Эта победа произвела большое впечатление на современников. Авторитет Мухаммада сразу колоссально возрос. Даже местопребывание его стало считаться священным. Йасриб из обычного селения стал для мусульман столицей пророка Мадинатан-Наби, в просторечии Мединой. Своё возросшее могущество Мухаммад прежде всего направил против иудейских племён, издавна проживавших в Медине. В апреле 624 года он призвал евреев из племени бану кайнука принять ислам. Когда те отказались, мусульмане осадили их квартал города. Через две недели кайнука сдались на милость победителя и должны были выселиться из Медины.

Тем временем мекканцы помышляли о мести. Своим военачальником они сделали Абу Суфайн Сахра, и тому удалось собрать войско, численность которого достигала 3 тысяч человек. Эта армия в марте 625 года двинулись походом на Медину. Мухаммад узнал о приходе врага лишь тогда, когда тот был в нескольких часах хода от оазиса, поэтому в войске мусульман едва была тысяча человек. В начавшемся сражении мусульмане сначала одержали верх. Они прорвали строй мекканцев и начали грабить их лагерь. Заметив это, конница мекканцев врезалась в рассыпавшийся строй мусульман, которые в свою очередь обратились в бегство. Сам Мухаммад получил удар мечом по голове. Кровь из раны залила всё его лицо, и на короткое время он лишился чувств. Это ещё более усилило беспорядок — войско мусульман разбежалось, и мекканцы могли торжествовать полную победу.

Неудачи вне города приходилось компенсировать внутри него. Вскоре после возвращения из похода мусульмане изгнали из Медины второе еврейское племя бану надир, старейшины которого будто бы готовили покушение на пророка. Бану надир не смирились сразу с потерей своих земель. Они начали хлопотать о соединении всех врагов Мухаммада и вскоре преуспели в этом деле. Первыми на их призыв откликнулись мекканцы, которые выставили на этот раз более 4 тысяч воинов. Союзниками их стали кочевые арабские племена, так что общая численность войска достигла 10 тысяч. Сборы такого большого числа воинов не могли остаться незамеченными. Мухаммад, заблаговременно обо всём узнавший, сумел собрать около 3 тысяч своих сторонников. С наиболее доступной стороны на севере от Медины мусульмане вырыли ров длиной 6 километров. На долю каждого мужчины был выделен участок в 40 локтей, причём пророк вырыл свою часть наравне со всеми.

31 марта 627 года мекканцы подошли к Медине и приступили к её осаде. Десять дней прошли в мелких стычках — противники нащупывали слабые места в обороне мединцев. Но те были начеку, и осаждавшие, так ничего и не добившись, отступили. Мухаммад сразу после их ухода осадил селение третьего еврейского племени в Медине — курайза, которое вело изменнические переговоры с надира и едва не перешло на сторону врага. Через две недели те сдались. На этот раз с иудеями поступили гораздо жёстче. Все мужчины были казнены, а женщины и дети обращены в рабов.

В марте 628 года Мухаммад объявил о своём намерении совершить хадж в Мекку. С ним вместе в паломничество отправилось более тысячи человек. Все они вместе и каждый в отдельности поклялись пророку, что готовы умереть за веру. Не желая начинать новую войну, мекканцы согласились заключить с Мухаммадом мир на десять лет, хотя и не разрешили ему въехать в город. Союзники мекканцев получили право заключать союзные договоры с Мухаммадом.

В марте 629 года Мухаммад вновь отправился в Мекку в сопровождении 2 тысяч мусульман, совершил положенный обряд семикратного обхода святыни, а затем на несколько часов уединился в Каабе. Это появление Мухаммада в сопровождении огромной толпы приверженцев произвело впечатление на мекканцев. Один из его давних врагов, Халид ал-Валид, заявил после отъезда пророка: «Теперь каждому умному человеку ясно, что Мухаммад не колдун и не прорицатель, а его речи — речи господина миров, и каждый, у кого есть соображение, должен следовать за ним». И действительно, сразу вслед за тем он принял ислам.

Весь конец 629 года прошёл в подготовке нового большого похода на Мекку. Однако цель его хранилась в строгой тайне. К началу рамадана гонцы Мухаммада созвали в Медину все союзные племена. Поход начали в январе 630 года. В нём участвовало около 10 тысяч человек. Мекканцы были подавлены слухами о возросшем могуществе Мухаммада и не решились оказать ему сопротивления. Так что мусульмане без боя четырьмя колоннами вошли в город. Мухаммад запретил своим воинам врываться в дома и устраивать грабежи. Утверждение его власти над родным городом прошло в целом спокойно. Пророк семь раз объехал вокруг Каабы, слез с мула, совершил два земных поклона, выпил воды из Замзама и распорядился повергнуть идолов, стоявших вокруг святилища. Затем Каабу отперли. Осмотрев её, Мухаммад велел разбить главного идола Хубала и стереть со стен росписи, оставив только изображение Девы Марии с младенцем. В очищенном таким образом храме пророк совершил молитву, а затем, встав на пороге Каабы, который в ту пору возвышался над землёй в рост человека, обратился с речью к собравшимся мекканцам. Он объявил об отмене всех прежних счетов кровной мести. Все языческие привилегии курайшитов, кроме охраны Каабы, также были объявлены аннулированными. После этого глашатай прошёл по городу и кратко изложил основные положения мусульманского права, которых отныне должны были придерживаться мекканцы. Особо было подчёркнуто, что принятие жителями Мекки новой религии не меняет прежнего особого положения города и служителей культа его святынь. Это до некоторой степени примирило мекканцев с их положением. В последующие дни были разрушены все языческие святилища как в самой Мекке, так и в её окрестностях После чего окрестные племена последовали примеру курайшитов и также приняли ислам.

Узнав об этих успехах Мухаммада, соседи Мекки, могущественные племена хавзин и сакиф немедленно выступили против него. Встреча двух армий произошла в вади Хунайн, в ста километрах северо-восточнее Мекки. Мусульман было вдвое меньше, и поэтому начало битвы оказалось для них неудачным. Большая часть войска, не выдержав натиска врага, обратилась в бегство. Только мухаджиры, окружавшие пророка, остались непоколебимо стоять на месте. Считая битву уже оконченной, хавзины и сакифы бросились грабить лагерь мусульман. Тем временем помощники Мухаммада восстановили порядок в своём войске, ударили на врага и опрокинули его. Мусульманам досталась огромная добыча: 6 тысяч пленных (женщин и детей), 24 тысячи верблюдов, не менее 40 тысяч овец и 160 тысяч дирхемов серебра. По возвращении в Мекку скот и деньги были разделены между победителями, а женщин и детей Мухаммад вернул хавзинам и сакифам без всякого выкупа. Этой поистине царской щедростью он сумел завоевать их расположение. Вскоре пришло известие, что оба эти племени приняли ислам.

В марте победоносное войско вернулось в Медину. Эта победа окончательно переломила настроение арабов. До конца года к Мухаммаду пришло несколько делегаций из различных частей полуострова с извещением о принятии ими ислама. Мухаммад на глазах превращался в крупнейшего политического вождя Аравии, и союза с ним искали даже самые отдалённые племена. Вскоре языческие святилища были уничтожены на всей территории Западной Аравии от границ Византии до Йемена. Весной 631 года пророк объявил, что ни один многобожник отныне не войдёт в Каабу. Всем язычникам, которые не успели заключить договоры с мусульманами, было дано четыре месяца на размышление, после чего им объявлялась война.

Впрочем, Мухаммад старался действовать не столько силой оружия, сколько убеждением. Он отправил многочисленных проповедников в Южную Аравию, и распространение новой религии произошло здесь практически без насилия: часть племён приняла ислам, другие поспешили заключить договоры с Мухаммадом, признавая его власть и соглашаясь на выплату дани. К началу 632 года все племена, почитавшие священную Каабу, уже были мусульманами, что позволило Мухаммаду впервые возглавить чисто мусульманский большой хадж. Однако это паломничество оказалось для него последним. Когда пророк вернулся в Медину, его начали донимать головные боли и лихорадка. Летом стали отказывать почки — ноги Мухаммада сильно отекли, и он не мог передвигаться без посторонней помощи. Руководить молитвенными собраниями было поручено Абу Бакру. Умер Мухаммад в начале июня 632 года.