После проведения подобного перевооружения “Нахимов” заметно усиливал свою противоминную оборону. На нос и корму могли стрелять по четыре 47-мм орудия, а на борт семь 47-мм и одно 37-мм. Вес снятых старых четырех 4-фунтовых и восьми 47-мм орудий составлял 11,1 т, новых всего 9,7 т. Всего же с выполнением работ по замене малокалиберной артиллерии ее вес увеличился на 1,8 тонны. Но это был вес весьма малый по сравнению с экономией в 180 т, которую несла замена рангоута и снятие бушприта.

Предстоящие работы потребовали изменить и установку компасов. После ремонта кормовой путевой компас перенесли на кормовую рубку в район 116 шпангоута, а главный компас, стоявший на рубке на мостике над средними башнями, — на носовую боевую рубку. В этой рубке установили и боевой компас. В штурманской рубке на 34 шпангоуте поставят еще один ходовой компас, и, кроме того, один компас в румпельном отделении между 123 и 127 шпангоутами.

Рангоут, в русском флоте олицетворявший собой вместе с одной массивной трубой силуэт только “Нахимова”, во время ремонта полностью заменили. Бывшие стальные мачты обрезали, заменив деревянные марсы на стальные — боевые. Стеньги и брам-стеньги заменили на стеньги-однодревки диаметром 330 мм. На фок-мачте находилась только одна легкая сигнальная рея, а на ее топе установили легкую площадку размером 2 х 2,2 м для прожектора. Грот-мачта (диаметром у топа 2 фута 7"2 дюйма) имела одну рею и гафель для флага. Бушприта не было вовсе.

Боевые марсы — сначала предполагали вооружить 47-мм одноствольными орудиями Готчкисса, но затем от этого отказались, они были слишком тяжелы, и на каждом установили по два пулемета. В новое боевое освещение вошли 5 75-см прожекторов системы Манжена.

Столь обширный ремонт, а по сути модернизация, в конечном итоге потребовал в течение зимы и весны 1899 г. огромного напряжения сил как Балтийского завода, так и наблюдающего от Морского министерства младшего судостроителя П.Ф. Вешкурцева. Работы шли интенсивно. Чтобы не сорвать выход на испытания, отказались даже от замены изрядно “постаревших” в долгих плаваниях деревянных световых люков и щитов в каютах, так как, по мнению МТК, это была “слишком большая работа” и она задержит изготовление крейсера к плаванию.

В МТК и не вспомнили, что, на первый взгляд, эти третьестепенные в конструкции боевого корабля люки и каютные щиты в бою могут стать источниками гибельных пожаров, и своевременная их замена на металлическую мебель, повсеместно вводившуюся тогда в зарубежном судостроении, не только облегчила бы корабли (на 20-30 тонн), но и частично обезопасила от пожаров в войне, грянувшей через пять лет.

Летом 1899 г. на “Нахимове” установили новые опреснители системы Круга, так необходимые в предстоящих длительных плаваниях. В августе, еще до окончания работ, “Нахимов” вновь, как и прежде, начали “спешно” готовить к дальнему плаванию. 25 сентября 1899 г., пройдя швартовые испытания, крейсер, согласно приказу главного командира Кронштадтского порта за № 544, начал кампанию. Окончательно все работы завершили только в ноябре, после чего “Нахимов” покинул Кронштадт и в декабре ушел в Ревель для приготовления к третьему дальнему плаванию.

(с 26 января 1900 г. по 17 мая 1903 г.)

Пришлось изменить курс, и через некоторое время едва заметно стал различаться силуэт броненосца береговой обороны “Генерал-адмирал Апраксин”. Он стоял, приткнувшись носом к берегу, имел крен на левый борт.

Близко подходить к “Апраксину” “Нахимову” не пришлось — с броненосца флажковым семафором попросили “Нахимова”, сообщить об аварии и о присылке на помощь спасательных кораблей. “Нахимов”, увеличив ход, продолжил плавание в Ревель, куда пришел вечером того же дня, сообщив руководству порта об аварии “Апраксина”.

Из-за тяжелой ледовой обстановки сразу же уйти из Ревеля не смогли. Только 26 января 1900 г., получив телеграмму начальника Главного морского штаба, корабль покинул свой берег и ушел в очередное дальнее плавание. Но ледовая обстановка осложнилась, и, когда крейсер вошел в полосу сплошного льда, пришлось повернуть на обратный путь. На этот раз повезло, навстречу “Нахимову” шел самый сильный ледокол в мире — детище адмирала СО. Макарова — “Ермак”. Ледокол без труда в кильватере повел крейсер в море к маяку Дагерорт. И, хотя толщина льда с 15 см увеличилась до 60, “Ермак” выполнил свою задачу играючи, без труда.

Но на “Нахимове” не все оказалось так гладко. Льдами были повреждены деревянная и медная обшивки, а в носовой части даже появились небольшие трещины в наружной железной обшивке, и внутрь стала поступать вода.

Германский порт Киль стал первым иностранным портом, в который вошел “Нахимов”. Повреждения давали о себе знать, и корпус корабля 31 января освидетельствовала комиссия, которая, впрочем, признала, что плавание крейсер может продолжить. Из Киля курс пролегал сначала в Шербург. а затем в Специю. В июне “Нахимов”, пройдя Суэцкий канал, вновь пересек Индийский океан и направился на Дальний Восток. Теперь для корабля это был уже знакомый маршрут, в ту или другую сторону он его преодолевал в третий раз.

На Дальнем Востоке обстановка уже не была такой безмятежной — кораблю пришлось в составе союзной эскадры участвовать в подавлении освободительного восстания в Китае, известного нам под названием Боксерского. С военно-политической и экономической точки зрения, участие кораблей русского флота в боевых действиях против Китая было неразумным, а может быть, даже и вредным. Но временное осознание своей причастности к “дружной семье цивилизованной Европы” вновь затмило царскую верхушку.

Выполнив свою задачу перед Европой, наши корабли опять стали чужими в этих водах. Ни только что прибранный к рукам Порт-Артур, ни Владивосток не имели нужной базы для ремонта кораблей, и все они оставались по-прежнему “приживалками” в портах Кореи или Японии. Так в плаваниях и учениях прошли 1900 и 1901 гг. В конце 1901 г. в Россию ушли броненосцы “Наварин” и “Сисой Великий”, крейсера “Владимир Мономах”. “Дмитрий Донской” и “Адмирал Корнилов”— все они долгое время составляли основное ядро Тихоокеанской эскадры. Но “Нахимов” оставили на Дальнем Востоке.

1902 год, как и предыдущие, прошел в плаваниях и учениях. Весной в Порт-Артуре эскадра встретила прибывший из России белоснежный крейсер “Варяг”, а “Нахимов” в конце июня ушел во Владивосток. Там ему предстояло пройти докование. Здесь во Владивостоке 23 июня и провели торжество по случаю 100-летия со дня рождения П.С. Нахимова. Крейсер, носящий его имя и украшенный флагами, стал на время центром всех торжеств. Летом на корабле проходил службу один из членов царской семьи — великий князь Кирилл Владимирович. Затем крейсер совершил свой третий летне-осенний поход по знакомым портам Кореи и Японии. Побывал “Нахимов” и в только что захваченном немцами порту Циндао. Там, в отличие от Порт-Артура, серьезно готовились к созданию главной базы на Тихом океане. Спустя 12 лет Циндао, как Порт-Артур через 2 года, станет центром боевых действий для Японии.

В ноябре 1902 г. наконец-то настал черед и “Нахимова”. 16 декабря 1902 года вышел приказ самого императора. В нем говорилось, что “за отличие по службе капитан II ранга Гвардейского экипажа Бухвостов назначается командиром крейсера I ранга ”Адмирал Нахимов“ с производством в капитаны I ранга, вместо отчисляемого по болезни капитана I ранга Стеммана”. Н.М. Бухвостову предстояло готовить корабль к длительному переходу, так как прежний командир крейсера А.Ф. Стемман тяжело заболел и вскоре по дороге в Россию умер.

“Нахимов” же, как устаревший и к тому же требовавший серьезного ремонта, уже не мог стоять в одной линии с пополнившими эскадру новыми броненосцами типа “Пересвет” и “Полтава”. И вот уже в который раз он через Индийский океан, Суэцкий канал и Средиземное море спешит к родным берегам. 17 мая 1903 г. крейсер прибыл в Кронштадт и сразу же “осчастливленный” величайшим царским смотром, встав в тихую гавань стал готовиться к очередному ремонту. В МТК наконец-то всерьез намеревались перевооружить корабль. Сам же Н.М. Бухвостов передал дела очередному и, как окажется, последнему командиру. Им стал капитан I ранга А.А. Родионов.