Оледенение. Снеговая линия расположена в Гиссаро-Алае на высоте от 3800 (на З. и Ю.-З.) до 4200—4400 м (на С.-В.), на Памире от 4000 (на С.-З.) до 5200 (в восточных районах). Общая площадь современного оледенения 8470 км². Преобладают горно-долинные ледники; наиболее крупные центры оледенения — в северной и западной частях Памира: ледники Федченко (длина 77 км, площадь 907 км² ), Грумм-Гржимайло (длина 36,7 км, площадь 160 км² ), Бивачный (длина 27,8 км, площадь 197 км² ), Гармо (длина 27,5 км, площадь 153,3 км² ), Большая Саукдара (длина 25,2 км, площадь 69,2 км² ), Сугран (длина 24,2 км, площадь 48 км² ), Географического Общества (длина 21,5 км, площадь 81,8 км² ), Гандо (длина 22,5 км, площадь 55 км² ) и др. Самый значительный ледник в Гиссаро-Алае — Зеравшанский (длина около 25 км, площадь 41 км² ).

  Внутренние воды. Речная сеть развита неравномерно. Наибольшей густотой она отличается в горных областях, наименьшей — на равнинах С. и Ю.-З. Почти все реки относятся к бассейну Амударьи, Сырдарьи и Зеравшана. Только на Восточном Памире небольшие рр. Караджилга, Акджилга, Музкол несут свои воды в бессточное озеро Каракуль, а р. Маркансу принадлежит к бассейну Тарима. Бассейн Амударьи занимает

 площади республики. В пределах Т. к нему относятся составляющие Амударью Пяндж (с притоками Гунт, Бартанг, Язгулем, Ванч, Кызылсу) и Вахш (в верховье, до впадения р. Обихингоу, называется Сурхоб) и Кафирниган. К бассейну Сырдарьи (пересекает северную часть Т. на участке длиной 195 км ) принадлежат реки, стекающие с северного склона Туркестанского хребта, — Исфара, Ходжабакирган, Карасу, Аксу. На территории Т. находится верхнее течение Зеравшана (с притоками Фандарья, Кштут, Магиан), на бассейн которого приходится почти  площади. Большинство рек, берущих начало в высокогорье, имеет ледниково-снеговое питание (с максимумом стока в июле — августе) и снегово-ледниковое (с максимумом стока в мае — июне); реки, начинающиеся в среднегорье и ниже, питаются в основном за счёт талых снеговых, дождевых и грунтовых вод и имеют наибольший сток в марте — мае. Реки используются для орошения и как источники гидроэнергии. По абсолютным запасам гидроресурсов Т. занимает 2-е место в Советском Союзе (после РСФСР). Потенциальные гидро-энергетические ресурсы (по 511 учтенным рекам длиной более 10 км ) 32,6 млн. квт.

  Озёра расположены главным образом на Памире и в горах Гиссаро-Алая. Самое крупное по площади — озеро Каракуль; озёра Сарезское и Яшилькуль образовались в результате горных обвалов. Одно из красивейших завально-запрудных озёр — Искандеркуль в Гиссарском хребте. Имеются крупные искусственные озёра-водохранилища: Кайраккумское водохранилище («Таджикское море»), Нурекское водохранилище , Фархадское водохранилище и др.

  Почвы. На равнинах и низкогорьях Ю.-З. и С. распространены серозёмы; до высоты 300—600 м развиты светлые серозёмы малогумусные (1—1,5%), на высоте 600—900 м — обыкновенные серозёмы с содержанием гумуса 1,5—2%. Верхний пояс предгорий и склоны хребтов от 900 до 1500—1900 м покрыты тёмными серозёмами с содержанием гумуса 2,5—4%. На серозёмах при искусственном орошении выращивают хлопчатник и др. с. -х. культуры. Средний пояс гор (1600—2800 м ) занят горными коричневыми почвами. На С. и в Гиссаро-Алае серозёмы сменяются светло-коричневыми, а на более увлажнённом Ю. — коричневыми карбонатными почвами, выше — типичные коричневые почвы. В долинах Западного Памира светло-коричневые почвы. В верхнем поясе гор (выше 2800 м ) — высокогорные лугово-степные, степные, пустынно-степные почвы; на Восточном Памире — высокогорные пустынные (на низких речных террасах встречаются высокогорные лугово-болотные мерзлотные почвы, нередко засоленные).

  Растительность . В Т. насчитывается более 5 тыс. видов высших растений. Преобладает травянистая и полукустарниковая растительность; древесно-кустарниковая занимает 4% территории Характерна высотная поясность в распределении растительности. Равнинные пространства (до 500 м высотой) северной и крайней юго-западной частей Т. относятся к поясу пустынь. Растительность здесь состоит из полукустарничковых полыней и солянок; в поймах нижнего течения Вахша, Пянджа, Кафирнигана, Кызылсу — тугаи из туранги, лоха, камыша и эриантуса. На высоте 500—700 м эфемероидная, с господством осочки низкорослой, мятлика луковичного и различных эфемеров. Выше (на высоте 700—900 м ) по предгорьям — крупнозлаковая, тоже эфемероидная, из пырея волосоносного и ячменя луковичного. Среднегорье (от 1200 до 1800 м и от 2300 до 2800 м ) занято древесно-кустарниковой растительностью. В Т. свыше 150 видов деревьев и кустарников. Почти

 горных лесов — арчовники, основные массивы их — в Туркестанском хребте, встречаются также в Кураминском, Зеравшанском и Гиссарском хребтах и на верхних участках гор Ю.-З. Т. Увлажнённые южные склоны Гиссарского хребта и западной части хребта Петра Первого и Дарвазского заняты широколиста, лесами из грецкого ореха, клёна туркестанского, чинары восточной, экзохорды, яблони Сиверса, алычи в сочетании с розариями и другими кустарниками. В предгорьях Зеравшанского, Гиссарского, Петра Первого, Дарвазского хребтов и Юго-Западном Т. — ксерофильное редколесье из фисташки, миндаля бухарского, каркаса, сумаха дубильного, чилона, багряника и др. На Памире древесная растительность встречается лишь в западной части — местами по долинам рек и состоит из видов ивы, тополя и облепихи. В высокогорном поясе (выше 2400—2800 м ) в зависимости от условий увлажнения распространены высокогорные луга, луговые степи, степи и опустыненные степи. На лугах преобладают злаки и разнотравье. Для степей характерны сухолюбивые злаки, типчак, мятлики, разнообразные ковыли. На Восточном Памире — терескеновые, полынные пустыни и подушечники. Много лекарственных, дубильных, красильных, эфиромасличных, а также плодовых растений. Участки с эфемероидной растительностью используются как осенние и зимние пастбища. Высокогорные луга и степи служат летними пастбищами, а пустыни Восточного Памира — также и зимними.

  Животный мир. В современной фауне Т. 81 вид млекопитающих, 365 видов птиц, 49 видов пресмыкающихся и 7—8 тыс. видов насекомых. Характерные обитатели равнин нижнего высотного пояса: пресмыкающиеся — серый варан, кобра, песчаная эфа, степной удавчик, черепаха; из птиц — хохлатый жаворонок, саксаульный воробей, степная пустельга, дрофа-красотка, стервятник; из грызунов — дикобраз, суслики, песчанки, тушканчики, хомячки. На открытых равнинных пространствах Ю.-З. встречается джейран, в предгорьях — винторогий козёл, леопард. Особенно многообразен животный мир тугаев (бухарский олень, камышовый кот, шакал, барс, барсук, кабан и др.; из птиц — фазан, перепел и др.; из пресмыкающихся — гюрза). В горных лесах и редколесьях обитают лесная мышь, арчовая полёвка, лесная соня, туркестанская крыса, куница, медведь, барсук, ласка, горностай, рысь, барс, волк, козерог; из птиц — куропатка, вяхирь, большая горлица и др.; из пресмыкающихся — гималайская агама и щитомордник. В высокогорьях — сибирский козерог, архар, снежный барс; из птиц — гималайский и тибетский улар, саджа, кеклик, снежный гриф, бородач, беркут, сип; из грызунов — длиннохвостый сурок, памирская полёвка, красная и большеухая пищухи, серебристая полёвка.