В історичній літературі XIX–XX сторіч, як і в доробку сучасних авторів–істориків, побутують різноманітні оцінки Берестейської церковної унії 1596 року. І, як часто буває в історіографії незалежної України, ці оцінки інколи мають протилежні полюси, від беззаперечного схвалення до осуду. Створення греко–католицької церкви, котра у наш час має велику кількість прихильників на заході України, засуджують насамперед проросійськи налаштовані жителі сходу України і росіяни самої Росії, часто плутаючи політику з релігією. Однак слід зауважити, що серед науковців, відомих своєю проукраїнською позицією, теж немає одностайного схвалення унії й створення греко–католицької церкви.

На думку історика Н. Полонської–Василенко, Берестейська унія не внесла спокою в Україну й не поєднала церков, як це очікувалось її прихильниками. Навпаки, після проведення Собору у Бресті, крім двох, тобто православної і католицької, з'явилася третя церква — уніатська. Вона, на думку Полонської–Василенко, ще більше роздробила українське суспільство.

На відміну від Полонської–Василенко, І. Крип'якевич зауважував, що унію, з одного боку, викликав натиск католицької церкви, а з другого — політична криза в самому українському суспільстві. Зміна ставлення Речі Посполитої до української церкви, припинення переслідувань православних, досягнення рівних прав із польською шляхтою робили унію особливо принадною як для пригніченого населення, так і для панівних класів. Усі вони, відзначав Крип'якевич, воліли дійти компромісу з Польсько–Литовською державою: «Це був час сірої, щоденної праці, що дала підбудову під національну культуру й уможливила розвиток національної революції».

М. Грушевський теж живо відгукався на тему Брестської унії. Але у його роботах більший наголос робився не на схвальну або засуджуючу оцінку унії. Істориком швидше проводився аналіз того факту, що після проголошення унії у Бресті з'явилась велика кількість полемічних творів на захист унії або спрямованих проти її засад. Це, на думку Грушевського, є яскравим свідченням значної активізації культурного життя в Україні часів кінця XVI — початку XVII сторіччя. Науковець наводить за приклади такі твори, як «Апокризис» Мартина Броневського, що побачив світ наприкінці XVI сторіччя та підписаний псевдонімом Христофор Філалет, монографії Івана Вишенського, визначного полеміста початку XVII сторіччя, праці Мелетія Смотрицького й багатьох інших. Нижче ми розглянемо докладніше деякі з цих творів.

Д. Дорошенко, видатний український історіограф початку XX сторіччя, нащадок старовинного козацького роду, що подарував Україні двох гетьманів, вважав: прийняття Брестської унії поглиблювало розкол в українському суспільстві й послаблювало його здатність протистояти польському культурному та релігійному натиску. Тобто можна говорити, що, як і багато сучасних істориків, Дорошенко підходив до проблем Брестської унії передусім з боку соціального розвитку українських земель, аніж релігійних канонів.

За радянських часів Берестейська унія розглядалась науковцями переважно як результат католицької експансії, здійснюваної єзуїтами. Зокрема В. Голобуцький тлумачив її як інструмент феодальної колонізації східних регіонів України польським магнатством. Радянськими істориками наголошувалось на тому, що Брестська унія призвела до посилення в цих землях кріпацтва, яке спричинило різке загострення національних і класових протиріч. Роблячи наголос на долі поневоленого польськими магнатами селянства, радянська історіографія майже не звертала уваги на релігійний аспект питання, тому в її оцінках, на нашу думку, є певна однобічність у підходах до проблеми, що розглядалась.

Дещо змінилась думка дослідників у новітній час, тобто після здобуття Україною незалежності. Погляд, характерний для багатьох сучасних істориків, викладений у «Довіднику з історії України». На його сторінках зазначено, що Брестська унія 1596 року була викликана необхідністю виправити наслідки церковного розколу. Сприяла цьому кризова ситуація, в якій перебувала православна церква в Україні. Важливим фактором, що спонукав до укладення унії, була також необхідність протистояти латинізації й полонізації української освітянської еліти і домогтися зрівняння в правах українського духовенства з католицьким.

Ще один відомий український історик в еміграції, О. Субтельний, зауважує, що внаслідок Брестської унії виникла ситуація, коли існувала церковна ієрархія без віруючих і віруючі без своїх ієрархів.

На думку ж історика Н. Яковенко, православний загал України–Русі нічого не втрачав із впровадженням Брестської унії. Нічого не загрожувало, на думку Яковенко, й зовнішній традиційній обрядовості православної церкви, а в основі ворожого ставлення до унії лежав ментальний опір новині, неприйняття будь–якого нововведення.

Дослідник Л. Тимошенко розглядає унію церков, яка відбулася на Брестському соборі, з точки зору впливу представників гуманістичного й такого, що був спрямований проти реформації напрямку католицької церкви. Він вважає, що поглинення уніатської церкви католицькою не сталося, тому не можна вважати, що після 1596 року була реалізована програма полонізації українських земель, а отже, негативно оцінювати Брестську унію було б неправильно.

Таким чином, ми можемо стверджувати, що більшість науковців не вважає Брестську унію однозначно негативною подією, надаючи перевагу думці про те, що вона мала як негативні, так і позитивні наслідки для народу України. Отже, після такого досить довгого історичного екскурсу і аналізу причин, які призвели до проголошення Брестської унії, розглянемо, що ж безпосередньо відбувалось на Соборі у Бресті.

Як ми зазначали раніше, ініціатором і головною опорою Брестської унії був Луцько–Острозький єпископ Кирило Терлецький. Другим із православних єпископів, котрі стали ядром впровадження Брестської унії, був Володимиро–Берестейський єпископ Іпатій Потій, котрий на той час перебував також на посадах сенатора й каштеляна Речі Посполитої. Згодом до справи встановлення церковної злуки був втягнутий і сам київський митрополит Михайло Рогоза. Втім, останній уній значної ролі не відігравав, відрізняючись від решти фундаторів греко–католицької церкви деякою нерішучістю. Влітку 1590 року, одразу після з'їзду в Белзі, Рогоза вирішив оголосити про скликання у Бресті православного синоду, метою якого, за словами митрополита, мало стати обговорення кризи православної церкви, що виникла на той час, а також методів її усунення. На синоді у Бресті, окрім єпископів, які брали участь у Белзькому з'їзді й про яких ми згадували вище, мав бути присутнім і митрополит Володимирський Мелетій Хребтович.

Під час синоду, на якому всі інші розглядувані питання стали лише прикриттям основного — складання декларації від православного духовенства польському королю, все було розігране немов по нотах. Декларацію швидко прийняли, і невдовзі Кирило Терлецький виїхав до Варшави, щоб там передати Сигізмунду III таємно прийнятий документ. Ще кілька років ініціатори унії намагались не афішувати задуманого, вийшовши з ідеєю церковної злуки на суд короля і папського нунція Маласпіні в кінці 1594 року. Це відбулось у Кракові, коли представникові Ватикану були вручені так звані Торчинські артикули, із підписами тодішнього митрополита Михайла Рогози та сімох владик. Не гаючись, Маласпіні передав Торчинські артикули до Рима.

Вихідним пунктом цих артикулів, котрі й мали стати догмами нової греко–католицької церкви, були рішення Флорентійського собору, прийняті у 1439 році. За цими ухвалами, духовенство й миряни греко–католицької церкви мали підпадати під вплив папського престолу у Римі й навіть прийняти новий календар. Натомість більшість обрядів нової церкви мала перейти від православної, за винятком хіба питання причастя, яке остаточно мав вирішити папа Климент VIII. Ще однією відмінністю греко–католицьких священиків від римо–католицьких стала необов'язковість для них целібату, тобто обітниці безшлюбності. Були дозволені шлюби між католиками й уніатами, акцентуючи увагу на більш привілейованому становищі греко–католицької церкви щодо православної, для представників якої мішані шлюби, як ми пам'ятаємо, були заборонені. Резолюцією папського престолу уніатським єпископам дозволялось відправляти службу в римо–католицьких храмах і навпаки, католицьке духовенство могло здійснювати свою діяльність в уніатських церквах. Крім того, і це вкрай важливо, уніатські священики могли займати посади в уряді й сенаті Речі Посполитої нарівні з католицьким духовенством.