуїтів у поваленні власної ієрархії. Вищі кола православного духовенства досить швидко вступили у відвертий конфлікт з братствами, які мали на меті піднесення рівня релігійності й церковних відносин в Україні. Відомо, що у Львові між місцевим єпископом і Львівсько–Успенським братством почався досить голосний конфлікт за сферу впливу на життя православної громади центру Руського воєводства. Результатом цього конфлікту стало те, що львівські братчики, намагаючись переступити єпископську владу, звернулися напряму до Константинопольського патріарха із проханням надати їм ставропігію.[4] В той час Константинопольський патріарх доволі часто бував в Україні, подорожуючи з Константинополя до Москви та назад. Тож на власні очі міг бачити стан справ, у якому опинилась колись процвітаюча руська церква. З огляду на це не дивно, що в конфлікті між братством та єпископом він пристав на бік братства, надаючи йому всю можливу підтримку для здійснення задумів. Слідом за Львівським із–під влади єпископів були виведені й Київське, Рогатинське, Красноставське, Городоцьке, Галицьке, Перемишльське, Любачевське, Дрогобицьке та інші братства, які отримали право ставропігій. Усі вони відтепер мали досить широкі можливості для контролю релігійного життя на місцях, створюючи справжній головний біль для православних єпископів. Незважаючи на бажання останніх відігравати головну роль у житті православної церкви, братства дедалі активніше втручалися в їхню діяльність, намагаючись усіма можливими засобами припинити кризу, котра, як ми знаємо, почалась у владі української православної церкви. Відомо, що саме за клопотанням Львівського Успенського братства у 1589 році Константинопольський патріарх Ієремія II Транос патріаршим декретом позбавив влади Київського митрополита Онисфера, якого братчики звинувачували як «двоєженця і людину віри сумнівної».

Звичайно, такі втручання патріаршої влади у справи місцевого православного духовенства України й надання покровительства братствам викликали з боку єпископів повне незадоволення й спроби опору. Саме на цій хвилі серед українського та білоруського православного духовенства вищої ланки з'являються перші думки звільнитися зовсім з–під влади константинопольських патріархів. Того ж року львівський єпископ Гедеон Балабан, який і раніше активно перешкоджав діяльності Успенського братства, а тепер був вражений ще й розправою львівських братчиків над Онисфером, звернувся до львівського католицького архієпископа з заявою. У ній він зазначав, що бажає звільнитися від влади Константинопольського патріарха і перейти в католицьке віросповідання.

Створений Гедеоном Балабаном прецедент дав змогу й іншим невдоволеним представникам православного духовенства шукати захисту та підтримки у папи римського. Вже наступного, 1590 року ще троє українських єпископів виявили бажання піти шляхом львівського владики. Ними були єпископ Холмський і Белзький Діонисій Зборуйський, єпископ Луцький Кирило Терлецький та Пінський і Турівський єпископ Леонтій Пельчинський. На з'їзді у Белзі, який відбувся того року, ці представники духовенства висловили думку про доцільність унії з католицькою церквою. Своє бажання Балабан, Зборуйський, Пельчинський і Терлецький мотивували зловживанням владою, яке чинили константинопольські патріархи, самовільними розпорядженнями патріархів стосовно єпископів, а також підтримкою ними братств. Одразу після з'їзду в Белзі четверо вищезгаданих єпископів розпочали переговори з королем Польщі, який, і цьому навряд чи варто дивуватись, одразу пообіцяв їм усебічну монаршу підтримку. Можемо лише здогадуватися, яке полегшення у владних колах Королівства Польського і ордену єзуїтів викликало звернення православних єпископів. Адже після стількох спроб і невдач, після багатьох десятків років протистояння з упертою православною церквою в Україні та Білорусії її вище духовенство саме пропонувало позбутися настирливої конкуренції, що її досі мала церква католицька на руських землях, і підпорядкувати Риму колосальні багатства, котрі раніше належали православному духовенству. Відомо, що вже у 1594 році єпископи виступили з ідеєю унії церков відкрито, а в 1595–му вони активно обговорювали майбутню унію з представниками Ватикану, готуючи її юридичні основи. Того ж року Кирило Терлецький і єпископ Володимирський Іпатій Потій, котрий теж приєднався до лобістів унії, відвідали Рим, отримавши благословення папи Климента VIII на впровадження церковної злуки.