30 июня Государственный комитет обороны был создан. Сталин, который был не только генеральным секретарем ВКП(б), но и в мае 1941 г. заменил Молотова на посту Председателя Совета Народных Комиссаров, стал председателем этого комитета. Вячеслав Молотов, который с 1930 по 1941 г. был Председателем Совета Народных Комиссаров и народным комиссаром иностранных дел (с 1939 г.), был назначен заместителем Председателя Государственного комитета обороны. Молотова все считали второй фигурой в партии и в стране. Маршал Климент Ворошилов, который был наркомом обороны с 1925 по 1940 г., также стал членом комитета. Ворошилов был человеком слабовольным и некомпетентным и не обладал значительным весом в руководстве страны. Двумя другими членами комитета стали Лаврентий Берия, в 1938 г. возглавивший НКВД, и Георгий Маленков, секретарь Центрального Комитета и начальник управления кадров ЦК.

Через 12 дней после нападения Германии Сталин наконец выступил по радио с обращением к советскому народу. Он начал свою речь необычными словами: «Братья и сестры! К вам обращаюсь я, друзья мои…». Сталин оправдывал целесообразность пакта с Германией, говоря, что «ни одно миролюбивое государство не может отказаться от мирного соглашения с соседней державой, даже если во главе этой державы стоят такие изверги и людоеды, как Гитлер и Риббентроп», и утверждал, что пакт дал Советскому Союзу время подготовиться к войне. Он призывал к полной мобилизации экономики и к партизанской войне на оккупированных территориях. Он призывал народ сплотиться вокруг «партии Ленина — Сталина» в борьбе против захватчиков^{337}.

Наступление германских армий продолжалось. К концу ноября Германия оккупировала территорию, где проживало 45 процентов советского населения и производилось 60 процентов советского угля, железа, стали и алюминия^{338}. Первый ощутимый удар по немецкой военной машине был нанесен только в начале декабря, когда Красная армия перешла в контрнаступление у ворот Москвы.

На следующий день после нападения Германии Президиум Академии наук собрался на внеочередное заседание, на котором ученые и деятели науки говорили о своем желании отдать всю свою энергию и способности делу обороны^{339}. Несколько ведущих химиков вскоре отправили Сталину письмо, предлагая создать новую организацию для перевода науки на рельсы обороны. Их практически сразу вызвали на встречу с Молотовым, который решил создать новый орган для привлечения ученых к решению вопросов обороны. Сергей Кафтанов, глава Комитета по делам высшей школы, был назначен уполномоченным Государственного комитета обороны по науке. 10 июля был образован Научно-технический совет, в который вошли ведущие члены Академии (среди них были Иоффе, Капица и Семенов). Его председателем стал Кафтанов. На этот совет возлагалась ответственность за организацию в научных учреждениях работ для нужд обороны и оценку научных и технических предложений. Вначале совет имел дело с химией и физикой, но потом расширил свою деятельность, включив в круг решаемых вопросов геологию и другие области знаний. Кафтанов получил небольшой штат для управления советом и установления контактов с промышленностью и военными. Сам он получил право обращаться непосредственно в Государственный комитет обороны^{340}.

Еще до образования Научно-технического совета исследовательские институты начали переводить свою работу на военные рельсы. Через пять дней после нападения Германии на СССР 30 сотрудников института Иоффе ушли в армию добровольцами или по мобилизации, а месяц спустя их число возросло до 130. Институт был реорганизован, приоритет теперь отдавался оборонным работам, в которых институт к тому времени уже участвовал: радиолокации, бронезащите и размагничиванию кораблей^{341}. Такое положение было повсеместным, и в конечном счете от 90 до 95 процентов исследований в физических институтах составляли исследования по оборонной тематике^{342}.

Курчатов решил оставить свои работы по делению ядра, и его лаборатория была расформирована. Часть ее оборудования перевезли в Казань, куда институт Иоффе эвакуировался в июле-августе. Остальное, включая недостроенный циклотрон, осталось в Ленинграде. Курчатов присоединился к группе Анатолия Александрова, чтобы работать по проблеме защиты кораблей от магнитных мин^{343}. С присущей ему энергией он целиком отдался этой работе. Он провел три месяца в Севастополе, который был главной базой Черноморского флота, и покинул его в начале ноября, когда город уже был осажден немецкими войсками. После опасного морского перехода он высадился в Поти на восточном побережье Черного моря и провел там несколько недель, организуя службу размагничивания. В начале 1942 г. Курчатов приехал в Казань, где было страшно холодно, голодно и полно эвакуированных. На следующий день после прибытия он заболел воспалением легких. Еще с детских лет у него были слабые легкие; в Казани он болел два месяца. В апреле 1942 г. Курчатов и другие члены группы размагничивания получили за свою работу Сталинскую премию. Плохое состояние здоровья помешало Курчатову возвратиться на флот, и он взял на себя руководство броневой лабораторией Физико-технического института^{344}.

Большинство ученых-ядерщиков оставили свои исследования, чтобы работать на нужды фронта. Физический институт Академии наук был эвакуирован из Москвы в Казань, где члены группы ядерной физики использовали свои знания и методику для разработки акустической аппаратуры по обнаружению самолетов и контроля качества военной продукции^{345}. Институт химической физики также переехал в Казань, а Харитон и Зельдович оставили свои исследования цепной реакции деления. Оба они работали над пороховым топливом для снарядов ракетной артиллерии «Катюша», а позднее Харитон участвовал в разработке противотанковых гранат и дешевых заменителей взрывчатки^{346}. Украинский физико-технический институт был эвакуирован за тысячи километров от Харькова, в Алма-Ату и в Уфу, где сконцентрировал свои усилия на разработке нового оружия и помощи промышленности^{347}. Только Радиевый институт, который также переехал в Казань, продолжил работу по синтезу соединений урана с целью их использования в процессах разделения изотопов, но эти исследования проводились в очень малом масштабе^{348}.

С началом войны Урановая комиссия прекратила свою работу. Вернадский вместе с группой пожилых академиков был эвакуирован в курортную местность Боровое в Казахстане. В своем дневнике в записях от 13 и 14 июля он выразил опасение, что Германия сможет применить на полях сражений отравляющие газы или «энергию урана», но его вера в победу СССР была непоколебимой^{349}. Накануне отъезда из Москвы, 18 июля, он написал своему сыну: «…глубоко удовлетворен, что мы находимся сейчас в неразрывной связи с англосаксонскими демократиями. Именно здесь наше историческое место»^{350}. Он надеялся, что победа приведет к радикальным переменам в Советском Союзе в направлении демократии и свободы мысли. Поражение нацизма, полагал он, приблизило бы мир к ноосфере^{351}.