Её иконостас состоит из местного, праздничного и деисусного чинов. Он оформлен по проекту московского художника-иконописца С. Н. Добрынина, написавшего для него 12 икон, в том числе и храмовый образ святого Симеона Столпника. Основной комплекс икон для иконостаса надвратной церкви поступил в Данилову обитель как пожертвование из Псково-Печерского монастыря. Он составлен из стилистически близких икон XVII–XX веков. Тябла (поперечные брусья) и вертикальные колонки между иконами расписаны орнаментом по мотивам росписи иконостаса в церкви преподобного Иоанна Лествичника Кирилло-Белозерского монастыря.

Троицкий собор — самый большой и величественный храм Свято-Данилова монастыря. Он построен по проекту замечательного зодчего О. И. Бове в 1833–1838 годах. Храмозданная грамота на строительство собора была выдана монастырю митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым). 13 сентября 1838 года митрополит Филарет торжественно освятил главный престол храма во имя Живоначальной Троицы. В том же году были освящены два престола в приделах: северном — во имя зачатия святой праведной Анны и южном — во имя преподобного Алексия, человека Божия.

Троицкий собор построен в стиле позднего классицизма. Его основной объём имеет с востока полукруглую апсиду, а с трёх остальных сторон — шестиколонные портики. Здание увенчано круглым барабаном с широкими окнами. Полусферический купол барабана завершает небольшая главка с крестом.

После 1930 года, когда на территории Данилова монастыря размещался детский приёмник, здание собора сильно пострадало от приспособления его к бытовым и производственным нуждам. В процессе реставрационных работ 1983–1986 годов были восстановлены портики на южном и северном фасадах храма и другие утраченные детали. Усилиями архитекторов, мастеров различных специальностей и братии монастыря собору возвращён его прежний облик.

От внутреннего убранства храма сохранились лишь фрагменты, но именно они вместе с обнаруженными в Центральном государственном архиве древних актов СССР проектными чертежами О. И. Бове позволили воссоздать интерьер собора в виде, близком к первоначальному.

Благодаря нерасчленённой поверхности стен и единообразию архитектурных деталей внешний облик собора производит строгое, цельное впечатление. Интерьер же поражает великолепием декоративного убранства, в котором гармонично сочетаются живопись, лепнина и золочёная резьба по дереву.

Иконы для иконостасов Троицкого собора написаны насельником Троице-Сергиевой лавры архимандритом Николаем (Самсоновым). На апсиде храма помещена мозаичная икона Пресвятой Троицы, повторяющая прославленный образ преподобного Андрея Рублёва.

Главная святыня Троицкого собора — хранящаяся в деревянном ковчеге частица мощей благоверного князя Даниила. По преданию, эта драгоценная святыня принадлежала настоятелю Данилова монастыря в 1917–1930 годах архиепископу Феодору (Поздеевскому). Духовные чада святителя бережно хранили частицы святых мощей преподобного князя. Впоследствии эти святыни попали в Америку. Данилову монастырю они были переданы в 1986 году предстоятелем автокефальной православной церкви в Америке блаженнейшим Феодосием, архиепископом Вашингтонским, митрополитом всей Америки и Канады.

Храмовая икона Пресвятой Троицы XVI века, помещённая в резном золочёном киоте на юго-восточном столпе, пожертвована в обитель из частного собрания незадолго до освящения собора после реставрационно-восстановительных работ 27 апреля 1986 года. В киоте на северо-восточном столпе находится образ Божией Матери «Троеручица» XVII века. Эта икона издревле почитается как чудотворная.

Монастырское предание свидетельствует и о чудесах, совершённых Господом через икону своего угодника, преподобного Иоанна Кассиана Римлянина.

Образ святого Иоанна, написанный в XVIII веке, пожертвован в обитель в 1806 году.

Иконы Божией Матери «Троеручица» преподобного Иоанна Кассиана Римлянина и Владимирская икона Божией Матери с акафистом из храма Святых Отцов семи вселенских соборов находились после 1930 года в церкви Сошествия Святого Духа на Даниловском кладбище в Москве, откуда по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Пимена возвращены в возрождённый Свято-Данилов монастырь.

Троицкий собор сооружён на высоком подклете, где были погребены благотворители обители, московские купцы Куманины и Шестовы, на чьи пожертвования построен храм. В 1930-х годах эти семейные усыпальницы, как и весь некрополь Данилова монастыря, подверглись варварскому разорению.

Ныне в подклете собора — церковь в честь рождества пророка, предтечи и крестителя Господня Иоанна, освящённая 23 мая 1988 года. Иконостас церкви выполнен в виде белокаменной алтарной преграды. В этом храме обычно совершается таинство исповеди, и прихожане с особым усердием обращаются с молитвами к святому Иоанну Предтече, посланному в мир проповедовать покаяние и приближение царства Христова.

В восточной части монастыря находился древний некрополь. Здесь, на братском кладбище, был в 1303 году погребён основатель обители князь-схимник Даниил. Впоследствии в стенах монастыря хоронили не только духовных лиц, но и мирян, среди которых были выдающиеся деятели науки, искусства, культуры: Н. В. Гоголь, А. С. Хомяков, Ю. Ф. Самарин, Н. М. Языков, С. М. Третьяков, Н. Г. Рубинштейн, В. Г. Перов и другие.

Монастырский некрополь в его изначальном виде не сохранился.

Вслед за вволю «пошалившими» здесь новгородскими авантюристами — «ушкуйниками» — Карельский берег Белого моря в XII–XIII веках стал осваиваться монахами, создававшими монастыри, скиты и пустыни. Бывавшие на Соловецких островах охотники и рыбаки рассказали о них в 1429 году старцу Савватию, искавшему уединения после смерти своего учителя Кирилла Белозерского.

Савватий впоследствии почитался жителями монастыря как первооткрыватель островов; место, где он прожил 6 полных лишений лет, носит его имя, но монастырь создал не он. В 1436 году на Соловках появился энергичный местный поморский житель Зосима, раздавший бедным своё имущество, решивший отречься от мира и собравший вокруг себя единомышленников. Образовалась крепкая религиозно-хозяйственная община, начавшая активно обустраиваться на избранной ими земле. Характерна запись об этом в древней монастырской летописи: «Тружахуся постом и молитвами купно же и ручным делом…» Собственно, это главный принцип поведения островитян, обеспечивший в будущем славу и процветание монастырю и всей территории островов.

Первоначально монастырь получал помощь от Новгорода, на землях которого он стоял, но и после падения Новгородской республики великий князь Московский, заинтересованный в наличии на пограничном севере крепкого хозяина, миссионера и защитника, поддерживал права соловецких монахов на владение островами.

До середины XVI века Соловецкий монастырь был довольно скромной обителью с деревянными церковными, жилыми и хозяйственными постройками. Однако сильный дух его обитателей проявился в скором времени. В 1548 году игуменом стал незаурядный и деятельный Филипп (в миру — боярин Фёдор Колычёв). При нём в монастыре начинают строиться величественные каменные храмы, крупные хозяйственные сооружения, развивается торговля и собственный флот. Прокладываются новые дороги, многочисленные озёра соединяются каналами, что улучшает водоснабжение и передвижение на лёгких судах и лодках (эти каналы действуют и сейчас). Для решения «продовольственной программы» создаются пастбища и скотный двор на острове Большая Муксалма, а вблизи монастыря устраиваются большие искусственные пруды-садки для разведения и содержания морской рыбы. Летописец сообщает: «…при Филиппе игумене прибыли шти с маслом, да масляные приспели разные блины…» Различные технические новшества облегчали ручной труд — «автоматическая» подача зерна на сушку, разлив сваренного кваса по бочкам… Размах каменного строительства потребовал создания кирпичного завода, а также добывания средств и приглашения мастеров, что и было с успехом сделано — энергичный Филипп не сидел затворником на Соловках, а ездил по России и налаживал связи со многими «полезными людьми».