16 сентября 11-я немецкая армия захватила Геническ, создалась угроза вторжения в Крым по Арабатской стрелке. В тот же день к Геническу подошли три канлодки, три сторожевых корабля-тральщика и четыре катера-тральщика. Связаться с армейскими частями не удалось. Не получив целеуказаний, корабли вели огонь прямой наводкой по видимым целям, противник отвечал огнем полевых батарей. Было выпущено 60 130-мм, 55 76-мм, 400 45-мм снарядов, но личный состав АВФ, не освоивший матчасть, действовал неуверенно, и артогонь по нашей же оценке не дал желаемых результатов. Кроме того, необстрелянные команды кораблей были деморализованы атаками с воздуха (за день корабли безрезультатно атаковали 9 Ju88). Вплоть до 6 октября АВФ поддерживала войска, оборонявшие Арабатскую стрелку и рубеж в районе озера Молочное. С начала октября в оперативное подчинение АВФ была передана 87-я оиаэ, укомплектованная самолетами И-15 бис и И-153. С начала войны (до 30 августа эскадрилья числилась в составе 3-го учебно-резервного полка ВВС ЧФ) до 22 ноября самолеты эскадрильи совершили 1004 самолето-вылета, в том числе 65 на штурмовку, 485 на прикрытие баз АВФ, 119 для прикрытия кораблей, 125 на воздушную разведку и 210 на перехват самолетов противника. При собственных потерях в один И-15 бис летчики подразделения числили на своем счету 19 самолетов, уничтоженных в воздухе, и пять на земле.

Мариуполь за 3 дня до падения. 5 октября 1941 г.

7 октября противник взял Бердянск, а на следующий день – Мариуполь. В эти дни флотилия пыталась оказать поддержку частям 9-й и 18-й армий силами корабельной артиллерии и своей немногочисленной авиации. Из Мариуполя удалось увести недавно прибуксированный из Николаева корпус крейсера «Куйбышев». Однако командование флотилии не сумело обеспечить выполнение приказа ни в коем случае не оставлять в портах северного побережья даже неисправных судов. В руки противника попало большое количество плавсредств, а также сами порты в хорошем состоянии. 13 октября командующим АВФ вместо Александрова был назначен контр-адмирал С. Г. Горшков (фактически вступил в командование 16 октября). Новой главной базой флотилии стала Приморско-Ахтарская. 17 октября немцы взяли Таганрог. 16–17 октября канлодки «Ростов-Дон» и «Кренкель» вели огонь по противнику прямо из порта. 17 октября обе были выведены из строя огнем танков и артиллерии, на следующее утро «Кренкель» был добит противником, а «Ростов-Дон» отбуксирован в Ростов.

С.Г. Горшков, командующий АВФ в 1941–44 гг.

20 октября после переформирования и ремонта в Севастополе в Камыш-Буруне сосредоточилась Дунайская флотилия. Она вошла в оперативное подчинение 51-й армии и получила задачу оборонять побережье Азовского моря от Геническа до мыса Ахиллеон, где была проведена разграничительная линия с АВФ. 20–22 октября плавбатарея № 4 обстреливала Геническ и огневые точки на острове Бирючий. Затем вплоть до приближения противника к Керчи корабли флотилии, включая монитор «Железняков», поддерживали огнем наши войска на Арабатской стрелке.

В конце октября отряды АВФ сделали несколько выходов к северному побережью, в ходе которых уничтожили не менее 17 оставленных ранее мелких судов и привели два сейнера в Ейск. В ноябре Отдельный Донской отряд, усиленный отрядом бронекатеров Дунайской флотилии, поддерживал 56-ю армию в боях на нижнем Дону. После падения Ростова 21 ноября отряд сосредоточился в Азове и после ледостава использовался для усиления ПВО города.

Помимо поддержки сухопутных войск АВФ конвоировала транспорты, вывозившие из портов Азовского моря народно-хозяйственные грузы (с 1 августа по 5 октября было вывезено 343 250 т). 21–23 ноября силами флотилии из Темрюка в Приморско-Ахтарскую были переброшены 2733 человека с 17 орудиями и 4 минометами из состава 106-й стрелковой дивизии.

Дунайская флотилия приняла участие в обороне Керченского полуострова. 30 октября ее 46-й зенитный дивизион и 17-я пульрота были развернуты на оборонительном рубеже Керченской ВМБ, вместе с кораблями участвовали в отражении налетов авиации. 9 ноября в Керчь прибыл Левченко (с 23 октября командующий войсками Крыма), попытавшийся организовать оборону города. Однако поражение 51-й армии в Крыму не оставило шансов на успех. В ночь на 16 ноября Керчь по приказу Левченко была оставлена. Дунайская и Азовская флотилии огнем прикрывали отход войск и обеспечивали их эвакуацию. Последние части были вывезены с западного берега Керченского пролива в ночь на 17 ноября. 20 ноября Дунайская флотилия была расформирована, а ее корабли и части влиты в АВФ, которая с начала декабря приступила к подготовке десантной операции на Керченский полуостров.

Занятое немцами побережье Азовского моря было включено в зону ответственности морского командования «U» («Украина»). Уже 11 октября в Мариуполь прибыла комендатура порта. До конца года морские комендатуры были созданы и в других портах. В первую очередь они занялись сбором и обследованием плавсредств, а также приведением в порядок портового хозяйства. К 31 октября в Мариуполе были собраны 43 исправных мотобота, еще 19 находились в ремонте. Кроме того, имелись исправные плавсредства и в других портах (на 12 ноября пять в Таганроге, восемь в Бердянске). Армейские саперы собрали 14 единиц в Геническе и затем передали их флоту.

В Мариуполе была сформирована транспортная флотилия. Несколько катеров получили от 1-й танковой армии пулеметы и ходили в дозоры перед портом. Экипажи были укомплектованы личным составом комендатур портов, моряками из начавших прибывать подразделений Хорватского легиона, украинскими «добровольцами». Часть личного состава выделил командующий 1-й танковой армии. Он планировал использовать флотилию для перевозок в Таганрог, но до ледостава это не было реализовано из-за опасности атак АВФ и установившегося на тот момент локального господства советской авиации в воздухе. Манштейн требовал перебросить флотилию к Керчи для предполагавшейся высадки на Таманский полуостров. Но из-за плохого технического состояния и непогоды до начала Керченско-Феодосийской операции часть флотилии (30 единиц) успела дойти только до Геническа. Здесь началось формирование флотилии тральщиков из 10 единиц с хорватскими командами. 30 ноября были доставлены тралы. В связи с ледоставом всякая активность в северной части моря прекратилась до весны. К началу декабря на Керченский полуостров стали прибывать береговые батареи сухопутных войск, а на северном берегу Азовского моря береговая оборона противника пока ограничивалась патрулями и опорными пунктами с полевой и противотанковой артиллерией.

Осенью 1941 г. наш флот на Азовском море при отсутствии флота противника и эпизодических появлениях люфтваффе обеспечил морские перевозки и с переменным успехом поддерживал сухопутные войска, плохо провел эвакуацию портов северного побережья и, напротив, в целом успешно эвакуацию с Керченского полуострова. Немцы с впечатляющей энергией приступили к созданию флота на новом месте из подручных средств, но в 1941 г. эта деятельность не успела принести плодов.

Идея вернуться на Керченский полуостров возникла буквально через несколько дней после того, как он был потерян. Инициатива исходила от командования Закавказским фронтом. 26 ноября замысел был доложен в Генштаб, а через два дня замначальника Генштаба Василевский по телефону передал разрешение Сталина на операцию. Ее целями было недопущение переброски немецких войск из Крыма и ослабление давления на Севастополь, непосредственной задачей – овладение Керченским полуостровом. Одновременно снималась угроза вторжения на Кавказ через Керченский пролив.

Первоначально предполагалась одновременная высадка в нескольких местах в восточной части полуострова. То есть предполагалось фронтальное вытеснение противника. Затем с целью окружения и уничтожения противника на полуострове (как предполагалось, двух немецких дивизий и двух румынских бригад) в план добавили высадку в Феодосии и у Ак-Моная. В Феодосии планировалось высадиться прямо в порт с боевых кораблей, а наращивание сил производить большими транспортами. Для прикрытия с воздуха «дальних» высадок планировалось воздушным десантом захватить аэродром Владиславовка и перебросить туда истребители. Так зародилась самая дерзкая и самая сложная из всех десантных операций, проведенных нашим флотом в 1941–1945 г. Задним числом можно сказать, что из-за отсутствия достаточного опыта авторы плана не представляли себе всех сложностей его реализации. Иначе они бы вряд ли решились на такое предприятие.