21 октября 1899 г. «Кайзер Фридрих III» вступил на место выведенного за день до этого из состава флота устаревшего броненосца 3-го класса «Баден». Новый линкор практически сразу же сделали флагманским кораблём 2-й дивизии 1-й эскадры, однако начальник дивизии контр-адмирал Бюксель не стал поднимать свой флаг на его борту, держа его на устаревших броненосцах – сначала «Баерне», затем «Вюрттемберге».

Причиной такого положения явилось то, что «Кайзер Фридрих III» получил особое задание. Линкор вместе с лёгким крейсером «Хела» планировали использовать в качестве кораблей почётного эскорта для сопровождения императорской семьи, поскольку в то время императрица Виктория на борту яхты «Гогенцоллерн» совершала визит в Англию. 17 ноября линкор вышел в море в догонку яхты кайзера, 18 ноября, уже находясь перед Дувром, присоединился к сопровождению яхты «Гогенцоллерн». 20-23 ноября во время пребывания в Англии линкор стаял на якоре в гавани Портсмута и вместе с остальными кораблями флотилии возвратился на родину сначала во Флиссинген (24-29 ноября), затем в Киль (1 декабря).

Первоначально управление действиями 2-й дивизии начальник дивизии контр-адмирал Бюксель осуществлял с флагманского линкора 1-й эскадры «Курфюрст Фридрих Вильгельм». Начальником штаба являлся офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант фон Услар. Прежде чем началась активная служба новых линкоров в составе флота, в правительстве появился несколько необычный политический план, в котором их хотели использовать. Поводом к его появлению явилась всемирная выставка в Париже.

В связи с этим в правящих кругах Германии возникла идея послать во Францию германскую эскадру в составе линкоров «Кайзер Фридрих III», «Кайзер Вильгельм II» и броненосного крейсера «Фюрст Бисмарк». Данное мероприятие хотели осуществить в рамках проводимой в то время кайзером Вильгельмом II политики улучшения отношений с Францией. Но оно не состоялось по причине того, что названия выбранных для визита кораблей имели скорее провоцирующий, чем примиряющий характер.

24 января 1900 г. обычное несение службы линкора «Кайзер Фридрих III» прервали фактической передачей ему функции флагманского линкора 2-й дивизии 1-й эскадры. В этот день контр-адмирал Бюксель перешёл с устаревшего «Вюрттемберга» на свой новый флагманский корабль, и с этого момента началась активная служба линкора «Кайзер Фридрих III» в составе флота. В состав 2-й дивизии входили следующие корабли: линкор «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль), устаревшие броненосцы «Баерн» (до 12 февраля 1900 г., затем его сменил новый линкор «Кайзер Вильгельм II», проходящий испытания), «Саксен», «Вюрттемберг» и авизо «Яагд».

Вторым в феврале 1900 г. был готов для активной службы и 13 февраля введён в строй «Кайзер Вильгельм II». Быстрее, чем можно было ожидать, уже в июне после проведения сдаточных и ходовых испытаний корабль зачислили в состав 2-й дивизии 1-й эскадры вместо устаревшего броненосца «Байерн». Хотя переход нового линкора из Вильгельмсхафена в Киль задерживался из-за состояния фарватера, на него уже возложили функции флагманского корабля 1-й эскадры.

Когда 13 февраля 1900 г. линейный корабль «Кайзер Вильгельм II» вошёл в состав флота и на нем впервые подняли флаг корабля и командирский вымпел, это означало знаменательный рубеж в развитии военно-морского флота кайзеровской Германии. С этого дня флот обладал линейным кораблём, специально спроектированным и соответственно оборудованным для выполнения функций флагманского корабля. Флагманским кораблем командующего флотом он оставался до 1906 г.

Свои первые походы линкоры 1-й эскадры совершили со 2 по 8 апреля в Данцигскую бухту и с 7 мая в северную часть Северного моря. С 12 по 15 мая они посетили Лервик (Шетландские острова), с 18 по 22 мая Сёгне-Фиорд и Берген, а 26 мая эскадра возвратилась в Киль.

Согласно решению морского кабинета от 25 июня 1900 г., командование флота произвело некоторые организационные изменения. Как оперативное соединение 2-ю дивизию упразднили, и она оставалась лишь как тактическая боевая единица. Её начальник теперь носил служебное звание «младший флагман» эскадры.

«Кайзер Фридрих III» продолжал и дальше нести флаг коитр-адмирала Бюкселя, распоряжением от 25 июня назначенного «младшим флагманом» 1-й эскадры.

К этому времени стало ясно, что в связи с планируемым походом линкоров типа «Бранденбург» к берегам Китая в 1900 г. осенние манёвры учебного флота состоятся в сокращенном составе и с меньшим размахом, чем в прошлом году, и что командующий флотом адмирал Кёстер. которого предполагали назначить па пост главного командира портов Балтийского моря, эту должность занять пока не сможет. Соотвествующий приказ официально последовал лишь 27 июля.

Первоначально на его место предполагали назначить вице-адмирала Гофмана, наряду с сохранением им своих служебных должностей начальника дивизии и командующего 1-й эскадрой.

Моряки германского флота (С рисунка того времени)

Порядок подчинённости и корабельный состав 1-й эскадры германского флота были следующие. Командующий 1-й эскадрой вице-адмирал Гофман, начальник штаба офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант Шульц, флаг-лейтенант капитан-лейтенант Пиидтер. Младший флагман контр-адмирал Бюшель, флаг-лейтенант обер-лейтенант Витт. Линкоры «Кайзер Вильгельм II» (флагманский корабль командующего эскадрой), «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль младшего флагмана),устаревшие броненосцы «Саксен», «Вюрттемберг» и авизо «Яагдт». С 1 июля 1-й эскадре подчинили 1-ю флотилию миноносцев в составе 2-х дивизионов (командир флотилии корветтеп-капитап Кох, флагманский миноносец D-9) и авизо «Пфейль» (до 26 июля).

Когда в начале июля началась вторая часть учений, случилось событие, полностью изменившее как организацию, так и дальнейшие планы 1- й эскадры. Согласно распоряжению кайзера от 4 июля, линкоры типа «Бранденбург» направили на Дальний Восток для подавления так называемого «боксёрского восстания» в Китае.

Броненосцы типа “Кайзер”. (Сведения о кораблях опубликованные в английском справочнике "JANE'S FIGHTING SHIPS". 1900)

Вследствие этого 8 июля 1900 г. последовал «Высочайший указ», определявший порядок проведения реорганизации отечественного флота. Согласно этому указу провели реорганизацию и переименование дивизий 1-й эскадры. Бывшая до сих пор 2-я дивизия получила обозначение 1-й дивизии 1-й эскадры, причём «Кайзер Вильгельм II» становился флагманским кораблём 1-й дивизии и одновременно 1-й эскадры, а бывшая 1-я получила наименование «экспедиционной» и уходила в поход на Дальний Восток.

Фактически эту реорганизацию провели ещё 6 июля, когда командующий эскадрой вице- адмирал Гофман покинул свой прежний флагманский корабль «Курфюрст Фридрих Вильгельм» и со своим сформированным штабом перешёл на-борт линкора «Кайзер Вильгельм II».

Гордись службой на флоте (С открытки того времени)

После того как 9 июля кайзер Вильгельм II и его брат вице-адмирал принц Генрих Прусский попрощались в Киле с экипажами кораблей уходящей на Дальний Восток «экспедиционной» дивизии, 1-я эскадра продолжила начатые учения. Сначала их проводили в западной части Балтийского моря, а вслед за этим в Германской бухте Северного моря.

Затем в Вильгельмсхафене начали собираться корабли учебного флота для проведения осенних манёвров 1900 г. Составленный ещё весной план манёвров в основном остался без изменения, в частности, в них приняла участие вновь сформированная 2-я эскадра, состоящая из устаревших броненосцев береговой обороны.