В 1889 году с алтарной стороны по проекту Г. И. Карпова начата постройка усыпальницы митрополита Исидора, освящённой 6 октября 1891 года как придельная церковь преподобного Исидора Пелусиота с двухъярусным иконостасом. За четверть века в ней было проведено свыше 150 захоронений.

С октября 1930 года Феодоровская церковь не действовала, но окончательно оба храма были закрыты в ноябре 1931 года, а Исидоровская церковь — тремя месяцами позднее. Декоративное оформление интерьеров Феодоровского храма частично сохранилось до наших дней. Большая часть размещённых здесь захоронений была уничтожена, а могилы разграблены. Церковь Св. Исидора была полностью перестроена.

В начале XX века на территории Лавры размещалось 16 церквей. На протяжении двух столетий в храмах лавры хоронили царских особ и виднейших государственных и церковных деятелей. С 1920 года и до сих пор весь ансамбль находится под охраной государства как памятник архитектуры. Несмотря на это, в 1931–1936 годы, когда были закрыты все храмы лавры, во многих зданиях комплекса обосновались различные мастерские, разгрому подверглась Духовская церковь.

Недалеко от известных древнерусских городов Ярославля и Ростова Великого несколько столетий существует огромный архитектурный ансамбль — бывший Борисоглебский монастырь (теперь филиал Ростовского архитектурно-художественного музея-заповедника).

Расположенный на обширной возвышенности на берегах реки Устье, в окружении леса, старинный ансамбль дошёл до наших дней почти не тронутый временем.

В средние века Борисоглебский монастырь был знаменит. В его стенах бывали Сергий Радонежский и Иван Грозный, Дмитрий Пожарский и Кузьма Минин. Знаменитый Пересвет, первый начавший Мамаево побоище, был сначала иноком Борисоглебского монастыря на реке Устье.

В течение нескольких веков из маленькой деревянной обители здесь вырос грандиозный каменный ансамбль с многочисленными памятниками архитектуры XVI–XVII веков. Храмы служебные и хозяйственные постройки, мощные боевые стены и башни, то лаконичные и суровые, то насыщенные пышным «узорочьем», издавна восхищали бывавших здесь ценителей древнерусского искусства. Монастырь «представляет собой целый музей древнерусского строительного искусства. В музее этом и теперь, несмотря на сломки и переделки, осталось ещё немало такого, что достойно внимания и изучения», — писал в прошлом веке известный ростовский краевед А. А. Титов.

Об основании Борисоглебского монастыря сведений мало. «Еже исперва от древних старец слышахом. И мало писания збретох», — с сожалением отметил летописец в XVI веке. Во времена Дмитрия Донского «из области великого Новаграда» пришли и поселились над рекой Устье пустынножители Фёдор и Павел. Возможно, что новоявленные пустынники бежали сюда от моровой язвы, поразившей в это время новгородскую землю. По историческим свидетельствам, «люди бежали из домов, жили вне города, на поле, даже в лодках… Во время мора многие заключались в монастырях». Но новгородские монахи искали в ростовской земле не безмолвия и уединения.

В 1363 году по церковным делам и с политическим поручением правительства в Ростов прибыл Сергий Радонежский — известный церковный и политический деятель XIV века, основатель Троице-Сергиевой лавры. Ясно видевший необходимость единения сил для борьбы с иноземным игом, Сергий неоднократно выполнял дипломатические миссии с целью подчинения русских княжеств единому центру — Москве. Чтобы усилить московское влияние, Сергий Радонежский содействовал основанию монастырей-крепостей на севере и востоке страны.

Узнав о его приезде, Фёдор и Павел направились в Ростов, надеясь получить содействие Сергия и согласие князя на то, «чтобы им в сей пустыне воздвигнута церковь и монастырь строити». Сергий Радонежский поддержал просьбу пустынников и сам выбрал место для строительства монастыря. Ростовский князь Константин Васильевич, зять Ивана Калиты, дал разрешение на основание монастыря.

«И начаша собирати к ним братия и мирская чадь древодели в помощь делу». «Церковь воздвигнув и кельи поставя», срубили деревянную крепость, простоявшую более полутора веков. Со временем маленький монастырь превращался в крупное феодальное хозяйство и мощную военную крепость. Новая крепость не была лишней в системе обороны дальних подступов к Москве. Опытный и дальновидный Сергий заметил всё: и слабые укрепления Ростова, и дорогу рядом с будущим монастырём, «что проходила из Каргополя, из Бела озера и из иных градов к царствующему граду Москве». Монастырь-крепость защищал северо-восточные пути к столице Русского государства. Были под его стенами и отряды татаро-монголов, и войска польских интервентов в период Смутного времени.

Не миновала монастырь и феодальная война, разразившаяся в середине XV века между московской великокняжеской властью и звенигородско-галичскими князьями. Дважды в 1433–1434 годах войска князя Юрия Дмитриевича занимали Москву, изгоняя с престола великого князя Василия II Тёмного. Изгнанник, внук Дмитрия Донского, Василий Тёмный находил приют в Борисоглебском монастыре. Понятно, почему он «князь великий Василий Васильевич и благодарная мати его великая княгиня Софья в обитель сию начаша веру велию имети. И подавала многия жалованные грамоты, потребные монастырю». Первый крупный земельный вклад, положивший начало богатствам борисоглебских иноков, был именно от Василия Тёмного: «…дал князь великий Василей Васильевич всея Руси село Шулце с деревнями по своих родителех и прародителех в наследие вечных благ».

В 1440 году игумен Питирим крестил в Борисоглебской обители сына Василия Тёмного — будущего Ивана III, «государя всея Руси», который всю свою жизнь также жаловал монастырь вотчинами и деньгами. Наибольшей же степени обогащения за счёт царских и боярских вкладов монастырь достиг при внуке Ивана III — Иване Грозном.

В борьбе с боярским сепаратизмом и высшими церковными иерархами Иван Грозный вынужден был искать содействия своим реформам в различной социальной среде. Поэтому понятно его стремление заручиться поддержкой и со стороны монастырей-вотчинников, являвшихся большой идеологической и материальной силой. Неслучайно на протяжении всего царствования Ивана IV так часты его долговременные объезды монастырей. Ещё совсем юным, в 1545 году Иван IV совершает поездку по многим монастырям, ездил в том числе «и к Борису-Глебу на Устию». Стараясь заполучить монахов в свои союзники, царь зачислял некоторые обители в разряд «опричных государевых богомольцев». Возможно, опричным или близким к опричнине являлся и Борисоглебский монастырь.

В период опричнины Борисоглебский монастырь неизменно пользовался благосклонностью Ивана IV. В числе десяти крупнейших монастырей обитель на Устье получила громадные по тем временам пожалования на помин души скончавшихся жён царя Анастасии, Марии, Анны, Марфы, убитого сына Ивана и десятки царских вкладов за души казнённых им же самим бывших своих соратников: бояр, князей, государственных и церковных деятелей, дьяков.

Накопив за счёт вкладов и обширного своего хозяйства немалые средства, монастырь получил возможность вести дорогостоящее каменное строительство, длившееся на протяжении двух столетий. К концу XV — началу XVI века деревянные храмы монастыря обветшали «и по повелению великого князя Василия Ивановича всея Руси» в 1522 году начали «здати в монастыре храмы каменные и прочия службы».

Возглавить строительство пригласили ростовского «мастера, церковного каменного здателя» Григория Борисова. Став «великого князя мастером», он выполняет заказы Василия III и Ивана IV

Одно из первых зданий, по предположению, построенных Григорием Борисовым в монастыре на Устье, — собор Бориса и Глеба, возведённый на месте одноимённого храма в течение 1522–1524 годов. Источники прямо не называют Борисова создателем собора, но косвенные свидетельства указывают на его авторство. В 1524–1526 годах в монастыре, буквально рядом с собором, ведётся строительство тёплой Благовещенской церкви с трапезной. И автором этого сооружения монастырская летопись называет Григория Борисова.