Онтология и космология «Чистых братьев» покоятся на учении об эманации: от бога «проистекают» мировой разум, мировая душа, первая (неопределенная) и вторая (трехмерная) материи, далее — небесные сферы и подлунный мир с его простыми и сложными телами. Как и всякая эманационистская доктрина, это учение предполагает несотворенность мира во времени. Вместе с тем в энциклопедии говорится, что бог сотворил мир «единым разом». Это не уступка креационизму; в неоплатонических учениях оно обозначает то, что по отношению к Единому (богу) никаких ступеней эманации не существует, вещи в нем даны «все вместе», и только в эмпирическом мире они образуют ту или иную ступень бытийной лестницы в зависимости от близости или удаленности от бога и материи, поскольку существование предшествующей ступени является необходимым условием существования последующей. Креационистские же представления опровергаются «Чистыми братьями» на том основании, что они подразумевают воздержание бога до акта творения от соответствующего действия, а воздержание от действия — признак несовершенства.

В противоположность тем, кто думает, что тела вместе с их акциденциями суть не что иное, как сам бог, авторы трактатов утверждают, что творец подобен единице, которая наличествует в каждом из чисел, не будучи, однако, сама числом. Пантеистический бог энциклопедистов лишен всяких положительных атрибутов. Единственный способ познания этого бога — изучать мир, «ибо в произведениях искусства есть знак мастера» и «в причинно обусловленном есть след причины». Совпадающий с единством бытия, бог «Чистых братьев», по их словам, — это тот же всевышний, «веру» в которого обнаруживают абсолютные атеисты, когда взывают к нему в тяжкие минуты жизни, и даже животные, которые обращаются головою ввысь, страдая от изнуряющей жары.

Отвергая творение мира во времени, «Чистые братья» рассматривали царства природы как результат своего рода развития, подходя к эволюционистскому пониманию их последовательного становления во времени. Растения, говорится в одном из их трактатов, возникли по времени раньше животных, а возникновение животных предшествовало появлению человека, причем низшие, наделенные только одним чувством живые существа, такие, как ракушки, улитки, черви, возникли в тине и в иле на дне моря и в глубине рек.

Аллегорически трактуя историю с грехопадением Адама и Евы, энциклопедисты рассказывают также о развитии рода человеческого. Появление первых людей они относят к району экватора, где, по их представлениям, господствует умеренный климат. В «земном раю», расположенном на горе Якут, что возвышается над островом Шри-Ланка, Адам и Ева проводят свои дни среди благоухающей флоры, в окружении мирных животных и сладкоголосых птиц. Но вот совершается грехопадение, и оба оказываются низвергнутыми к подножию горы, где нет ни воды, ни деревца, ни приюта. Когда прародители людей едва не гибнут от голода и лишений, бог ниспосылает им ангела, который научает их труду, обеспечивающему им существование. Этот ангел олицетворяет силы природы, приносящие человечеству пользу, а враждебные ему стихии персонифицирует дьявол, который отказался поклониться Адаму. Потомки Адама, меняя образ жизни, переходят от ступени дикости к ступени цивилизации: жизнь в пещерах сменяется жизнью в селах и городах, на смену собирательскому способу добывания средств к существованию приходят охота, скотоводство, землепашество и т. д.

Эволюционистские догадки «Братьев», в частности их положение о том, что между царствами природы, как между животными и человеком, существуют переходные ступени, шли вразрез с религиозными представлениями о творении сущего богом, превращая их в лучшем случае в набор поэтических метафор и аллегорий.

Сочетая эти догадки с идеей циклического обновления природы и общества, попеременного господства в последнем добра и зла, «Братья» называли власть Аббасидов властью зла и предсказывали естественное падение этого режима; они видели свою задачу в том, чтобы ускорить его крах, подготавливая, с одной стороны, духовное оздоровление общества, а с другой — вскрывая поразившие его язвы: алчность, коварство, ложь, беззаконие и насилие.

Свой союз энциклопедисты рассматривали как зародыш грядущего «государства добра», в котором большинство общества будет представлено людьми добродетельными, стремящимися к благу как таковому и во взаимоотношениях руководствующимися принципом: «поступай с другими так, как ты хотел бы, чтобы поступали с тобой». Основным мерилом для них при различении нравственного и безнравственного выступали требования разума, а не заповеди и предписания шариата, которые, с их точки зрения, необходимы лишь для тех, кто не способен, прислушиваясь к голосу рассудка, подавлять свои порочные наклонности. Пророки, принесшие людям божественные законы, заявляли «Братья», — это врачеватели душ и астрологи, вселяющие в эти души надежду на будущее счастье; врачи нужны людям больным и убогим, астрологи — пребывающим в отчаянии; мы же в них не испытываем никакой потребности. По той же причине энциклопедисты считали себя свободными от обязанности совершать молитвы, соблюдать пост и выполнять другие предписания религии.

Добродетельным людям, бескорыстно отдающим себя служению ближним, «Чистые братья» противопоставляли безнравственных индивидов, причиняющих другим зло, и лицемеров, совершающих благие поступки, но только в надежде извлечь из них определенную выгоду. В последнем случае речь шла, конечно, о тех благочестивцах, которые за добрые дела свои рассчитывают получить еще большие воздаяния в потустороннем мире.

В трактатах «Братьев» приводятся типы и иных благочестивцев: человек регулярно молится, посещает мечеть, скромен в быту, но вот становится судьей — и он уже сидит на муле в окружении свиты и рабов и направляется к государю с дорогими подарками, чтобы получить от него санкцию на использование лжесвидетельства и несправедливый исход тяжбы; другой — убежденный благочестивей, готовый вечно ходить с синяками на лбу от молитвенных поклонов, изнурять себя постом и в то же время снедаемый желчной злобой на всех, кто предпочитает вести иной образ жизни.

Творчество «Чистых братьев», которых традиционалисты обвиняли в попытке подменить религию философией, занимало как бы промежуточное положение между каламом и фальсафа. Эзотерическое содержание их учения, доступное лишь немногим членам тайного союза, достигшим высшей ступени инициации, несомненно, противополагалось всем богооткровенным религиям, которые в энциклопедии рассматриваются как низшие ступени познания, преодолеваемые и отменяемые на высшей ступени, ассоциирующейся с воскресением («кияма») у простых мусульман и с приходом «непогрешимого имама» («кайма») у исмаилитов. Но с философской точки зрения эта высшая ступень понималась «Братьями» как ступень познания реальной сущности вещей, очищенного от последних остатков превратного, религиозного мировоззрения. На своих собраниях, именовавшихся, подобно «дискуссионным клубам» мутакаллимов, «маджалис», «Братья», вполне вероятно, разоблачали пророков с тем же пылом, с каким это делали идеологи карматского движения. Однако в энциклопедии они давали читателю «информацию к размышлению», которая по исходному материалу (шариат) и методу (диалектика) смыкалась с каламом, а по конечным выводам — с фальсафа.

«Фалясифа», т. е. представители философии, ориентировавшейся непосредственно на эллинско-эллинистическую науку, отличались от мутакаллимов тем, что в качестве посылок для рассуждений о предельных основаниях бытия они брали не «общераспространенные» положения ислама, а «достоверные» положения античной философии. Соответственно если вольнодумные идеи мутакаллимов были результатом диалектических рассуждений, основанных на символико-аллегорическом толковании догм религии, то антифидеистические и антитеистические тезисы «фалясифа» выводились из их «достоверных», научных положений с помощью «доказательных», аподиктических силлогизмов, тогда как символико-аллегорическое толкование религиозных представлений служило им средством для последующего приведения этих вольнодумных тезисов в формальное соответствие с теми из указанных представлений, отрицание которых было бы равнозначно отрицанию своей принадлежности к мусульманской общине.