В завоевательной политике Монтесума II стремился в первую очередь к освоению ранее покоренных территорий. Многие из так называемых завоеваний Монтесумы II были в значительной степени просто «умиротворением» тех племен, что были уже подчинены его предшественниками. Особенно упорно и настойчиво эта линия проводилась в отношении южных областей.
Монтесума поначалу столкнулся с открытым выступлением, угрожавшим системе связи Теночтитлана с отдаленным Соконуско, покоренным при Ауит-сотле. Восстал город Икпатепек, располагавшийся в Оахаке, довольно крупный центр в этом районе. Приход к власти нового тлатоани породил там надежду вернуть независимость. Инсургенты перебили бывших в городе ацтеков и их сторонников и начали готовиться к обороне, возведя защитные сооружения. Карательный поход не заставил себя ждать. Его возглавил сам тлатоани. Среди сопровождавших его был и сиуакоатль (главный военный вождь) Тлилпотонки.
В конце первого дня похода Монтесума II отдал ему совершенно чудовищный приказ — возвратиться в Теночтитлан и обезглавить всех опекунов (воспитателей) своих детей, компаньонок его жен и наложниц, а также других дворцовых женщин и заменить их новыми. Вслед Тлилпотонки Монтесума послал соглядатаев, дабы проверить, исполнено ли его повеление. Ему доложили, что все исполнено. Единственное объяснение этой дикой акции, даваемое в источнике, сводится к тому, что Монтесума хотел таким образом проверить, насколько беспрекословно выполняются его приказы. Во всяком случае, этот кровавый сюжет может служить свидетельством растущей власти тлатоани. Сиуакоатль был низведен до роли высокопоставленного исполнителя его приказов.
Подойдя к Икпатепеку, ацтеки ночью сумели незаметно проникнуть в город, после чего с двух сторон обрушились на оборонявшихся. В наказание за бунт город был подвергнут сильному разрушению. Как сообщается в хронике, охватившие Икпатепек пожары сделали его похожим на действующий вулкан. Одержав победу, Монтесума приказал организовать торжественное возвращение его воинов, не уступавшее триумфам Ауитсотля. И действительно, если верить источникам, каждый день на всем пути войска до самого Теночтитлана вожди и знать окрестных городов, сопровождаемые простолюдинами, встречали его богатыми подарками.
Стремясь экономически укрепить свою власть, Монтесума предпринял шаги для сближения с торговцами Тлателолько, которые считались тогда самыми крупными и влиятельными в стране. Не роняя престижа самовластного правителя, он сумел завоевать признательность Тлателолько, которых 40 лет назад его отец, Ашайакатль, лишил многих привилегий, значительной автономии и обложил данью. На юге интерес ацтеков привлекли независимые от Теночтитлана города Тототепек и Кетсальтепек (в Оахаке), известные благодаря добываемым и обрабатываемым там драгоценным камням и металлам. Монтесума отправил туда торговцев с предложением обменять их товары на ацтекские, главным образом ткани. Вожди обоих городов отказались иметь дело с посланниками и заявили, что не подчиняются ему. Затем торговцы были убиты, а их тела выброшены на берег реки Кетсальтепек на съедение стервятникам. Обнаружив трупы убитых, другие ацтекские купцы сообщили о случившемся Монтесуме. В 1503 году он лично возглавил поход в этот район Ацтекская армия, захватив город Асиотла, стоявший на ее пути и связанный с Тототепеком, форсировала Кетсальтепек и, преодолев каменные укрепления, взяла оба города. Только при штурме Тототепека было захвачено 1300 пленников. Благодаря этой экспедиции Теночтитлан мог рассчитывать на поставки какао, бумаги, прекрасных тканей, драгоценных камней, украшений из перьев редких птиц и т. п.
Несомненные военные успехи Монтесумы II сопровождались и неблагоприятными событиями, одним из которых был голод 1505–1507 годов, вызванный неурожаем в Мексиканской долине. Однако, как и во времена Монтесумы I, он не затронул район, населенный тотонаками, откуда в Теночтитлан стали доставляться продукты.
Монтесума II и правитель Тескоко Несауальпилли открыли государственные склады, стараясь спасти население от голодной смерти. Сильная засуха и неурожай повторились в 1513 году.
Пользуясь неблагоприятной для Теночтитлана ситуацией, миштекские города Йануитлан и Сосолан при поддержке строптивого Тототепека попытались поставить предел продвижению ацтеков на юг. Они пошли на убийство ацтекских купцов, чем фактически поставили себя в состояние войны с Теночтитланом. В 1506 году туда была направлена армия Тройственного союза (сам Монтесума, по всей видимости, в данном походе не участвовал), которая захватила Йануитлан, и разрушила его до основания, не пожалев даже деревьев. Затем ацтеки подступили к Сосолану, однако обнаружили город пустым. Оказывается, его жители, боясь, что их постигнет судьба соседей, скрылись в горах, прихватив все самое ценное. Найти их ацтекам не удалось. В Теночтитлане на церемонии жертвоприношения взятых в плен воинов Иануитлана присутствовали в качестве гостей и представители «врагов дома» городов Тлашкалы, Уэшотцинко и Чолулы. В 1507 году во время столкновения с силами Тототепека, помогавшего Йануитлану и Сосолану, погибли два видных ацтекских полководца.
Очередной поход в миштекский район был предпринят в 1511 году. На этот раз его объектом стал город Тлашиако (Тлачкиауко, штат Оахака), лежавший на важных для ацтеков линиях коммуникаций Его жители совершили опрометчивый шаг, захватив дань, собранную в других районах для Теночтитлана. Поняв затем пагубность своих действий, они не стали оказывать серьезного сопротивления посланным Тройственным союзом отрядам и согласились выплачивать дань.
Борясь за укрепление власти тлатоани и превалирующего положения Теночтитлана в Тройственном союзе, Монтесума II осуществил нечто вроде религиозной реформы. Он приказал, чтобы на территории главного храма бога ацтеков Уитсилопочтли было построено особое святилище, известное по источникам как Коатеокалли («Храм всех богов»), поскольку в нем были собраны идолы племенных богов из различных районов, покоренных ацтеками. Для жертвоприношения при освящении этого храма, необычного для времени, когда каждый народ, племя, город и даже селение имели своего сверхъестественного покровителя, требовались военнопленные. Поэтому был предпринят поход против восставшего города Теуктепека (на Тихоокеанском побережье). Удачное расположение и четыре линии укреплений не спасли Теуктепек.
Однако во время решающей битвы произошло, согласно легенде, фантастическое событие: защитники города, оказавшиеся в воде, на глазах победителей превращались в рыб и аллигаторов. Ацтеки были очень встревожены, посчитав это дурным предзнаменованием.
Но как бы то ни было, победоносная ацтекская армия доставила в Теночтитлан богатую добычу и военнопленных, что позволило провести намеченную церемонию. Монтесума II, одетый в одежды верховного жреца, взошел на алтарь «Храма всех богов» и совершил жертвоприношение. Затем он вместе с сиуакоатлем Тлилпотонки направился к камню для жертвоприношений и принял участие в ритуале по случаю победы в Теуктепеке.
Главные же для Тройственного союза события в годы правления Монтесумы II протекали в центре ацтекского государства, в Мексиканской долине и сопредельных территориях. Речь идет о стремлении Теночтитлана наложить руку на небольшие, но отчаянно сопротивлявшиеся независимые города-государства Тлашкала, Уэшотцинко и Чолула, представлявшие собой как бы бомбу замедленного действия в самом центре Тройственного союза, а также о непрерывной борьбе (чаще скрытой и искусной) Монтесумы со своим самым мощным партнером по Тройственному союзу, Несауальпилли, правителем города Тескоко.
Брат Монтесумы, Макуилмалинальтцин, женатый на дочери Несауальпилли, жил в Тескоко, городе, который после прихода к власти нового тлатоани Теночтитлана все более становился центром антиацтекских настроений Монтесума понимал, что его смерть открывает брату дорогу к власти в Теночтитлане. В ход пошло коварство, В 1508 году тлатоани объявил «цветочную войну» «врагам дома» из города Уэщотцинко.