Обострение ситуации еще прочнее привязывало к русским местных ясачных. Часто они вместе со стрельцами и казаками защищали свои земли, ходили на перехват врага. И когда, например, было принято решение перевести 200 служилых из Тюмени в Томск, татары трех ближайших волостей направили царю челобитную: “Только, государь, послать с Тюмени в Томский город 200 человек конных казаков — и нам на старых своих юртах жить и на зверя ходить промышлять не сметь, разбрестись будет всем по лесам… Государь, пожалуй, вели нести службу ратным людям, от калмацких людей и Кучумовых внучат оберегати”.

Отделившаяся от других племен масса кочевников Хо-Урлюка прошла Северный Казахстан, переправилась через Яик и появилась на берегах Волги. Калмыки нашли общий язык с обитавшей между Волгой и Яиком Ногайской Ордой — понявшей, что драться с пришельцами себе дороже выйдет, так что лучше договориться. И калмыки вместе с ногаями начали набеги на российские владения. Для противодействия им и организации обороны в Астрахань был назначен воеводой молодой, но талантливый стольник Алексей Никитич Трубецкой, уже зарекомендовавший себя в 1629-31 гг в Тобольске защитой края от калмыцких рейдов.

А в Монголии продолжались драки. После разгрома Лигдана Абахай счел себя уже в состоянии состязаться на равных с империей Мин. И в противовес ей провозгласил начало новой империи — Цин (Светлая). Организовать сопротивление еще пробовал сын Лигдана. Но его единственный союзник Цокто-тайджи действовал крайне легкомысленно. Вместо концентрации сил против Абахая отправился с завоевательным походом в Тибет, где и погиб, побежденный тибетскими и кукунорскими князьями. Поэтому ханского наследника маньчжуры легко разбили и убили. И в 1636 г. созвали курултай, куда прибыло 49 монгольских князей. Съезд признал империю Цин и подчинение Абахаю, объявив его ханом Монголии. Но далеко не все племена прислали своих представителей на курултай и признали его решения. И как раз это привело к окончательному расколу монгольского этноса. На Внутреннюю Монголию — покорившуюся маньчжурам, Внешнюю — сохранившую независимость, и бурят — избравших подданство русскому царю.

Тем временем по соседству возникла могучая Джунгарская держава калмыков. Во главе государства и войска стоял хунтайджи, видное место занимала знать, тайши и нойоны, большим влиянием пользовались ламы. Пленных обращали в рабство и продавали в Китай или использовали их труд в хозяйстве. Эта держава охватила Западную Монголию, Джунгарию, Илийский край, часть Восточного Казахстана. В походы выставлялось до 100 тыс. воинов, в войске была введена строгая дисциплина, нарушителей жестоко карали. И доходило до того, что русские воеводы опасались пускать калмыцких послов к царю. “Чтоб колмаки к Москве пути не узнали, потому что они люди многие и воинские, а прибыли в них нет никакой, и торговать с ними нечем”. Возникали нешуточные опасения, как бы новое государство не стало для России вторым Крымом. Но случилось иначе — Сибирь продолжали тревожить лишь отдельные отряды и банды, а острие своей экспансии хунтайджи Батур повернул на юго-запад, против Средней Азии и казахов. В степях закипели рубки, но угроза для русских земель отодвинулась.

И, несмотря на набеги, Сибирь жила, хозяйствовала. Развивалась культурная и духовная жизнь. Третьим архиепископом Тобольска стал весьма образованный Нектарий — он знал латынь, греческий язык, изучал философию и риторику. При нем в Сибири стали создаваться первые школы. Архиепископский дьяк Савва Есипов составил “Есипову летопись” — она быстро завоевала общероссийскую известность и разошлась по стране во множестве списков, став принадлежностью многих монастырских и частных библиотек. В 1636 г. по видениям вдовы Марии и крестьянина Евфимия и по благословению Нектария в селе Абалак начала строиться церковь Знамения Пресвятой Богородицы. Храмовую икону для нее написал лучший художник Сибири протодьякон тобольского Софийского собора Матвей. Абалацкая икона Божьей Матери вскоре была признана чудотворной и стала общесибирской святыней.

На посту начальника Якутского острога в 1636 г. атамана Галкина сменил Парфен Ходырев. Он усилил свой гарнизон, добившись перевода части казаков из Енисейска. И повел дальнейшие исследования здешних краев. Зимним путем, на конях была отправлена экспедиция С. Харитонова, преодолевшая Верхоянский хребет и добравшаяся до р. Яны. Другой отряд, 46 чел. под командованием казачьего десятника Елисея Бузы спустился по Лене и морем пошел на запад, до р. Оленек. Оттуда сухим путем казаки вернулись на Лену и объединились с экспедицией промышленника Друганки. Построили 2 коча и отплыли к Яне. Но достигли только Омолоя, попали в шторм и потерпели крушение. Бросили на берегу разбитые кочи, значительную часть товаров и припасов, смастерили нарты и продолжили путь по суше. Перевалили кряж Кулар и дошли до верховьев Яны, где стали собирать ясак. Местные якуты собрали против них войско. Казакам и промышленникам пришлось 6 недель просидеть в осаде, двое погибли. Но в конце концов “тех якутов войною смирили и под государеву руку привели и ясаку с них взяли вновь”. Спустившись по Яне, опять построили кочи и вышли в море. Пристали в устье р. Чендын, захватили в аманаты 3 юкагирских князьцов и собирали ясак 3 года.

На конях выступил на “дальние реки” и отряд Посника Иванова из 30 чел. Через Алдан и горы проникли на Яну, основав Верхоянск. Потом дошли и до Индигирки. Выдержали “крепкий бой” с юкагирами, которых не сразу удалось объясачить, и поставили Зашиверское зимовье. Продвигаясь к низовьям, встретили Ивана Реброва, все еще находившегося здесь и построившего Нижне-Индигирский (Уняндинский) острожек. А в другую сторону от Якутска отправилась экспедиция Перфильева. Он для “приискания новых земель и неясачных людей” исследовал притоки Лены, искал пути к Амуру, о котором узнал от местных жителей.

В это же время на Лену послали отряд из Томска — атамана Дмитрия Косолапова с 50 казаками. Они поднялись вверх по Алдану и заложили Бутальский острожек. Здесь от отряда отделилась партия из 30 чел. под руководством Ивана Москвитина и выступила дальше на восток. Двинулась по р. Мае, перебралась через хребет Джугджур и… в 1639 г. достигла Охотского моря. Вот так вот русские прошли Сибирь “насквозь”… У устья р. Ульи экспедиция Москвитина поставила острожек и прожила 2 года, собирая ясак. Исследовала окрестности, составила первые чертежи Охотских берегов, от здешнего населения получила важные географические сведения о приморских краях и народах, Амуре, Камчатке.

Но пока Москвитин совершал эти открытия, на Алдане произошла безобразная история. Там разгорелся очередной межплеменной конфликт, причем енисейские служилые поддержали “своих” ясачных, а томские — “своих”. Что привело к вооруженному столкновению между ними, были жертвы. Дело дошло до царя. Он возмутился, что “меж себя у служилых людей бывают бои: друг друга и промышленных людей побивают до смерти, а новым ясачным чинят сумнение, тесноту и смуту и от государя прочь отгоняют”. А назначенное расследование выявило и другие недостатки и злоупотребления. Например, что в дальних походах некоторые служилые собирают ясак в свой карман, “богатея многим богатством, а государю приносят от того богатства мало”. И в результате в 1639 г. правительство постановило образовать новый, Якутский уезд, а самовольные походы на Лену из других городов запретить.