В 692 году в Трулльском зале Константинопольского дворца был созван так называемый Пятошестой (т. е. дополняющий решения V и VI соборов) собор, осудивший еретиков, и особенно манихеев. Предписывалось в проповедях точно придерживаться учения церкви, а книги, не вошедшие в канон и считавшиеся апокрифическими, — сжечь.
Строго возбранялось, под угрозой отлучения, непосвященным проповедовать в храме: «Не мудрствовать паче, еже мудрствовати подобает» Верующие должны были считать себя только овцами, священник — пастырем. «Почто твориши себе пастырем, будучи овцою?» Духовенству и монахам было запрещено создавать тайные организации — фратрии. Особенно много положений собора касается монашества. Общая тенденция их — прикрепить монахов к монастырям; даже затворникам-безмолвникам не разрешалось приступать к «подвигу», пока в течение трех лет не докажут они в монастыре свою дисциплинированность Собор осудил бродячих монахов, которые проповедовали среди мирян, и предписал, чтобы такие монахи закреплялись за монастырями и бросили бродяжничество. Строго запрещался выход из монастырей без соответствующего разрешения игумена.
В силу ктиторского права отдельные монастыри переходили в руки частных собственников. Собор потребовал неприкосновенности монастырской собственности и для лиц, превращающих монастыри в «мирские обиталища», ввел церковное наказание. Духовенству запрещалось заниматься ростовщичеством. Собор осложнил отпуск рабов на свободу, прежде требовалось два свидетеля — теперь не менее трех.
Свирепые казни и конфискации, суровое обложение налогами городской знати, необдуманно строгое обращение Юстиниана со своими приближенными военными — все это создало почву для заговора. Распространился слух, что Юстиниан намерен произвести массовые убийства жителей Константинополя, начиная с патриарха. Под влиянием этих слухов созрел заговор и в конце 695 года произошел переворот.
Заговорщики сумели убедить известного полководца, отличившегося в Армении, патрикия Леонтия, стать во главе недовольных. Народные массы на ипподроме, руководимые венетами, с криками. «Сокрушим кости Юстиниана!» — бросились на дворец. Юстиниана схватили, отрезали ему нос и сослали в Херсон. Императором был провозглашен Леонтий (695–698), ставленник константинопольской сановной знати.
В конце VII века арабами был взят Карфаген. Леонтий направил в Африку сильное войско, которое сумело вытеснить арабов из Карфагена. Однако удержаться в нем византийцы не смогли и окончательно оставили Карфаген весной 698 года. В неудаче стали обвинять Леонтия. Особенно волновались моряки, провозгласившие императором своего предводителя Апсимара. Начался поход флота против столицы. За спиной моряков стояла провинциальная военная знать. Горожане оказали сопротивление, но среди них не было согласия.
В силу традиционной вражды цирковых партий прасинов к венетам прасины выступили против Леонтия. К тому же распространившаяся чума подорвала силы горожан. После четырехмесячной осады Константинополя фемными войсками, сосредоточенные в столице «внешние», т. е. провинциальные, архонты, охранявшие стены города у Влахерн, сдали Константинополь Апсимару (698). Столица была жестоко разграблена моряками, множество знатных убито, изгнано, их имения конфискованы, Леонтий был свергнут. Ему тоже отрезали нос и сослали в монастырь. Императором был провозглашен Апсимар, принявший имя Тиверия III (698–705). Правительство Апсимара прекратило изнурительные для моряков походы, к тому же не дававшие никаких выгод фемной знати. Все устремления Апсимара были направлены на войну с арабами за Армению. Война велась с переменным успехом. Сначала византийцы одержали крупную победу над арабами под Самосатой — причем, как уверяет Феофан, было убито до 200 000 арабов и захвачена богатейшая добыча. Но арабы повели наступление в Армении, и провинция 4-я Армения была ими захвачена. Посланные в Армению византийские отряды стали вытеснять арабские войска с занятых ими территорий. Армянская знать все в большей мере переходила на сторону Византии.
Но в этот момент в Константинополе произошел новый переворот.
Изгнанный в Херсон Юстиниан не оставил надежды вернуться на престол. Он бежал к хазарскому хакану, сумел привлечь его на свою сторону, женился на его дочери и стал готовить выступление против Алсимара. Тот потребовал от хакана выдачи Юстиниана, живым или мертвым. Хакан послал убийц, но Юстиниан, заблаговременно предупрежденный женою, расправился с ними и бежал из Хазарии по морю к болгарам. Феофан рассказывает характерный анекдот: случилась буря, суеверные моряки требовали, чтобы Юстиниан поклялся простить своих противников, — они думали, что тогда Бог сжалится и утихомирит бурю. А Юстиниан поклялся, что не оставит в живых ни одного из своих врагов.
Благополучно прибыв в Болгарию, Юстиниан сумел привлечь на свою сторону болгарского хана Тервеля и с болгарским войском подступил в 705 году к Константинополю. Юстиниан сам сумел проникнуть в город через подземный ход, вслед за ним ворвались войска. После победы болгары отошли от города, получив большие подарки.
Население Константинополя бурно приветствовало Юстиниана. Легкость переворота, сопровождавшегося гибелью многих знатных лиц, объясняется острой борьбой между плебсом и знатью и в то же время относительной слабостью столичного патрициата.
Репрессии Юстиниана были направлены и против городского патрициата, и против командного состава фемного войска.
Продолжалась борьба и с внешними врагами. Юстиниан, не имея возможности содержать многочисленную регулярную армию, посылал сражаться плохо вооруженные ополчения из ремесленников и крестьян, которые терпели поражения на суше и на море. Начатая война с арабами была очень неудачной. Положение в Италии стало шатким. Равенна, подозреваемая в мятеже, была разгромлена Юстинианом с невероятной жестокостью. Но с римским Папой Юстиниан решил заключить соглашение, надеясь таким образом укрепить положение византийцев в Италии. В конце 710 года Папа был торжественно принят в Константинополе в ущерб самолюбию константинопольского духовенства.
В это время жители Херсонеса, опасаясь политики Юстиниана, направленной против городского самоуправления, вступили в переговоры с хазарским хаканом, который направил в Херсонес своего наместника Юстиниан послал карательную экспедицию во главе с патрикием Стефаном и велел ему истребить мечом всех жителей Херсонеса.
Римляне, прибыв в город, захватили крепость, пленив хазарского наместника и уничтожив большую часть населения. Стефан оставил в городе архонтом спафария Илью, а сам погрузился на корабли и отплыл назад, но по пути флот его попал в бурю и почти весь затонул.
Херсон время от времени продолжал выказывать неповиновение: вскоре там был провозглашен императором Вардан, заключивший союз с хазарами. Спафарий Илья со своими людьми перешел на сторону Вардана, принявшего имя Филиппика.
Юстиниан отправился в провинцию набирать ополчение, а также заручился союзом с болгарами. Тем временем Вардан, быстро переправившись через Черное море, без сопротивления занял Константинополь. Юстиниан был выдан и погиб вместе со всей своей семьей 11 декабря 711 года. Против Юстиниана дружно выступили как городская знать, так и военные провинциальные круги. Террористическая политика Юстиниана не нашла также и поддержки плебса. Юстиниан правил в то время, когда существовала опасность отделения от Византии самостоятельных городов-государств. Фактически отпали Венеция, далматинские города; к полной самостоятельности стремились Херсон и Равенна. Юстиниан, надеясь сохранить единство империи, опирался на ополчение крестьян, рыбаков, городского плебса, подавлял сепаратистские движения городов, способствуя тем самым развитию провинциальной знати. Направление его политики можно было бы назвать даже прогрессивным, но безумные приемы личной деспотической власти, методы террора и политической мести, массовых репрессий — все это отталкивало от Юстиниана даже сторонников его политики.