Несоответствие плана в части количества и названий башен кремля тексту писцовой книги объясняется временной разницей. За 50 лет между написанием писцовой книги и постатейной росписи вполне могли не только измениться названия, но и ряд башен мог исчезнуть. О том, что к 1678 году стены кремля стали утрачивать своё оборонительное значение, свидетельствует, например, такая цитата из постатейной росписи: «Пищали „Волконейки“ и тюфяки и затяжные стволы и ядра лежат около Соборной церкви. А иной городовой наряд — места, где тому наряду быть — не построено. А тот городовой наряд, медные и железные пищали к стрельбе годятся и изнутри все ли они в целости ль — того не ведомо. От многих лет и от пожарного времени, как Кострома в прошлом 162 году сгорел и от того времени тот городовой наряд не чищен и в тех пищалях пыли из земли насорило. А железные пищали все заржавели и чистить тот наряд некому. Пушкарей только два человека, а государева жалованья им не идёт. А костромские посадские и уездные люди без указу великого государя того городового наряду не чистят».
Богоявленский мужской монастырь, крупнейший в Костроме, был основан в день Богоявления Господня в 1426 году на реке Суде, неподалёку от центральной части города — Костромского кремля. Его «строителем» и первым игуменом летопись называет преподобного Никиту — «сродника и ученика» преподобного Сергия Радонежского.
Долгое время монастырь оставался деревянным. Его первым каменным зданием стал пятиглавый Богоявленский собор, построенный в 1559–1565 годах при царе Иоанне IV, Грозном, по благословению святителя Макария — митрополита Московского. Собор возведён был артелью каменщиков, прибывших в Кострому, как предполагают, из Ростова Великого. За образец строители взяли Успенский собор Московского Кремля.
Богоявленский собор — древнейшее каменное здание Костромы из сохранившихся до наших дней. В начале XVII века к нему была пристроена каменная колокольня. «Звон» её составляли 12 колоколов. На ней были установлены «боевые русские часы с перечасьем и получасьем», их костромичи помнили ещё в прошлом веке, когда часов тех уже не было.
Под собором находилась усыпальница. Вечное упокоение нашли в ней племянники великого князя Василия II Тёмного, — Иван, Андрей и Василий, погребены здесь именитые благотворители монастыря из фамилий бояр Салтыковых, Кафтыревых, князей Хованских… Тут же захоронены игумены и некоторые иноки монастыря. Все гробницы тщательно сохранились. Увы, в послереволюционные годы, после закрытия монастыря, они были уничтожены…
На протяжении своей многовековой истории знал монастырь сей и годы расцвета, и годы полного запустения. Грамоты, данные в разное время его настоятелям, показывают, что пользовался он покровительством и поддержкой и великих князей и государей наших. Любила посещать его первая супруга царя Иоанна Грозного — Анастасия. Здесь уместно вспомнить: о том, что она будет царицей, предрёк ей преподобный Геннадий Костромской и Любимоградский. И сам её царственный супруг не оставлял Богоявленский монастырь своей милостью. Впрочем, помнит наша древняя обитель и страшные дни гнева его, когда за почести, оказанные царскому племяннику, направлявшемуся через Кострому из Первопрестольной в Нижний Новгород, жестоко пострадали многие и сам игумен её. Скорый на гнев и расправу, государь постарался затем искупить своей грех пред обителью, одарив её многими дарами и милостями, но те страшные дни остались в истории обители и в истории града нашего запечатлёнными навсегда…
Страшные дни… Богоявленский монастырь помнит их немало. Все тяжкие испытания, все грозные удары времени монастырь встречал и превозмогал достойно. В годы Смутного времени, например, иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.
В конце декабря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.
О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Фёдоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.
XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила — инокиня Марфа, его отец — патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…
В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген — будущий священномученик.
В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трёхсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского — в нижнем её ярусе — и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы — над святыми вратами обители.
Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесён каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрёл вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре — угловые и две — надвратные.
В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось её особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухарёвым, на средства костромского гражданина Ф. М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».
В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нём почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая — над гробом супруга её Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная семинария.
Пожар, истребивший в сентябре 1847 года почти половину Костромы, не пощадил и Богоявленский монастырь, превратив его в развалины. О восстановлении монастыря в те годы не могло быть и речи: город, посещённый столь страшной бедой, не имел возможности оказать опустошённому и разрушенному пожаром монастырю хоть какую-то помощь. Монастырь был закрыт. Городские власти в течение 16 лет продавали кирпич разбираемых его развалин для строительства частных зданий, щебень же отдавали бесплатно — для мощения улиц. Были разобраны таким образом Сретенская и Трёхсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 году монастырь перестал существовать. Богоявленский собор не был разобран, поскольку император Николай Павлович повелел сохранить его как памятник древности. Скорее всего, остался бы он со временем и памятником самому исчезнувшему монастырю, если бы не Божия воля, явленная через игумению Марию, в 1863 году вступившую в управление женским Анастасииным Крестовоздвиженским монастырём. В том году подала она прошение о передаче ей бывшего Богоявленского монастыря под условием его восстановления.
Начинается новая страница истории древней костромской обители. Монастырь становится девичьим. Изменилось и его название: к прежнему добавилось слово Анастасиин. Воистину символическое добавление. «Анастасия» — с древнегреческого означает «воскресение». Именно воскрешённым, а не просто обновившимся становится монастырь, и воскресение это связано с новым его расцветом.
