Весной 1590 года Генрих подошёл к Дрё. Герцог Майенский, желая освободить эту крепость от осады, вступил под Иври в бой с королём. Генрих бросился в битву с отвагой средневекового рыцаря. В короткий срок армия герцога была рассеяна, и королевские войска преследовали её до самой ночи. Генрих истребил у католиков всю пехоту, до тысячи человек конницы и завладел большей частью их артиллерии. Сам глава Лиги бежал без свиты в Мант. Этим сражением был предрешён исход войны. Герцог не решился возвратиться в Париж. Старый кардинал Бурбон вскоре умер, и у католиков не было никого, кто мог бы занять его место. Однако военные действия продолжались ещё несколько лет. Генрих подступил к Парижу и начал новую осаду. Вскоре в городе стал свирепствовать голод. Если бы не помощь извне, горожанам пришлось бы на этот раз сдаться. Но испанский король Филипп II, внимательно наблюдавший за ходом дел во Франции, двинул на помощь католикам всю нидерландскую армию. В августе герцог Пармский доставил в Париж продовольствие и принудил короля снять осаду. В 1591 году Генрих получил значительную денежную помощь от английской королевы Елизаветы, набрал наёмников и стал повсюду теснить католиков. Были взяты Мант, Шатр и Нойон.

В 1592 году Генрих осадил Руан, считавшийся одним из оплотов Католической лиги. Чтобы спасти столицу Нормандии, герцог Пармский во второй раз вторгся во Францию из Нидерландов. Однако до решительного сражения с испанцами опять не дошло. Генрих отступил от Руана, но сохранил сильные позиции в других местах. Было очевидно, что военным путём ни одна из партий не сможет добиться победы. В 1593 году герцог Майенский созвал в Париже Генеральные штаты для избрания нового короля-католика. С самого начала депутаты были в большом затруднении: Генрих оставался единственным законным претендентом на престол. Противопоставить ему можно было только дочь Филиппа II Изабеллу (по матери она приходилась внучкой Генриху II). Среди депутатов инфанта имела немало сторонников, но даже самые рьяные из них отдавали себе отчёт в том, что поставить во главе Франции женщину, и к тому же испанку, будет нелёгким делом. Между тем Генрих поспешил выбить почву из-под ног своих врагов, объявив 23 июля о переходе в католичество. Надо полагать, он решился на этот шаг не без колебаний, хотя едва ли они были религиозного характера. Генрих был достаточно трезвым политиком и закоренелым вольнодумцем, чтобы, выбирая между вопросами веры и политическими выгодами, предпочесть веру. На упрёки своих приверженцев король, по-видимому шутливо, но на самом деле вполне серьёзно отвечал, что «Париж стоит мессы». И это было его искреннее мнение. Сомнения вызывали другие соображения: сделается ли он сильнее от перемены религии, останутся ли ему верны прежние сторонники-гугеноты и готовы ли примириться с ним старые враги-лигисты.

Ему не пришлось долго ждать ответа на эти вопросы. 25 июля король в первый раз присутствовал на католической службе в сен-дениском храме, после чего епископ Буржский торжественно объявил о его возвращении в лоно римской церкви. Едва об этом стало известно в столице, многие парижане, несмотря на запрещение герцога Майенского, поспешили в Сен-Дени приветствовать своего короля. Гугеноты хотя и порицали Генриха за перемену вероисповедания, продолжали держать его сторону, понимая, что этот король никогда не начнёт против них религиозных гонений. Герцог Майенский тщетно призывал своих сторонников к оружию и убеждал их не верить «притворному обращению» короля. Его никто не хотел слушать. Города и вельможи постепенно прекращали борьбу, одни добровольно, а другие продавая свою верность на более или менее выгодных условиях. Таким образом, Генрих завладел своим королевством «по частям и по клочкам», по выражению Сюлли. Он вступил в январе 1594 года в Мо, который был сдан ему комендантом этого города Витри. Потом получил Орлеан и Бурж от Ла-Шатра и Экс в Провансе от местного парламента. В феврале сдали свой город лионские политики. В Шартре Генрих был торжественно помазан по старому обычаю французских королей и 22 марта без боя вошёл в Париж. Тогда же были окончены переговоры о сдаче Руана. Лаон, Амьен и другие города Пикардии, считавшиеся колыбелью Лиги, один за другим открывали свои ворота. Карл Гиз, племянник герцога Майенского, отдал Генриху Шампань. Каждый из этих договоров стоил королю многочисленных уступок в виде раздачи почётных отличий, политических прав и в особенности денежных сумм. Генрих щедро раздавал титулы, назначал пенсии, уплачивал чужие долги, предпочитая материальные издержки кровопролитию. Но там, где переговоры не давали ожидаемого результата, король пускал в ход оружие. В июле 1595 года в сражении при Фонтен-Франсез он нанёс поражение своему старому врагу герцогу Майенскому и отобрал у него Бургундию. Но затем заключил с ним очень сносный договор, стараясь всячески щадить его политические и религиозные чувства: везде, где это было возможно, король старался быть выше личной вражды. В сентябре папа Климент VIII, опасаясь, как бы французская церковь не вышла из-под его влияния, снял с Генриха церковное отлучение и заключил с ним формальный мир. Но продолжалась война с испанским королём, упорно не признававшим прав Генриха на французскую корону. В 1595 году испанцы взяли Камбре, в 1596 году — Кале и, наконец, в 1597 году — Амьен. Но, несмотря на эти успехи, Филипп по-прежнему не имел никакой надежды низложить Генриха. Денег на продолжение войны у него не было, и в мае 1598 года испанский король согласился на мир. Все завоёванные им провинции были возвращены Франции. Последним оплотом лигистов оставалась Бретань, захваченная герцогом Меркером. Генрих сам выступил против него и принудил к покорности.

Итог религиозным войнам во Франции подвёл Нантский эдикт, подписанный королём в апреле 1598 года. Это был важный акт, утверждавший основы государственной политики веротерпимости. Хотя Генрих не дал, как того желали гугеноты, полного равенства их церкви с католической (последняя была объявлена государственной), он всё же предоставил ей значительную автономию. Были подтверждены права гугенотов на свободу проповеди, школьного преподавания и богослужения. В гражданских правах они были полностью уравнены с католиками и получили доступ ко всем государственным и общественным должностям. Реформаторское богослужение было по-прежнему запрещено в Париже. Однако оно было разрешено всюду, где было введено ранее, а именно: в каждом административном округе, в замках вельмож и даже в домах простых дворян. Все эдикты и судебные приговоры, поставленные против гугенотов во время религиозных гонений, были объявлены недействительными. В Ла-Рошели, Монтобане и Ниме гугенотам было позволено держать свои гарнизоны. Им было разрешено иметь свои съезды по политическим и религиозным вопросам, а также своих уполномоченных при дворе и в государственном совете. Как и следовало ожидать, католики и протестанты поначалу были недовольны эдиктом, считая, что противная сторона получила слишком большие уступки. Королю пришлось потратить ещё немало сил, прежде чем эдикт стал основой религиозного мира.

Эпоха кровопролитных гражданских войн подошла к концу. Но в стране оставалось множество религиозных фанатиков, жестоко ненавидевших Генриха. Они не могли уже разжечь новую смуту, но ещё имели силы поквитаться с королём. 14 мая 1610 года Генрих отправился в карете в арсенал для осмотра новых орудий. День выдался жаркий, и оконные кожи были спущены. На узкой и извилистой улице Железных рядов королевский экипаж должен был остановиться, чтобы пропустить воз с сеном. В эту минуту какой-то человек быстро вскочил на колесо, просунул голову в окно и всадил в грудь Генриха кинжал. Смерть была мгновенной, и король не успел испустить ни единого стона. Сидевшие с ним в карете в первую минуту даже не заметили его кончины. Впрочем, убийца (им оказался фанатик-католик Франсуа Равальяк) не успел скрыться, был захвачен стражниками и через две недели казнён.

Будущий шведский король Густав Адольф с ранней молодости был приучен отцом Карлом IX к занятию государственными делами и выказывал блестящие дарования. Он очень хорошо знал богословие, историю, говорил на восьми языках, но самым большим его увлечением было военное дело. Пишут, что в детстве он целыми часами готов был слушать рассказы о подвигах древних героев. Начало его царствования оказалось очень затруднительным. Мать и двоюродный брат Юхан, герцог Остготландский, оспаривали у него власть, но Густав действовал так умно и благородно, что они вскоре должны были отказаться от своих притязаний. В декабре 1611 года риксдаг провозгласил его королём.