По все попытки водолазов обследовать отсеки подводной лодки изнутри успехом не увенчались, а лишь добавили к погибшим еще одну смерть, т. к. работы на таких глубинах требуют более тщательной подготовки как самих водолазов, так и обеспечивающего их оборудования на берегу. Через день после спусков от кессонной болезни скончался один из лучших водолазов флота — двадцатипятилетний водолазный боцманмат транспорта «Березань» Ефим Бочкаленко, который, несмотря на усталость и технические неполадки, совершил несколько погружений в нарушение правил. На третьем погружении при всплытии он потерял сознание и умер в госпитале от вскипания крови. У других водолазов наблюдались судороги и прочие признаки хорошо изученной ныне кессонной болезни, возникающей при нарушении правил подъема с больших глубин. Кроме этого, иногда в литературе по «Камбале» в числе погибших вместе с экипажем «Камбалы» называют и сдаточного механика Санкт-Петербургского металлического завода Михаила Николаевича Коржавина. Однако ни в одном из архивных документов он не упоминается. Не увенчалось успехом и поднятие лодки тралом, чтобы затем отбуксировать ее на отмель.
Дальнейшие спуски водолазов пришлось прекратить. А после расследования гибели водолаза по суду И. Попов был приговорен к церковному покаянию, гауптвахте и запрещению производства по линии за низкое качество обеспечения спускаемых водолазов, отсутствие квалифицированных врачей и нарушение инструкций по спуску на большие глубины. Однако через два года по прошению начальника учебного Отряда подводного плавания контр-адмирала Левицкого он был помилован. Левицкий доказал, что в условиях спешки, в какой проходили первые спуски водолазов, Попов просто выполнял приказания и ничего изменить не мог.
Однако от подъема лодки начальство все же не отказалось. Вызванный из Кронштадта начальник водолазной школы капитан 2-го ранга М.К. фон Шульц, только после тщательных тренировок водолазов и подготовки специального оборудования снова приступил к спускам. Медицинское обеспечение на этот раз проводил молодой, но уже опытный врач С.В. Сакович. В результате им удалось завести подъемные концы на носовую часть лодки. Откачивая воду из подъемных кессонных понтонов, носовую часть лодки удалось отбуксировать в несколько этапов в сухой док Южной бухты. Это произошло 9 сентября 1909 года. Подъем «Камбалы» с глубины почти в 60 метров стал рекордным для начала XX века.
Из воспоминаний капитана 1-го ранга В. Меркушева: «Попытки приподнять лодку тралом или стащить ее с места успехом не увенчались. Тогда вызвали из Кронштадта начальника водолазной школы, который, прибыв в Севастополь, приступил к подготовке водолазов для спусков на большую глубину. Когда они достаточно натренировались, начались работы по подъему „Камбалы“. Этим водолазным специалистом был один из основоположников русского водолазного дела капитан 2-го ранга Макс Константинович фон Шульц. Вместе с ним в Севастополь прибыла группа курсантов школы.
Первоначально предполагалось поднять „Камбалу“ с помощью плавучего крана. Однако мощность имевшегося в распоряжении подъемной партии крана не гарантировала успеха. Тогда участником партии, известным специалистом по судоподъему (впоследствии видным деятелем ЭПРОНа) Ф.А. Шпаковичем был предложен оригинальный и вполне надежный способ — ввести лодку в док самим „поплавком“ — кессоном, подтянув ее к днищу „поплавка“.
Подъем носовой части затонувшей подводной лодки начался 12 августа. Он проводился ступенчатым способом с помощью полукессона и завершился 9 сентября вводом носовой части „Камбалы“ в Лазаревский сухой док. Из осушенной носовой части были извлечены тела четырнадцати погибших. В рубке у штурвала лежал рулевой, заведующий отрядом подводных лодок капитан 2-го ранга Белкин — лежал у перископа, мичман Тучков и остальная команда находились в самой оконечности носовых помещений. Ворвавшийся водяной поток при разломе корпуса лодки смыл их и сделал смерть мгновенной. Первый осмотр лодки происходил в присутствии начальника морских сил Черного моря и прокурора Севастопольского Военно-морского суда. Следов удара в месте разреза лодки обнаружено не было, а ее излом, в результате которого отвалилась корма, прошелся по соединительному фланцу. По словам очевидцев, „лодка была как бы срезана бритвой“. Люк боевой рубки оказался не задраен (этого сделать просто не успели. — Авт.), и через него все увидели тела Белкина, Тучкова и рулевого Данилова. В тот же день были извлечены еще одиннадцать тел — все они лежали ничком, головой по направлению к офицерскому отделению, в котором находился резервуар с запасом воздуха. Кормовую часть „Камбалы“ предполагали поднять летом 1910 года, но работы так и не были осуществлены. Место нахождения кормовой части было утеряно, и летом 1932 года водолазам ЭПРОНа так и не удалось ее найти.
Из отсеков „Камбалы“ извлекли останки: Н.И. Белкина, Д.А. Тучкова, Д. Демидкина, М. Латонова, И. Данилюка, А. Плотникова, A. Базыки, А. Трошева, В. Королева, И. Шоронова, И. Прилепы, B. Гридяна, П. Казаринова и К. Федорова. Спустя два дня их отпели в Никольском соборе Севастополя. Капитана 2-го ранга Белкина нашли у перископа, рулевого — на боевом посту, а остальных — в носовом отсеке. Тела офицеров положили в металлические гробы и перевезли в адмиралтейскую церковь. Тела матросов перенесли в Морской госпиталь».
И снова обратимся к воспоминаниям капитана 1-го ранга В. Меркушева: «Водолазы завели на носовую часть лодки подъемные концы, прикрепленные к полупогруженному кессону. Когда концы были обтянуты, из кессона откачивалась вода, лодка отделялась от грунта, и кессон вместе с лодкой буксировался к берегу до тех пор, пока лодка опять не ложилась на дно. Тогда снова затапливали кессон, обтягивали концы, выкачивали воду, лодка снова отделялась от грунта, снова кессон с лодкой буксировался к берегу, и так до тех пор, пока не подтянули лодку вплотную к кессону.
9 сентября 1909 года кессон с носовой частью лодки был отбуксирован в сухой док, где из нее извлекли тела четырнадцати погибших. В рубке у штурвала лежал рулевой. Заведующий отрядом капитан 2-го ранга Белкин лежал ничком около перископа. Мичман Тучков и остальная команда были сбиты ворвавшимся водяным потоком в самую оконечность и там нашли безвременную кончину. Их смерть была мгновенной…»
11 сентября в 9 часов утра на пристани построили роту флотского экипажа и команду нижних чинов Отряда подводного плавания. Гробы с телами матросов внесли на баржу, установили на постаменте и застелили коврами. Провели отпевание. Баржа направилась к Херсонесскому монастырю. Корабли стояли с приспущенными флагами. На херсонесской пристани баржу встретило флотское начальство. Адмиралы и офицеры на руках перенесли гробы в катафалк. Процессия направилась на городское кладбище в Загородной балке, где останки нижних чинов с воинскими почестями захоронили в братской могиле. Памятная доска хранит их имена: рулевые боцманматы Дмитрий Демидкин и Михаил Латонов, рулевые квартирмейстеры Иван Данилюк и Андрей Плотников, минный квартирмейстер 1-й статьи Андрей Базык, машинный квартирмейстер 1-й статьи Алексей Грошев, минно-машинные квартирмейстеры 1-й статьи Владимир Королев и Иван Шоронов, машинный квартирмейстер 2-й статьи Иван Прилепа, машинист 1-й статьи Владислав Гридян, минные машинисты 2-й статьи Петр Казаринов и Константин Федоров. Затем в Никольском соборе провели отпевание капитана 2-го ранга Н.М. Белкина и мичмана Д.Л. Тучкова. Их отправили для захоронения на родину. На всем протяжении от церкви до вокзала были выстроены морские и пехотные части гарнизона, стояло множество горожан. Капитан 2-го ранга Белкин был похоронен рядом с могилой отца, отставного контр-адмирала Михаила Федоровича Белкина, умершего в Санкт-Петербурге 12 февраля 1909 года, незадолго до гибели сына. А мичмана Тучкова отвезли в Москву, где он был захоронен на кладбище Новодевичьего монастыря. Могила его сохранилась там и поныне.
Вот как описывает траурную церемонию журнал «Вестник военного духовенства» за 1909 год: «Посреди баржи на устланном коврами помоете возвышались гробы жертв катастрофы, прикрытые Андреевскими флагами; вокруг гробов виднелись хоругви, иконы, а также множество венков с трогательными надписями на лентах. Тотчас послышалась команда, и баржа поплыла по бухте в направлении к Херсонесскому монастырю. Начался обряд отпевания усопших. В начале обряда соборный протоиерей отец Якиманский обратился к семействам погибших с пастырским словом. На стоявших в бухте кораблях были приспущены флаги. Вдоль дороги, по которой двигался скорбный кортеж, был выстроен почетный караул. А за войсками шли тысячи жителей Севастополя. Все нижние чины были погребены в одной братской могиле. Затем в Николаевском адмиралтейском соборе прошло отпевание офицеров Н.М. Белкина и Д.Л. Тучкова, на которое собрались командование и офицеры Черноморского флота и Севастопольского гарнизона, руководство и именитые жители города. Огромный собор был заполнен народом. Жители Севастополя запрудили все примыкающие к храму улицы, стояли по всему пути траурного кортежа, от церкви до железнодорожного вокзала. Прах капитана 2-го ранга Белкина был отправлен в Ярославскую губернию, в его родовое имение».