А экспедиция Дмитрия Зыряна, перебравшись с Яны на Индигирку, совершила в это время поход на Алазею. Тоже не без приключений. На нее напали юкагиры-алазеи, окружили и теснили. В бою удалось убить местного князьца Невгоча, и юкагиры отступили. Но когда русские поставили свой острожек, приехал алазейский шаман Омоганей и начал поносить пришельцев (очевидно, с целью навлечь на них проклятие здешних духов). Казаки по отношению к духам оказались людьми не трусливыми, шамана схватили “за невежество” и посадили в аманатскую избу. Юкагиров это возмутило, и они нахлынули снова. Штурмовали, “ломились в острожек”, их отбивали ружейными залпами. И лишь после второго поражения алазеи согласилось платить ясак.

Приказчики купцов Усовых Федот Алексеев и Лучко Васильев предприняли путешествие на р. Оленек, торговали с местными жителями. А Посник Иванов, вернувшись с Индигирки, был произведен в пятидесятники и в 1642-43 гг. возглавил первую русскую экспедицию на Байкал. Перешел Байкальский хребет, побывал на западном берегу озера, посетил о. Ольхон. Установил прекрасные отношения с бурятами — и они добровольно согласились на подданство. Впрочем, тот факт, что очень многое зависело именно от дружественных отношений с местными жителями, вскоре получил печальное подтверждение. Для обследования района к востоку от Байкала в 1643 г. был отправлен отряд Скороходова. Но поссорился с бурятами и тунгусами и в боях с ними погиб до единого человека.

В начале 1640-х гг обозначилось еще одно перспективное направление для продвижения землепроходцев. Воевода Головин подготовил и послал экспедицию Е.Бахтеярова для поисков дороги на Амур. Эта экспедиция подробно описала р. Витим, открыла р. Зея. Независимо от нее промысловики и торговцы Вижевский и Квашнин “со товарищи” преодолели правый ленский приток Олекму, дошли до р. Тугирь и достигли Амура. А в 1643 г. для большого похода в Приамурье начал собирать “охочих людей” сам письменный голова Якутска Василий Поярков. То ли ему надоела канцелярская работа и захотелось “живого дела”, то ли оставаться в уездном центре под началом Головина показалось совсем невыносимо. И 132 чел под его командованием отчалили на судах по Лене открывать новые края. Поднялись по Алдану. Остановившись на зимовье, Поярков оставил здесь ладьи и часть людей, взял с собой 90 чел. и продолжил путь на нартах. Через Становой хребет достигли р. Зеи. Построили новые суда и в 1644 г. вышли на Амур. И двинулись дальше, к его низовьям…

В Сибири возникали новые духовные и культурные центры. В 1644 г. инок Далмат, удалившийся из Невьянской обители, поселился в лесах на берегах р. Исети, куда принес чудотворную икону Успения Богоматери. Так был основан знаменитый впоследствии Далматов монастырь. Отлаживалось гражданское управление. А связь между сибирскими городами и уездами, несмотря на расстояния, действовала регулярно. Поэтому о “художествах” Головина через служилых и других воевод в Москве узнали, хотя и с естественной задержкой. Правительство решило снять самодура и назначило в Якутск новых воевод, Василия Пушкина и Кирилла Супонева. А пока они доберутся, срочной эстафетой приказало енисейскому воеводе Аничкову отправить для временного управления краем уже проверенного и опытного человека, атамана Ивана Галкина, которого произвели в дети боярские. Он в 1644 г. приехал в Якутск с царской грамотой об отстранении воеводы от должности. Головин взбесился, пытался опротестовать указ, называя грамоту “воровской”, т. е. поддельной. Но у служилых прорвалось все, что накопилось против него, они поддержали Галкина, сами освободили из тюрьмы людей, арестованных воеводой, и Головину пришлось убираться подобру-поздорову.

А экспедиции, ушедшие в дальние края, даже и не знали об этих событиях. Продолжали делать свое дело. Стадухин собрал довольно подробные сведения о природе и жителях тех мест, где путешествовал его отряд. Узнал, что восточнее Индигирки, за горами, лежат болотистые низины и большие реки Алазея, Колыма, Анюй, где обитают юкагирские племена чувинцев, ходынцев, анаулов, алазеев, омоков. И задумал отправиться туда. Построив коч, казаки спустились по Индигирке и около ее устья встретили экспедицию Зыряна, вернувшуюся с Алазеи. И Стадухин с Зыряном объединили силы для нового предприятия. Двумя кораблями вышли в море — и на востоке открыли р. Колыму. В ее низовьях кочи были встречены враждебно настроенными “оленными людьми”, которые не позволили русским высадиться и закрепиться. Суда поплыли вверх по течению, их преследовали на лодках. Лишь через 3 дня казаки оторвались от погони, остановились возле селения оседлых юкагиров князьца Алая и поставили острожек — будущий Среднеколымск.

Правда, здешние жители тоже принялись враждовать с землепроходцами, пришлось предпринять поход против “юкагирских мужиков-омоков”. В завязавшемся бою Стадухина ранили стрелой, но снова отличился Дежнев, убил “лутшево мужика, Алаева брата”, были взяты трое пленных в аманаты, и юкагиры признали поражение, согласились на ясак. Казаки собирали его 2 года — набрав “восемь сороков” соболей. Основали еще Верхнеколымский и Нижнеколымский остроги. Предприняли экспедицию западнее колымского устья, на р. Чукочья, где жил обособленный чукотский род. Отсюда Стадухин привез чукчанку Калибу, которую землепроходцы нашли весьма умной и смышленой, от нее получили много ценной информации о здешних землях.

В 1645 г. Стадухин и Зырян решили с половиной отряда вернуться морем в Якутск, а на Колыме осталось 13 чел во главе с Втором Гавриловым и Семеном Дежневым. Алай узнал, что русских мало, и решил их уничтожить. Собрал 500 воинов и напал на острог. Бой был упорным, все защитники получили ранения. Но в критический момент, когда юкагиры полезли на штурм, один из казаков сошелся в рукопашной с самим Алаем и поразил его копьем. В рядах нападавших возникло замешательство, и они отступили. А Зыряну вернуться в Якутск было не суждено. В море его судно встретило коч ленских купцов, а с ними ехал целовальник Петр Новоселов и вез грамоту о назначении Зыряна целовальником (то есть государственным приказчиком) на “дальние реки”. Поэтому Стадухин продолжил путь, а его соратник пересел на встреченное судно и вернулся на Колыму, где вскоре погиб.

Его преемником стал Втор Гаврилов. Колыма тоже начала “обживаться”. К ней пошли кочи с Лены, Яны, Индигирки. Прибыли партии промышленников Исая Мезенца и Семена Пустозерца. После девятилетних путешествий по Яне и Индигирке сюда добралась экспедиция Харитонова. И казак Беляна, прожив 2 года на Алазее, тоже решил податься восточнее. Построив с товарищами коч, дошел до Колымы, выдержал несколько боев с юкагирами и поставил острожек. Но местные роды объединились и осадили его крупными силами. Беляна был ранен, двое его сподвижников убиты. Спас эту группу отряд торговых и промышленных людей, только что прибывших на Колыму. Обнаружив, что поблизости идет бой, ударил на юкагиров и заставил снять осаду. А Беляна с уцелевшими подчиненными вернулся на Алазею.

Ну а экспедиция Пояркова продвигалась к устью Амура. Собирала сведения о “Даурской землице”, разузнала, что жители верхнего и среднего Приамурья либо являются данниками маньчжуров, либо воюют с ними, а в низовьях реки обитают племена, еще никем не “объясаченные”. Летом 1645 г. ладьи Пояркова вышли в Амурский залив, землепроходцы увидели о. Сахалин. А затем поплыли на север вдоль морских берегов, пока не достигли р. Ульи, уже разведанной раньше экспедицией Москвитина. И по его пути — из Ульи через хребет Джугджур в притоки Лены, Поярков повернул обратно в Якутск. От лишений, болезней, в голодных зимовках и стычках его отряд потерял 2/3 личного состава. Но привез огромный ясак, а главное — отчет с подробным описанием своих открытий и чертежами Амура и морского побережья. Фактически Россия вошла в соприкосновение с границами империи Цин.