Польские феодалы считали себя хозяевами Москвы и рассчитывали на полное покорение России. Они выслали из столицы в различные отдаленные города почти 18 тыс. стрельцов, чтобы обезопасить себя. Но русский народ не склонил голову перед захватчиками и решительно поднимался на борьбу. Грабежи, насилие и притеснения со стороны поляков вызывали все большее негодование народа и ускорили создание единого фронта. В центральных областях было сформировано первое народное ополчение под руководством рязанского воеводы П.П. Ляпунова, состоявшее из казаков и крестьян, отошедших от самозванца, и отдельных дворянских отрядов, которые вместе пошли против поляков.
Точная дата рождения П.П. Ляпунова неизвестна. Можно только предположить, что он родился в 60-е гг. XVI в., поскольку в период Смуты был уже достаточно зрелым человеком. Обладал деятельным, но вспыльчивым характером. Тем не менее его уважали за открытость в отношениях с людьми. Отец его, Петр Ляпунов, был современником Ивана Грозного и принадлежал к старинному рязанскому роду, члены которого редко появлялись при царском дворе. Но среди местного дворянства он и его дети — Григорий, Прокопий, Захар, Александр и Степан, занимали одно из первых мест и имели право возглавлять городовую дружину. Рязань была главной житницей столицы, поэтому Прокопий и его братья имели тесные связи с московским купечеством и дворянством, часто посещали столицу и поэтому имели некоторое представление, как разворачивалась борьба за царский трон после смерти Ивана Грозного.
В 1604 г. во главе рязанских отрядов Прокопий был отправлен для борьбы с войском Лжедмитрия I. После внезапной смерти царя Бориса в апреле 1605 г. вместе с другими воеводами он не захотел служить Федору Годунову и перешел на сторону самозванца. Вполне вероятно, что он поверил в его истинность и решил, что должен служить законному отпрыску царского рода, а не узурпаторам Годуновым.
В близкое окружение Лжедмитрия Ляпуновы не вошли и вернулись в Переяславль-Рязанский. Однако быстро меняющиеся в Москве события вновь заставили Прокопия взяться за оружие. В мае 1606 г. стало известно, что «царь Дмитрий» свергнут с престола. Новым царем «без воли всей земли» провозгласил себя боярин Василий Шуйский. Эта перемена на троне показалась Ляпунову незаконной. Поэтому узнав, что «Дмитрий» якобы спасся и послал войско во главе с И. Болотниковым против своего врага Шуйского, рязанский воевода вместе с рязанской дружиной решил к нему присоединиться. Поддерживая Болотникова, Ляпунов со своими единомышленниками поднял оружие против политической олигархии бояр. По указанию И. Болотникова он овладел Коломной и открыл повстанцам путь к Москве.
5 октября началась совместная осада столицы. Вместе с другими провинциальными дворянами Прокопий вошел в руководство войска болотниковцев. Лазутчики царя Василия стали настойчиво убеждать дворян покинуть восставшую чернь, которая по собственной воле затеяла кровавое междоусобие, прикрываясь именем убитого самозванца.
Агитация подействовала на умы рязанцев. 15 ноября 1606 г. под покровом ночи 500 человек во главе с П. Ляпуновым и Г. Сумбуловым покинули стан Болотникова в Коломенском и отъехали в Москву. Это существенно поколебало ряды восставших.
Отъезд Ляпунова, а с ним и «многие рязанцы дворяне и дети боярские», стал одной из причин разгрома движения Болотникова. Царь Василий это прекрасно понял и по достоинству оценил поступок рязанца, присвоив ему чин думного дворянина. С этого момента Прокопий стал заседать в Боярской думе.
Но борьба с авантюрой самозванцев не закончилась. Весной 1608 г. стало известно, что к столице движется армия Лжедмитрия II. У Пронска вместе с воеводой И. А. Хованским П.П. Ляпунов попробовал остановить «воров». Но сражение было проиграно. Прокопий был ранен в ногу и отступил к Переславлю-Рязанскому. Здесь ему пришлось срочно заняться обороной города. Враги наступали со всех сторон.
Летом 1608 г. после образования Тушинского лагеря рязанская земля вместе со столицей оказалась в блокадном кольце. Мощные городовые дружины отбивали все атаки тушинцев и не позволяли грабить свои города и села. Сбор продовольствия и фуража все еще оставался в руках рязанского воеводы. Это позволило ему неоднократно посылать продукты голодающей Москве.
Весной 1609 г. в Рязань пришло известие, что М.В. Скопин-Шуйский с большой армией двинулся из Великого Новгорода к столице, нанося поражение за поражением войскам самозванца. П.П. Ляпунов радостно приветствовал все победы молодого полководца. В его ставку в Александровскую слободу он прислал грамоту, в которой всячески превозносил боевые заслуги воеводы-освободителя и прямо называл его новым государем и царем всея Руси. Царя Василия же он всячески поносил и ругал за трусость, бездеятельность и полную никчемность.
Хотя для Скопина, имевшего сильное войско и народную любовь и уважение, путь к престолу был открыт, он возмутился грамотой Ляпунова и даже хотел наказать его гонцов. Благородный полководец был верен своей клятве, данной царю Василию.
Но в Москве стало известно о содержании грамоты рязанского воеводы. Мнительный и подозрительный В. Шуйский вместе со своим братом Дмитрием, метившим в наследники престарелого царя, затаили злобу на своего освободителя и стали ждать удобного момента для расправы. 23 апреля 1610 г. Скопин-Шуйский скоропостижно скончался после тяжелой болезни.
Но смерть Скопина сыграла злую шутку и с самим царем. Известие о внезапной и весьма подозрительной кончине молодого князя всколыхнуло всю рязанскую землю. Братья Ляпуновы сделали один вывод — полководец был отравлен по приказу злобного и мстительного царя. Всеобщая волна ненависти к Шуйскому достигла предела. Задумав свергнуть Василия, Прокопий стал договариваться с другими боярами и дворянами. Его планы нашли поддержку у князя В. В. Голицына, также метившего на престол. Сам же Ляпунов первоначально предполагал посадить на престол Лжедмитрия II и даже отправил к нему гонцов и стал ссылаться с другими городами, чтобы уговорить их присоединиться к нему. Но вскоре выяснилось, что мало кто хотел видеть на троне самозванца. Поэтому было решено выбрать нового царя общим советом.
После разгрома царских войск под Клушином 24 июня 1610 г. создалась исключительно благоприятная обстановка для свержения ненавистного В. Шуйского. К Коломенскому подошли войска Лжедмитрия II, у Можайска расположились полки польского гетмана С. Жолкевского. Защищать Москву было некому. Прокопий понял, что следует действовать решительно. Он отправил в Москву к своему брату Захарию гонца, который должен был сообщить, что настало время «ссадить с престола царя Василия».
По призыву Захария заговорщики объединились, выехали на Лобное место и стали призывать народ выступить против ненавистного «шубника». Вскоре собралась большая толпа и во главе с 3. Ляпуновым и Ф. Хомутовым направилась в Кремль. Только патриарх Гермоген пробовал защитить царя, но его насильно отвели за реку. К заговорщикам присоединились и некоторые бояре. И.М. Воротынский вошел в царский дворец и арестовал В. Шуйского с женой. Сначала их поместили на старом боярском дворе, потом его постригли в Чудовом монастыре в монахи, а впоследствии отправили в Польшу, где он и скончался.
На совете бояр — правительстве временщиков — было решено провозгласить новым царем польского королевича Владислава. Для обсуждения с королем Сигизмундом III всех условий воцарения его сына под Смоленск было отправлено посольство. В его состав был включен и брат Прокопия Захарий.
П. Ляпунов поначалу горячо поддержал этот проект и даже стал присылать продовольствие в Москву для польского гарнизона. Однако вскоре от брата он узнал о коварных планах короля насильно присоединить Русское государство к своей короне. Прокопий решил готовиться встать на защиту независимости государства, не задумываясь о том, кто сядет впоследствии на царский трон. Положение Прокопия Ляпунова в Рязанской земле давало ему необходимую силу и влияние. Во-первых, он был облечен властью воеводы, одновременно принадлежа к составу местного дворянства. Поэтому он мог найти необходимые рычаги, а главное — убедительные слова, чтобы поднять против врага местный люд. Во-вторых, он действовал в крае, который имел для Москвы первостепенное значение, обеспечивая поставки хлеба. Владея, по словам Жолкевского, большим расположением народа, сознавая свою силу и влияние, Ляпунов считал за собой право и обязанность вмешиваться в общегосударственные дела и поднимать свой голос перед членами Боярской думы, к числу которых он и сам принадлежал по чину думного дворянина.