Командующий крепостной артиллерией генерал- майор Белый, постоянно видевший С.О. Макарова вспоминал, что адмирал предчувствовал, что именно с наступлением праздника Пасхи (с 28 марта) неприятель предпримет какие-либо решительные действия против Порт-Артура. Как писал Белый: “Я и адмирал условились все ночи первых четырех дней Пасхи быть самим в непосредственной близости к месту ожидаемых действий неприятеля: я на Золотой горе на батарее №15, а адмирал на дежурной лодке, стоявшей на наружном рейде внутри нашего бонного заграждения… Как потом передавали, адмирал просидел на стуле, на мостике дежурного перед входом на внутренний рейд судна всю ночь под 28 марта, не смыкая глаз. Ночь прошла спокойнее, нежели когда-либо; неприятель вовсе не подходил даже миноносцами. Первый день Пасхи – тоже, а за ним и ночи на 29 и 30 марта.

Под 31 число неприятельские миноносцы опять подходили ко входу, а некоторые даже под Электрический утес. Но сам адмирал принял их за свои, посланные на ночь к островам Мяотао и не возвратившимся еще и приказал судам не стрелять, передав то же по телефону на Золотую гору. Но я и батареи все же сильно подозревали, что перед нами были японские миноносцы и, когда стало ясно их удаление, то открыли по ним огонь. Но было уже поздно и миноносцы ушли спокойно, исполнив свою задачу постановки мин. Эта ошибка адмирала была для него роковой”[67] . Роковая ошибка адмирала очевидно во многом объясняется физической усталостью уже не молодого человека, четыре ночи не смыкавшего глаз в ожидании постоянного нападения. На утро 31 марта адмирал забыл повторить приказание протралить подозрительный район, а его помощники (более молодые и здоровые) не удосужились напомнить адмиралу об этом.

Таким образом, русская эскадра в один день понесла тяжелые потери: погибли броненосец «Петропавловск» и миноносец «Страшный», был сильно поврежден броненосец «Победа». Но тяжелее всего была потеря командующего флотом вице-адмирала С.О. Макарова. Флот потерял командующего, заменить которого оказалось невозможно.

После гибели командующего флотом в Порт-Артур 2 апреля прибыл наместник Е.И. Алексеев и принял командование флотом на себя, подняв свой флаг на «Севастополе». При наличном составе находящихся в строю кораблей нечего было и думать об активных действиях: в строю было лишь 3 броненосца («Пересвет», «Полтава», «Севастополь», причем «Севастополь» имел повреждение винта от удара броненосца «Пересвет») и 5 крейсеров, из которых только один был броненосным. Не лучше обстояло дело и с миноносцами. Согласно донесениям командующего 1-м отрядом капитана 2-го ранга Е.П. Елисеева и командующего вторым отрядом капитана 2-го ранга М.В. Бубнова, исправными были лишь 6 миноносцев первого и 6 миноносцев второго отряда[68] .

Наместник, ознакомившись с состоянием миноносцев, вынужден был констатировать: «Из 22 оставшихся миноносцев только 12 исправны. Остальные 10 требуют капитального ремонта котлов и исправления подводной части в доке с выводом всех из строя на один месяц. Два миноносца заканчивают через три недели ремонт и один не докончен постройкой. Для подъема затопленного в Голубиной бухте миноносца делаются приготовления. При этом должны заявить, что все миноносцы, вообще, несшие усиленную боевую и охранную службу, требуют очередного пересмотра котлов и машин, а миноносцы Невского завода, за недостатком своего типа, нуждаются, кроме того, в особом тщательном уходе. Уступая значительно в силе, скорости и величине японским миноносцам, они мало надежны для дальних посылок»[69] .

4 апреля 1904 г. штабом наместника Е.И. Алексеева бьш составлен цнркуляр с целью выяснить, способны ли миноносцы оперировать на удалении 100-200 миль[70] . Командующий первым отрядом миноносцев капитан 2-го ранга Е.П. Елисеев в своем рапорте в ответ на циркуляр доложил, что все 6 находившихся в строю миноносцев 1-го отряда могут оперировать с удалением от базы на 200 миль[71] . В рапорте командующего 2-м отрядом капитана 2-го ранга М.В. Бубнова отмечалось, что только «Бойкий» и «Бурный» способны оперировать с удалением от базы на 200 миль, но они находились на ремонте, остальные миноносцы его отряда (типа «Сокол») могли быть посланы в экспедицию лишь с удалением не более 100 миль. При этом Бубнов писал о миноносцах типа «Сокол»: «Сравнительно непродолжительное их плавание делает то, что никак нельзя для небольших переходов поручиться в исправности их мехаиизмов; до сих пор не было ни одного перехода, после которого не выходило бы из строя один или два миноносца»[72] . Кроме того, в своем рапорте от 5 апреля 1904 г. капитан 2-го ранга М.В. Бубнов указывал, что «большинство командиров 2-го отряда совершенно не знают лоции Квантуна, а некоторые совсем мало плавали на миноносцах не только ночью, но и днем»[73] .

Гибель «Петропавловска» и выход из строя «Победы» поставили в безвыходное положение прибывшего в Порт-Артур для личного руководства флотом адмирала Е.И. Алексеева[74] . Поэтому до ввода в строй поврежденных кораблей было решено ограничиться только оборонительными действиями. На миноносцы возлагалась задача охраны рейда от минных постановок противника и входа на внутренний рейд, а также ближняя разведка. Кроме того, миноносцы 2-го отряда стали приспосабливаться для траления мин[75] , однако вскоре от этого вынуждены были отказаться, так как траление вредно сказывалось на механизмах миноносцев: взрыв мины в трале весьма вредно отзывался на машинах, хрупкий холодильник отказывался служить, трубки лопались и миноносец выходил из строя[76] . Для траления был создан специальный тралящий караван из мелко сидящих паровых шаланд. Охрана каравана поручалась канонерской лодке и двум или трем дежурным миноносцам. В первой половине апреля миноносцы также привлекались для обеспечения минных постановок: они охраняли портовые баркасы, ставящие мины, или буксировали к месту постановок минные плоты[77] .

В ночь с 19 на 20 апреля японцы предприняли третью попытку заградить проход на внешний рейд. На этот раз экспедиция была организована в более крупных масштабах. Для ее успеха, из-за трудности маневрирования между затопленными русскими пароходами, японцы выбрали ясную лунную ночь и послали 12 пароходов[78] . Японские брандеры были загружены камнями, залитыми цементом, для того чтобы после их затопления образовалась непреодолимая подводная преграда в виде каменной стены[79] . Каждый брандер был вооружен двумя скорострельными пушками Гочкиса для отражения минных атак.

Первый брандер был обнаружен при подходе к рейду в 1 час 43 минуты, за ним в шахматном порядке следовали еще 9 брандеров. Контр-адмирал М.Ф. Лощинский впоследствии вспоминал: «Из 12 брандеров два взорвались на минах инженерного ведомства, два взорваны паровыми катерами, один миной Уайтхеда с минной батареи, установленной на брандере, затонувшем при атаке 14 марта, три, имея избитую прислугу, не попали в проход, а стали на якорь вне его и сами взорвались, а один выбрался целым правее батареи Электрический утес, но когда с рассветом поехали туда офицеры, то оставшиеся там японцы, выбросив орудия в воду, взорвали его и себя, и брандер затонул кормой и, наконец, 2 брандера повернули в море»[80] . Таким образом, и эта попытка японцев провалилась.