Однако в начале столетия эти причины упадка папства ещё не были явными. Бонифаций VIII в булле «Unam Sanctam» выдвинул столь крайние притязания, которых ещё никогда не выдвигал ни один из предшествующих пап. Он же в 1300 году учредил проведение юбилейного года, в течение которого всем католикам, посещающим Рим и исполняющим во время своего пребывания здесь определённые церемонии, даруется полное отпущение грехов. Это привлекло в сундуки курии и карманы римского населения огромные суммы денег. Первоначально предусматривалось, что юбилейный год будет проводиться каждые сто лет, но прибыли оказались столь значительными, что этот срок был сокращён до пятидесяти лет, а затем и до двадцати пяти, каким он остаётся по сей день. Первый юбилей — 1300 год — явил папу на вершине его успехов, и эта дата может быть удобно принята как начальная веха упадка папства.
Бонифаций VIII являлся итальянцем; родиной его был город Ананьи. Во время пребывания Бонифация в Англии его заточили в лондонский Тауэр, чтобы заставить поддержать Генриха III от имени папы против мятежных баронов, но в 1267 году его освободил из неволи сын короля, будущий Эдуард I. Уже в то время в церкви была могущественная французская партия, и избрание Бонифация папой натолкнулось на противодействие французских кардиналов. Бонифаций вступил в яростный конфликт с французским королём Филиппом IV по вопросу о том, вправе ли король облагать налогами французское духовенство. Бонифаций был привержен непотизму и отличался алчностью; поэтому он жаждал удержать в своих руках контроль над столькими источниками доходов, сколько было возможно. Бонифация обвинили в ереси, и, возможно, справедливо; по-видимому, он был аверроистом и не верил в бессмертие. Столкновение Бонифация с французским королём приняло такой ожесточённый характер, что король послал вооружённый отряд, чтобы арестовать папу; имелось в виду низложить его решением вселенского собора. Папа был схвачен в Ананьи, но сумел бежать в Рим, где и умер. После этого долгое время ни один папа не дерзал перечить французскому королю.
После весьма непродолжительного междуцарствия кардиналы в 1305 году избрали папой архиепископа Бордоского, который принял имя Климента V. Он был гасконцем и последовательно представлял интересы французской партии в церкви. На протяжении всего своего понтификата он ни разу даже не выехал в Италию. Коронован Климент V был в Лионе, а в 1309 году обосновался в Авиньоне, который оставался папской резиденцией почти семьдесят лет. Климент V ознаменовал свой союз с французским королём совместной акцией против тамплиеров. Оба они испытывали нужду в деньгах — папа потому, что был привержен фаворитизму и непотизму, король — в связи с расходами, которых требовали война с Англией, фландрское восстание и непрерывно разраставшийся деятельный государственный аппарат. После того как король ограбил ломбардских банкиров, а в преследованиях евреев дошёл до предела того, что «могла вынести торговля», его осенило, что есть ещё тамплиеры, бывшие банкирами и, кроме того, владевшие во Франции огромными земельными владениями, на которые он мог наложить руку с помощью папы. Поэтому условились, что церковь раскроет, будто тамплиеры впали в ересь, а король и папа поделят между собой добычу. В условленный день в 1307 году все видные тамплиеры во Франции были арестованы; всем им предъявили заранее подготовленный список наводящих вопросов; под пыткой они признались, что воздавали почести сатане и совершали разные другие мерзкие деяния; дело кончилось тем, что в 1313 году папа запретил орден, а вся его собственность была конфискована. Лучший отчёт о деле тамплиеров дан в «Истории инквизиции в средние века» Генри Ч. Ли, где после всестороннего и полного исследования относящихся к делу фактов автор приходит к выводу, что ни одно из обвинений, выдвинутых против тамплиеров, не имело никакого основания.
В деле тамплиеров финансовые интересы папы и короля совпадали. Но в большинстве случаев и в большинстве районов христианского мира они приходили в столкновение. Во времена Бонифация VIII король смог обеспечить поддержку сословиями (даже духовным сословием) тех требований, которые он отстаивал в споре с папой по вопросу о налоговом обложении. Когда же папы оказались в политической зависимости от Франции, то государи, враждебные французскому королю, неизбежно стали врагами папы. Это-то и привело к защите Уильяма Оккама и Марсилия Падуанского императором; немного позднее это же привело к защите Виклефа Джоном Гонтом.
Епископы в целом находились в то время в полной зависимости от папы; во всё растущей степени они не только номинально, но и фактически назначались им. Столь же покорными были монашеские ордена и доминиканцы, но францисканцы сохранили в какой-то мере дух независимости. Это привело к их конфликту с папой Иоанном XXII (1316–1334), о котором уже шла речь в связи с Уильямом Оккамом. Во время этого конфликта Марсилий уговорил императора двинуться на Рим, где население возложило на него императорскую корону и объявило Иоанна XXII низложенным, после чего был избран францисканский антипапа. Однако из всей этой затеи ничего не вышло, кроме общего падения уважения к папству.
Бунт против папского владычества принимал разные формы в разных странах. Иногда он оказывался связанным с монархическим национализмом, иногда — с пуританским негодованием по поводу развращённости и обмирщения папского двора. В самом Риме этот бунт был связан с архаическим демократизмом. В правление Климента VI (1342–1352) Рим на время попытался освободиться от отсутствующего папы; движение это возглавил замечательный человек Кола ди Риенци. Рим страдал не только от владычества пап, но и от местной аристократии, продолжавшей поддерживать ту анархию, которая привела папство на край падения в X столетии. По существу, папы отчасти для того и бежали в Авиньон, чтобы спастись от беззакония римской знати. На первых порах Риенци, сын трактирщика, восстал только против знати и на этом этапе пользовался поддержкой папы. Он возбудил такой подъём народного энтузиазма, что знать бежала (1347). Петрарка, восхищавшийся Риенци и посвятивший ему одну из своих од, побуждал его продолжать своё великое и благородное дело. Риенци принял титул трибуна и провозгласил верховенство римского народа над империей. Это верховенство он мыслил, по-видимому, демократическим, ибо созвал представителей от всех итальянских городов на своего рода парламент. Успех, однако, породил в Риенци манию величия. В это время, как и частенько, титул императора оспаривали два претендента. Риенци приказал предстать перед собой обоим претендентам и князьям-избирателям для решения вопроса. Это, естественно, сделало его врагом обоих претендентов на титул императора, а также врагом папы, который считал вынесение приговоров в подобных делах своей прерогативой. Риенци был схвачен папой (1352) и два года провёл в тюремном заточении, пока не умер Климент VI. Тогда он получил свободу и возвратился в Рим, где снова на несколько месяцев захватил власть. Однако во второй период правления Риенци его популярность оказалась непродолжительной, и в конце концов он был убит толпой. Байрон, как и Петрарка, воспел его в одной из своих поэм.
Ход событий сделал очевидным, что если папство желало остаться действительным главой всей католической церкви, то оно должно было освободиться от зависимости от Франции и для этого возвратиться в Рим. К тому же англо-французская война, в ходе которой Франция терпела жестокие поражения, сделала положение Франции шатким. Поэтому Урбан V в 1367 году переехал в Рим; но итальянская политика оказалась для него слишком путаным делом, и незадолго до своей смерти он возвратился в Авиньон. Следующий папа, Григорий XI, был более решителен. Враждебность к французской курии сделала многие итальянские города, особенно Флоренцию, ярыми противниками папства, но, возвратившись в Рим и выступив против французских кардиналов, Григорий XI сделал всё, что было в его силах, чтобы спасти положение. Однако, когда он умер, столкновение французской и римской партий в коллегии кардиналов приняло непримиримый характер. В соответствии с желаниями римской партии папой был избран Бартоломео Приньяно, который принял имя Урбана VI. Но ряд кардиналов объявил его избрание противоречащим каноническому праву и избрал папой Роберта Женевского, принадлежавшего к французской партии. Он принял имя Климента VII и остался жить в Авиньоне.