Принципиальной особенностью проекта было включение в музейный ансамбль храма Святителя Николая в Толмачах (памятник архитектуры XVII в.). Ныне он восстановлен, освящён и действует в статусе домового храма-музея при Третьяковской галерее.

В 1986 году к Галерее на правах отделов был присоединён ряд мемориальных московских музеев: Дом-музей П. Д. Корина, Дом-музей В. М. Васнецова, Музей-квартира А. М. Васнецова, Музей-мастерская А. С. Голубкиной. В связи с этим галерея получила статус Всесоюзного музейного объединения (с 1994 г. — Всероссийское).

В апреле 1995 года для посетителей открылась обновлённая экспозиция классического русского искусства в Лаврушинском переулке. Традиционный маршрут и расположение материалов были во многом сохранены. В новом-старом доме Третьяковской галереи стало возможным значительно расширить экспозицию древнерусского искусства, выделить залы для скульптуры XVIII — первой половины XIX века и рубежа XIX–XX веков. Требующая особого светового режима графика теперь демонстрируется в специально оборудованных залах, появилась «Сокровищница», где можно увидеть произведения прикладного древнерусского искусства, миниатюры, иконы в драгоценных окладах.

Застройка внутренних двориков дала возможность создать новые залы для картин К. П. Брюллова, А. А. Иванова, И. Н. Крамского, А. И. Куинджи. Самый большой из них был специально спроектирован для огромного декоративного панно «Принцесса Грёза» М. А. Врубеля (1896 г.), поступившего в галерею в 1956 году из Государственного академического Большого театра СССР.

Ещё в 1953 году из Большого дворца Московского Кремля было передано пятиметровое полотно И. Е. Репина «Приём волостных старшин Александром III во дворце Петровского дворца в Москве» (1886 г.), которое писалось по «высочайшему» заказу. Оно также включено в новую экспозицию.

В декабре 1998 года в здании Третьяковской галереи на Крымском валу была открыта первая часть новой экспозиции «Искусство XX века», охватывающая период от рубежа веков до послевоенного времени. В мае 2000 года последовало завершение: от середины 1950-х годов до конца 1990-х. Таким образом, сегодня в залах галереи наиболее полно представлена панорама русской культуры прошлого столетия, впервые за многие десятилетия развития музейного дела в России.

В 2006 году Государственная Третьяковская галерея отметила своё 150-летие.

Московский государственный объединённый историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник был создан в 2005 году на базе Государственного музея-заповедника «Коломенское», одного из самых известных московских музеев.

В октябре 1921 года опубликован декрет СНК РСФСР «Об охране памятников природы, садов и парков», в котором было упомянуто Коломенское. В феврале 1923 года в соответствии с постановлением Главнауки Наркомпроса СССР известный архитектор и реставратор П. Д. Барановский получает мандат на организацию в Коломенском музея и становится его первым директором.

По постановлению СНК РСФСР от 17 февраля 1925 г. Коломенское и Дьяково стали «отделениями музея „Покровский собор“» (собор Василия Блаженного), а уже в 1926 году музей приобрёл самостоятельный статус: он был отделён от музея Василия Блаженного и переименован в музей «Архитектурные памятники Коломенского».

В 1928 году постановлением Малого совета народных комиссаров РСФСР музей передали Государственному Историческому музею в качестве музея-филиала, а в 1971 году он вышел из подчинения ГИМа и был образован Государственный музей-заповедник «Коломенское». В 1990 году решением Исполкома Моссовета музей-заповедник переименован в Государственный художественный историко-архитектурный и природно-ландшафтный музей-заповедник «Коломенское».

Позже для возрождения и развития историко-культурных территорий столицы — дворцово-паркового ансамбля «Лефортово» и усадьбы «Люблино» — был создан Московский государственный объединённый музей-заповедник (Коломенское — Лефортово — Люблино).

Новый музей-заповедник объединяет усадьбу «Коломенское», расцвет которой пришёлся на Средневековье, «Головинский сад» — часть усадьбы «Лефортово», возникшей на рубеже XVII–XVIII веков и послужившей прообразом императорских резиденций в окрестностях Петербурга, и Люблино, усадьбу рубежа XVIII–XIX веков, золотого века российского дворянства.

Усадебные комплексы, входящие в музейное объединение, позволяют представить развитие московской усадьбы на протяжении четырёх столетий. В собрание музея-заповедника входят фонды, насчитывающие около 150 тысяч музейных предметов — памятников истории, культуры и искусства, представленные 15 фондовыми коллекциями; научная библиотека и архив. Более 3000 музейных предметов входят в состав постоянных экспозиций.

Хронологические рамки фондовых коллекций чрезвычайно широки: от памятников археологии эпохи неолита до образцов советской облицовочной керамики. И всё же большая часть экспонатов относится к периоду Средневековья и нового времени. Создание фонда связано с именем первого директора музея Петра Дмитриевича Барановского (1892–1986), благодаря подвижнической деятельности которого сформировано уникальное собрание русской иконописи и произведений декоративно-прикладного искусства.

Создание коллекций относится к 1920-м годам — времён создания музея и начала трагических событий уничтожения московских памятников архитектуры. Музейные сотрудники, спасая предметы искусства, перемещали их в музейное хранилище. В Коломенское на лошадях вывозились конструкции иконостасов, книги и рукописи, напольные железные плиты, металлические двери и оконные решётки, изразцы и резные белокаменные детали убранства храмов. Эти предметы, спасённые от уничтожения, составили основу уникальной коллекции древнерусской живописи и декоративно-прикладного искусства.

Это определило особенности музейного фонда Коломенского: преобладание в нём образцов церковного искусства и наличие целых комплексов из уничтоженных храмов: фрагментов белокаменного и изразцового декора, икон, книг, церковной утвари и т. д.

Одним из источников поступления в Коломенское стал Государственный музейный фонд, сформированный в 1918 году за счёт предметов искусства, реквизированных у частных лиц, из особняков, церквей, монастырей, а затем распределявшихся по музеям.

В дальнейшем фонд Музея пополнялся за счёт целенаправленной закупочной деятельности, передач из архитектурно-реставрационных организаций, за счёт археологических раскопок на территории Коломенского и, по-прежнему, даров частных лиц.

Фонд музея «Коломенское» имеет уникальные по отечественным меркам условия хранения, размещаясь в первом в России специализированном здании, построенном в 1980 году.

Коллекция древнерусской живописи музея-заповедника содержит уникальное собрание русских икон XVI–XIX веков. Его большую часть составляют памятники, поступившие из разрушенных в 20–30-е годы XX века монастырей и храмов Москвы и Подмосковья. Основу коллекции заложил первый директор музея-заповедника, архитектор-реставратор П. Д. Барановский.

Одной из наиболее ценных частей собрания являются иконы XVI–XVIII веков, переданные в музей в 1939 году из упразднённого Соловецкого монастыря.

Великолепными образцами древнерусской живописи XVI века являются иконы «Богоматерь Гора Нерукосечная» и «Богоматерь Купина Неопалимая» — произведения высочайшего художественного уровня и глубокого символического содержания.

Икона «Успение Богоматери» первой трети XVII столетия, принадлежащая кисти известного царского иконописца Назария Истомина Савина, выполнена в характерной для него изысканной художественной и колористической манере. В XVIII веке на поля иконы был набит серебряный оклад в стиле «рококо».

Из местного ряда соловецкого Спасо-Преображенского собора происходит и хранящаяся в музее икона «Символ веры» конца XVII века. В 16 сценах на иконе иллюстрируется текст Символа веры — краткого изложения догматов Православия, а также отражены ключевые моменты священной истории, начиная с сотворения человека и заканчивая Страшным судом. Икона уникальна по иконографии и художественному исполнению.