Свое появление в Чехословакии Гейдрих отметил волной террора, из-за чего получил прозвище «мясник из Праги». Он провел первый показательный процесс в истории национал-социализма, на котором буквально через несколько часов разбирательства дал указание приговорить к смертной казни чешского премьер-министра Алоиса Элиаша. Гестаповские команды разгромили группы чешского движения Сопротивления и арестовали многих оппозиционеров. Ежедневно Гейдрих докладывал в штаб-квартиру фюрера об «успехах» кампании террора. За какие-то две недели чешское движение Сопротивления было почти полностью ликвидировано вместе с примкнувшими к нему прозападными и коммунистическими группировками.
Достигнув своей цели, Гейдрих отменил суды. Вместо «мясника» появился новый протектор — «благотворитель», объявивший об окончании политических преследований и ставший обхаживать чешских рабочих и крестьян, натравливая их на буржуазную интеллигенцию, в которой видел ядро сопротивления. Поскольку он получил задание повысить объем промышленной и сельскохозяйственной продукции Чехословакии, Гейдрих отменил целый ряд ограничений, ставивших чехов в разряд людей второго сорта.
Гейдрих повысил норму жиров для 2 миллионов чешских рабочих, выделил 200 000 пар обуви для людей, занятых в военной промышленности, и реквизировал лучшие гостиницы на всемирно известных курортах Богемии для организации в них пансионатов, предназначенных для отдыха чешских рабочих. Одновременно он реорганизовал систему социального обеспечения.
«Впервые даже для демократической Чехословакии он ввел общественное признание рабочих и крестьян», — отмечал английский биограф Гейдриха Чарльз Уигтон. Вместе со своей супругой Линой протектор принимал различные чешские делегации, создавая видимость того, что чехи примирились с немецким господством.
Сообщения о примиренческих успехах эсэсовского генерал-губернатора шокировали Эдуарда Бенеша, возглавлявшего чешское правительство в изгнании в Лондоне. Кладбищенское спокойствие в протекторате грозило парализовать деятельность демократических сил, к тому же пассивность населения Богемии и Моравии отрицательно сказывалась на позициях эмигрантского правительства в переговорах с союзниками. Только активное движение Сопротивления могло сделать его правительство легитимным и дать ему возможность требовать от союзников учета чешских интересов после окончания войны. Но достичь этого было невозможно, пока немцы во главе с Гейдрихом проводили свою гибкую оккупационную политику. Единственную возможность активизации сопротивления правительство Бенеша видело в устранении Гейдриха. Убийство заместителя имперского протектора могло вызвать жесткие ответные меры немцев, но без них чешское сопротивление теряло свои цели.
В декабре 1941 года лондонские чешские эмигранты приняли решение устранить Гейдриха. Для выполнения этой миссии были отобраны два чешских унтер-офицера — Жан Кубис и Иосиф Габчик. Сразу же после окончания рождественских праздников оба они на британском самолете были доставлены в протекторат и сброшены там на парашютах. Кубис и Габчик прошли обучение в шпионской школе в Манчестере, подготовку по подрывному делу и организации саботажа в спецлагере в Северной Шотландии. Полнейший инструктаж они получили на вилле Пеллесис под Доркингом.
Террористический акт запланировали провести на дороге, по которой Гейдрих ездил ежедневно из своей летней резиденции в Брешани в расположенную неподалеку Прагу. Для совершения акта возмездия избрали крутой поворот на шоссе Дрезден— Прага перед мостом Троя. Автомашина Гейдриха, ездившего без дополнительной охраны, на этом повороте обычно притормаживала. Тут-то и должны были выступить Кубис с Габчиком, к которым присоединились еще два человека. Все четверо имели автоматы и ручные гранаты, спрятанные под дождевиками. В качестве дозорного выставили некоего Валчика, находившегося в 270 метрах от поворота. Он должен был свистком предупредить заговорщиков о приближении машины Гейдриха.
Утром 27 мая 1942 года в свое обычное время, в 8.30, зеленый кабриолет протектора, однако, не появился. Прошел целый час, и террористы занервничали. Но вот раздался обусловленный свист. Расстегнув дождевик, Габчик выхватил автомат и вышел на обочину шоссе. В показавшемся «мерседесе» он отчетливо разглядел бледное лицо Гейдриха и голову его водителя Кляйна.
Габчик нажал на спусковой крючок, но выстрелов не последовало. Перезарядив автомат, он прицелился еще раз, но автомат опять не сработал. Дико закричав, стоявший за ним Кубис достал ручную гранату и швырнул ее в автомашину. Она разорвалась у багажника.
Гейдрих, видимо, не задетый взрывом, выскочил из машины, что-то буркнув шоферу. Заметив Габчика, Гейдрих успел вытащить из кобуры свой револьвер. Издавая громкие крики, он стал стрелять по убегающим подпольщикам. Гейдрих едва не догнал Кубиса, но тот, скрывшись за проезжавшим трамваем, прыгнул на стоявший наготове велосипед и умчался. Тогда протектор обратился ко второму террористу. Габчик, бросив отказавший автомат, выхватил револьвер и, убегая стал отстреливаться, используя каждое укрытие.
Поскольку у Гейдриха кончились патроны, он швырнул пистоле на землю и прекратил преследование. Габчику удалось скрыться.
Но взрыв все же не минул заместителя протектора. Он был ранен металлическими осколками от машины и фрагментами пружин от сидений, которые попали ему между ребрами и даже в грудобрюшную преграду. Кусочки ваты проникли в селезенку. Спасти Гейдриха врачи уже не смогли, и он скончался 4 июня 1942 года. Все, что от него осталось, была посмертная маска — символ эсэсовского макиавеллизма. Комиссар уголовной полиции Бернхард Венер, вызванный для расследования покушения в Прагу, увидел ее первым и сказал позже: «В ней скрывались обманчивые черты неземной одухотворенности и превратившейся в тлен красоты».
Лондон добился желаемого. По Богемии и Моравии прокатилась волна террора. 10 000 чехов были арестованы, не менее 1300 расстреляны, а деревня Лидице, находившаяся неподалеку от Праги, сравнена с землею за то, что ее жители будто бы оказали помощь террористам. Благодаря случайности, сами террористы тоже попали в руки гестапо.
Британский лейборист Рональд Паджет после войны отмечал, что партизаны довольно часто провоцировали репрессии со стороны оккупантов, чтобы вызвать ненависть к ним населения и вовлечь новых людей в ряды движения Сопротивления.
Последователем оккупационной политики Гейдриха стал по иронии судьбы человек, которого тот недолюбливал, — Вернер Бест, группенфюрер СС, один из основателей аппарата гестапо, назначенный в августе 1942 года министериальдиректором министерства иностранных дел рейха.
Для решения кризиса, возникшего между Данией и третьим рейхом, Бест в конце 1942 года был направлен в Копенгаген. Несмотря на оккупацию, Дания продолжала сохранять свои конституционные институты. По какой-то причине Гитлер почувствовал себя оскорбленным датским королевским домом и правительством и, воспользовавшись случаем, пожелал поставить на решающие правительственные посты датских национал-социалистов. Осенью он прервал отношения с королевским домом и отозвал имперского особоуполномоченного и командующего немецкими войсками в Дании. Диктатор, назначив нового имперского представителя, планировал добиться отставки датского правительства и включения в состав нового кабинета министров национал-социалистов.
Для выполнения этой миссии Иоахим фон Риббентроп избрал группенфюрера СС Беста, который считался энергичным и предприимчивым человеком. Бест, однако, очень быстро разобрался в том, что требования Гитлера приведут к срыву немецкой оккупационной политики в Дании. Да и датский рейхстаг никогда не согласится с назначением национал-социалистских министров. И он пошел на то, что еще никто из министерства Риббентропа не осмеливался: про игнорировал приказ фюрера. Эсэсовец нашел общий язык с датскими политиками, и датские нацисты не прошли. Членам же национал-социалистской партии Дании он разъяснял, что те наносят немецкой оккупационной политике больше вреда, чем пользы. Когда эта партия на выборах в рейхстаг в марте 1943 года получила всего три мандата, Бест уговорил ее фюрера Фритса Клаузена уехать из Копенгагена.
