Абсолютно точно установлено, что Янтарная комната с декабря 1941 года находилась в Орденском замке Кёнигсберга и была частично выставлена для обозрения на третьем этаже его южного флигеля в комнате № 37.
На размещённую в Орденском замке Кёнигсберга Янтарную комнату были и другие претенденты. Так, военные хотели её получить для военного музея в Бреслау (Вроцлав, Польша), а восточное министерство рейхсляйтера А. Розенберга пыталось вывезти шедевр для украшения «колониального» музея. Не остался к ней равнодушным и Г. Геринг, мечтавший разместить янтарные панели в своём дворце Каринхалле. Все эти попытки решительно пресекал Кох.
С первых дней экспозиции Янтарной комнаты в Орденском замке Кёнигсберга её опекал доктор Альфред Роде — директор художественных собраний Кёнигсберга. Фрагментарно собранную Янтарную комнату осматривали высокопоставленные чиновники из Берлина и других городов Германии, работники культуры, дипломаты и журналисты.
В марте 1944 года в Орденском замке Кёнигсберга случился пожар, который частично уничтожил и выставочные коллекции, однако Янтарная комната не пострадала, если не считать образовавшийся на янтаре легкоустранимый белый налёт. И всё же после этого пожара Янтарная комната была демонтирована и упакована в ящики. Свидетельства Гебхардта Штрауса подтверждают другие источники. Именно с этого момента в нашем повествовании будут присутствовать уже не янтарные панели, а ящики с янтарным содержимым.
Версий, заявлений, свидетельств, показаний и предположений существует великое множество. Остановимся лишь на тех, которые имеют документальные подтверждения.
Свидетельствует бывший директор ресторана «Блютгерихт» Пауль Файерабенд (запись сделана 2 апреля 1946 года): «После того как Кёнигсберг в августе 1944 года был бомбардирован, Янтарную комнату (ящики) перенесли в Орденский зал, который помещался под рестораном. Упакованная в многочисленные ящики комната оставалась там до начала штурма Кёнигсберга. Роде много раз говорил мне, что комната должна быть увезена в Саксонию, но вследствие многочисленных транспортных затруднений это не могло быть осуществлено. В конце марта 1945 года замок посетил гауляйтер Кох. Он сделал доктору А. Роде серьёзный выговор, что тот оставил в замке упакованную Янтарную комнату. Кох хотел позаботиться о немедленном вывозе, но жестокая боевая обстановка уже не допустила вывоза. Упакованная комната осталась стоять в Орденском зале…» Вот ещё свидетельства П. Файерабенда, сделанные при второй встрече с ним 2 апреля 1946 года: «…В июле 1944 года во двор замка пришли две машины, высоко нагруженные ящиками. Некоторые маленькие ящики были сгружены в музее „Пруссия“, остальные остались на машинах. Я спросил доктора, что за гигантские ящики лежат на машинах. Роде сказал мне, что это янтарные стены из России… На следующий день машины с грузом ушли. Около полудня Роде пришёл ко мне купить несколько бутылок вина в запас на дорогу, он должен был уехать на несколько дней. Он действительно после этого отсутствовал три недели. По возвращении Роде рассказал мне, что был в каком-то большом имении и там много поработал. Это путешествие доктора несомненно состоялось в связи с нагруженными машинами. Место и название имения Роде мне не сказал».
Несколько иначе трактует события 1944–1945 годов дочь А. Роде Лотти, проживавшая после войны в городе Гейдельгейме (Германия): «…Мне припоминаются следующие детали о судьбе Янтарной комнаты. В 1943 или 1944 году в выставочных залах Художественных собраний вермахт организовал свою выставку, где однажды ночью по неизвестным причинам возник пожар. Среди ночи моему отцу позвонили о случившемся и он тут же выехал в замок. Он сразу же бросился на третий этаж, чтобы закрыть железную дверь и не допустить распространения пожара к находившейся там Янтарной комнате. Всё же дым нанёс некоторые повреждения, на янтаре образовался белый налёт, который впоследствии был удалён при больших затратах труда. В конце лета 1944 года мой отец… вдруг получил задание демонтировать Янтарную комнату, которая впоследствии была размещена в сводчатых подвалах Орденского замка… Благодаря этому обстоятельству она не сгорела во время опустошительных пожаров в августе — сентябре 1944 года, когда замок был разрушен… Янтарная комната была упакована и подготовлена к вывозу в империю. Как я помню, в середине января 1945 года ящики с ней были отправлены на Главный вокзал, но их отправка не состоялась, так как была уже прервана железнодорожная связь. Были ли оттуда снова возвращены ящики в подвалы замка, я не помню…»
10 мая 1972 года к старшему лейтенанту В. Г. Чернышёву, находившемуся в советском госпитале Берлина, обратился гражданин Германской Демократической Республики Буттерс Хайм. Он принёс письмо следующего содержания: «В апреле 1972 года из ФРГ ко мне в гости приезжала тётя Эмма. Я рассказал ей о своей туристической поездке в СССР и показал некоторые книги с репродукциями экспонатов ленинградских музеев. Речь шла и о поисках Янтарной комнаты. И вот здесь она рассказала мне, что в последний военный год она работала портнихой в Орденском замке Кёнигсберга. В начале января 1945 года ей удалось случайно подслушать разговор двух чиновников замка, из которого она поняла, что речь шла о захоронениях картин в подвалах Орденского замка. В разговоре упоминалась и Янтарная комната, которая должна была быть в том же помещении, куда было решено поместить картины. При перемещении ящиков с картинами тётя Эмма определила это место. Оно находилось под алтарём замковой кирхи. Вход в тайник был со стороны ресторана „Блютгерихт“. После переноски картин рабочие закрыли тайник и замаскировали».
Есть ещё одна заслуживающая внимания версия, связанная с Янтарной комнатой. Её автором является гражданин Германии Хаймберт Линденберг. Вот что он писал послу Советского Союза в Германии в сентябре 1971 года: «В Кёнигсберге я был членом пожарной команды. В 1944 году, несколько недель спустя после налёта бомбардировщиков, утром я получил приказ следовать с грузовой машиной к Орденскому замку Кёнигсберга, чтобы осуществить там важные перевозки. После того как во дворе замка я доложил о своём прибытии, мне было сказано, что я буду перевозить ящики с Янтарной комнатой. Могу Вам сказать, что я видел ящики, в которые, как мне сказали, была упакована Янтарная комната. Их доставали из подвала и грузили в мою машину. Во время погрузки появился сослуживец из моей пожарной команды с приказом заменить меня, так как я должен был выполнить другое задание. Позже от этого сослуживца я узнал, что ящики перевезли в замок Лохштедт. Насколько я помню, было сделано несколько рейсов. Этот замок находится у Фришес-Хафф (Калининградский залив) между Пиллау и Фишхаузеном. Я родился в Пиллау, поэтому знаю этот замок. У замка должен быть подземный ход, ведущий к Балтийскому морю. Если Янтарная комната ещё не найдена, то вполне вероятно, что она находится в этом замке. К Вашим услугам с уважением Х.Л.»
Перечень версий о предполагаемой судьбе Янтарной комнаты можно продолжать и продолжать. В настоящее время их число достигает свыше двух сотен, а географический диапазон предполагаемого размещения практически не ограничен — от дна Ладожского озера до гор Тюрингии, от подмосковных элитных дач до фортов Калифорнии (США).
Морские глубины, трюмы торпедированных судов, соляные шахты, средневековые европейские замки, графские имения, старые рудники, швейцарские банки, форты, бастионы и равелины — вот далеко не полный перечень её версионных объектов.
Наиболее часто упоминаемыми объектами являются: подвалы бывших Орденских замков Восточной и Западной Пруссии, Лохштедта и Бальги (Калининградская область), Пасленка и Эльблонга (Польша), трюмы торпедированного 30 января 1945 года суперлайнера «Вильгельм Густлофф», калийный рудник Фольприхаузена «Виттекинд», полигон «Ольга С III» (Тюрингия, Германия), подвалы архитектурного ансамбля «Гауфорум» в Веймаре (Германия), «Лисья гора» в государственном заповеднике «Шумава» (Чехия) и многие другие.