Непосредственным участником этого убийства был граф Ботвелл, заведовавший всеми делами вместо покойного Риччо и (как считали) любовник королевы. Вследствие этого подозрения против Марии были очень велики. Она ещё усугубила их, когда постаралась замять дело, остановила судебное расследование, оправдала всех участников убийства, а в мае вышла замуж за Ботвелла. Следствием всех этих неосторожных шагов стало мощное восстание кальвинистов, охватившее большую часть Шотландии. При этом почти все вельможи были в заговоре против нового короля. В июне они попытались захватить королеву в Бортуик-Касле, но Мария успела бежать через заднюю калитку дома. Она собрала своих сторонников и 15 июня встретилась с врагами у Кэрберри-Гилля. Однако до битвы дело не дошло, поскольку большая часть дворян, готовых биться за королеву, отказались проливать кровь за её мужа. После долгих переговоров было решено, что Ботвелл может ехать, куда пожелает, а Мария должна вернуться в Эдинбург. На всём пути до столицы мятежники оказывали королеве лицемерные знаки почтения. Но затем её заключили в замок Лохлевен и здесь 30 июня заставили отречься от престола в пользу своего малолетнего сына. Охрану пленницы поручили роду Дугласов.

В следующем году Марии удалось обольстить юного Джорджа Дугласа. При его содействии она в мае 1568 года бежала из своей темницы в замок Гамильтонов. Здесь она объявила, что её отречение было вынужденным. Вскоре вокруг собрался большой отряд сторонников. Но и это войско было рассеяно 13 мая при Ленгсейде. Когда королева увидела, что дело её окончательно проиграно, она бежала на юг. Три дня она без отдыха скакала через леса и пустоши и 16 мая добралась до английской крепости Карлейль. Мария надеялась, что королева Елизавета вступится за неё, и отдалась под её защиту.

Елизавета велела оказывать Марии королевские почести, но держать её в Карлейле под строгим надзором. Помощь она обещала только в том случае, если Мария оправдается от обвинений в убийстве мужа. Но очевидно, что любой приговор над Марией был для Елизаветы одинаково неудобен. Если бы он был оправдательным, надо было начинать войну с шотландцами и восстанавливать Марию на престоле. А если бы он был обвинительным, приходилось ожидать сильных внутренних и внешних возмущений, так как английские католики, французский и испанский короли видели в Марии Стюарт единственную законную королеву Англии и Шотландии. Поэтому весь процесс над шотландской королевой имел одну цель: не давая окончательного ответа, запятнать её репутацию самыми гнусными подозрениями. Из Карлейля Марию перевезли в Шеффилд, а потом в Тютбери. Хотя ей не позволяли уехать во Францию, но во всём остальном старались не стеснять её свободы. Она жила и действовала как настоящая королева: занималась охотой, давала аудиенции, вела переписку со своими подданными и держала агентов при дворах иноземных государей.

Несколько раз враги Елизаветы старались составить в пользу Марии Стюарт заговоры, мечтая возвести её на английский престол. Сначала за оружие взялись графы Нортумберленд и Вестморленд. Затем обширный заговор составил герцог Норфолк, мечтавший посредством брака с Марией захватить власть в обоих королевствах. Его козни были раскрыты, и в 1572 году герцог кончил жизнь на эшафоте. В ходе следствия раскрылось, что Норфолк находился в переписке с Марией. Надзор за ней сделался более строгий. В 1586 году был раскрыт заговор, организованный Энтони Бэбингтоном: вместе со своими единомышленниками он хотел убить Елизавету и возвести на престол Марию. Осенью все заговорщики были схвачены и казнены. Во время следствия опять открылась их переписка с пленённой королевой. На этот раз обвинения против неё были очень серьёзны. Марию Стюарт перевезли в Фотерингей и предали суду, который приговорил её к смерти. Три месяца Елизавета медлила с утверждением приговора, но потом всё же подписала указ о казни. 8 февраля 1587 года в Фотерингее Марии отрубили голову. Пишут, что она до конца сохранила твёрдость духа и встретила смерть с мужественным достоинством.

Елизавета, дочь несчастной Анны Болейн, родилась в сентябре 1533 года. После казни её матери деспотичный и жестокий Генрих VIII объявил крошку Елизавету незаконнорождённой, запретил именовать её принцессой и держал в отдалении от столицы в поместье Хетфилд. Впрочем, то, что Елизавета оказалась в опале, пошло ей в определённом смысле на пользу, избавив от церемониальной суеты и интриг королевского двора. Она могла больше времени уделить образованию с учителями, присланными ей из Кембриджа. С детства она проявила большое усердие к наукам, блестящие способности и великолепную память. Особенно преуспевала Елизавета в языках: французском, итальянском, латыни и греческом. Речь шла не о поверхностных знаниях. Латынь, например, она изучила до такой степени, что свободно писала и говорила на этом классическом языке. Лингвистическое мастерство позволило ей впоследствии обходиться без переводчиков при встрече с иностранными послами. В 1544 году, когда ей исполнилось одиннадцать лет, Елизавета отправила письмо своей мачехе Екатерине Парр, написанное по-итальянски. К концу того же года она закончила перевод с французского одного из эссе королевы Маргариты Наваррской, а вскоре сделала перевод на латынь, французский и итальянский сочинённых Екатериной псалмов. В том же году ей под силу оказались пространные аннотации работ Платона, Томаса Мора, Эразма Роттердамского. Уже будучи взрослой, она любила читать в подлиннике Сенеку и, когда на неё нападала меланхолия, могла часами заниматься переводом на английский этого эрудита-римлянина. Книга с детства стала привычной спутницей Елизаветы.

К концу своего царствования Генрих восстановил Елизавету в правах престолонаследия, назначив ей царствовать после сына Эдуарда и старшей сестры Марии. После смерти отца для Елизаветы началось время тревог и волнений. При юном Эдуарде VI наиболее влиятельное положение заняли братья Сеймуры. Один из них, Томас, с разрешения короля начал ухаживать за младшей принцессой. Эдуард был не против этого брака, но сама Елизавета вскоре стала сторониться временщика, а когда он прямо предложил ей свою руку, ответила уклончивым отказом. В 1549 году Томас был обвинён в чеканке фальшивой монеты и обезглавлен. К суду по этому громкому делу была привлечена и Елизавета, но ей удалось полностью отвести от себя подозрения.

Однако самая тяжёлая эпоха в жизни Елизаветы наступила, когда на престол взошла её старшая сестра Мария. Горячая католичка, королева вознамерилась обратить Елизавету в свою веру. Это оказалось нелегко: Елизавета упорствовала. Отношения между сёстрами, никогда не бывшие тёплыми, стали портиться день ото дня. Наконец Елизавета попросила разрешения удалиться в своё поместье. Мария позволила ей уехать, но относилась к сестре очень подозрительно. В январе 1554 года во время восстания протестантов под предводительством Томаса Уайта Елизавету в спешном порядке доставили в Лондон и заключили в Тауэр. Два месяца, пока шло следствие, принцесса находилась в тюрьме. Затем её сослали в Вудсток под строгий надзор. Осенью 1555 года Мария позволила сестре вернуться в Хетфилд. С этого времени опять пошли разговоры о том, что её необходимо выдать замуж. Однако Елизавета упорно отказывалась и настояла на том, чтобы её оставили в покое.

В ноябре 1558 года королева Мария умерла. Перед смертью она с большой неохотой объявила младшую сестру своей наследницей. Не теряя времени, Елизавета поспешила в Лондон, повсюду встречаемая изъявлениями непритворной радости. Началось её долгое царствование. Несчастная судьба в годы правления отца и сестры воспитала в Елизавете твёрдость характера и суждений, какой редко обладают начинающие правители. Первые действия её царствования показывают, что она не хотела ни разрывать связи с папским престолом, ни оскорблять короля испанского. Только жёсткая политика папы Павла IV, который объявил младшую дочь Генриха VIII незаконнорождённой, окончательно оттолкнула Елизавету от католичества. Сама королева не любила внешних форм чистого протестантства. Однако её министр Сесиль убедил Елизавету, что в интересах её политики будет держаться реформированной церкви. Действительно, английские католики считали сомнительными права Елизаветы и были всегда готовы устраивать заговоры в пользу шотландской королевы Марии Стюарт, которую объявили единственной законной преемницей Марии I. Но, сделав свой выбор в пользу реформации, Елизавета оставалась противницей её крайних течений. В 1559 году были изданы парламентом законы, окончательно сформировавшие англиканскую национальную церковь. Один из них устанавливал богослужение на английском языке, второй объявлял английского монарха главой церкви. Третьим приписывалась общая форма богослужения для всей страны совершенно в том духе, как это было установлено при Генрихе VIII. В 1562 году были приняты 39 статей, ставших нормой исповедания англиканской церкви. Наряду с католической оппозицией Елизавете пришлось столкнуться с постоянно нараставшим сопротивлением пуритан, считавших, что в недостаточно реформированной английской церкви осталось слишком много пережитков католицизма. В 1583 году была учреждена Судебная комиссия, которая стала энергично преследовать всех не подчинявшихся верховной власти королевы в делах религии. В 1593 году пуританам было предписано либо отказаться от своих взглядов, либо покинуть Англию. Во всех этих гонениях не было ни фанатизма, ни религиозного ханжества, они были продиктованы исключительно политическими мотивами.