Несмотря на кадровую чехарду, программа строительства «Большого флота» продолжала выполняться, хотя в нее и вносились постоянные изменения. В феврале 1938 г. была подготовлена «Программа строительства боевых и вспомогательных кораблей на 1938–1945 гг.». Эта программа, хотя и без официального утверждения, с небольшими изменениями реализовывалась фактически до начала войны. Срок выполнения намечался на 1 января 1946 г., а общий объем строительства по кораблям основных классов составил 424 единицы суммарным стандартным водоизмещением 1918,5 тыс. т. Учитывая, что на 1 января 1938 г. ВМФ насчитывал в строю 174 корабля основных классов водоизмещением 191,2 тыс. т, новое судостроение должно было в течение восьми лет обеспечить более чем 10-кратное увеличение корабельного состава флота. План сохранял принципиальные недостатки предыдущих программ 1936–1938 гг. – почти равномерное распределение сил по четырем изолированным театрам, не обеспеченное созданием соответствующей флотской инфраструктуры, ничтожное количество планируемых к постройке авианосцев и т. п. 91,6 % водоизмещения в новом строительстве приходилось на надводные корабли и только 8,4 % – на подводные лодки.

Помимо подлодок фактически сворачивалось производство боевых катеров. Строительство торпедных катеров типа Г-5 переводилось с завода № 194 (Балтийский завод) на заводы в Херсоне и Керчи, до того к выполнению флотских заказов не привлекавшихся. Но что еще хуже, в начале 1940 г., в связи с принятием новой программы интенсивного производства боевых самолетов для ВВС РККА, было фактически свернуто производство единственного отечественного типа катерного мотора ГАМ-34. В производстве, да и то в количестве 350 штук в год, была оставлена модификация данного двигателя для речных бронекатеров, в то время как модификации с форсированным наддувом для торпедных катеров полностью снимались с производства. Задумывавшиеся как смена ГАМ-34 легкие судовые дизели М-50 прошли государственные испытания в конце 1940 г., но освоение их промышленностью затянулось (до начала войны выпущено не более 10 дизелей), и серийное производство развернулось уже после 1945 г. Кроме того, дизеля не обеспечивали высоких скоростных характеристик, что отечественные специалисты считали весьма важным, особенно для торпедных катеров. В результате выполнение программы в части, касаемой катеростроения, оказалось в кризисном положении уже к весне 1941 г., т. е. до начала войны, конверсии производства судостроительных заводов для нужд сухопутного фронта, эвакуации промышленности в тыловые районы и т. п.

Возможности промышленности в части, касающейся возможности реализации судостроительной программы, по-прежнему оценивались излишне оптимистично. Игнорировались финансовые расчеты, хотя в предвоенные годы объем финансирования ВМФ достиг своего максимума. В 1939 г. расходы на флот выразились в цифре 7,553 млрд руб., что составило 18,5 % всех расходов на оборону и 4,9 % расходной части госбюджета СССР. В 1940 г. Наркомату ВМФ, включая судостроение, было отпущено 10 млрд 359,6 млн руб. (18,2 % расходов на оборону), на 1941 г. – 12 млрд 692,7 млн руб. (15,3 %). Некоторое сокращение доли флота в общих расходах на оборону объяснялось значительным увеличением затрат на модернизацию бронетанковых войск и авиации РККА, а также на строительство оборонительных сооружений на западной и дальневосточной границах.

Всего в 1936–1941 гг. для ВМФ было заложено 4 линкора, 2 тяжелых крейсера, 11 легких крейсеров, 4 лидера эсминцев, 69 эсминцев, 15 сторожевых кораблей, 51 тральщик, 10 сетевых заградителей, 6 мониторов, 10 больших охотников за подводными лодками и 139 подводных лодок. Из 533 заложенных в годы советской власти боевых кораблей к 22 июня 1941 г. были сданы флоту 312 единиц общим водоизмещением 243,2 тыс. т, а также 477 морских и речных боевых катеров различных типов. Вступили в строй 4 легких крейсера, 7 лидеров эсминцев, 30 эскадренных миноносцев, 18 сторожевых кораблей, 38 тральщиков, 1 минзаг, 8 мониторов и 206 подводных лодок. Только в течение 1940 г. количество самолетов в авиации ВМФ выросло на 39 %, а общее число батарей береговой обороны – на 43 %.

В октябре 1940 г. по решению правительства строительство крупных надводных кораблей было прекращено, а все усилия направлены на строительство малых и средних боевых кораблей. Это позволило за первую половину 1941 г. сдать флоту легкий крейсер «Молотов», 9 эскадренных миноносцев, 6 подводных лодок, 2 тральщика, 2 сетевых заградителя и несколько десятков катеров. В постройке к началу войны оставались 3 линкора и 2 тяжелых крейсера, 10 крейсеров (включая купленный у Германии «Лютцов»), 2 лидера, 45 эскадренных миноносцев, 15 сторожевых кораблей, 95 подводных лодок и значительное количество малых боевых кораблей и катеров, вспомогательных судов и плавучих средств общим водоизмещением около полумиллиона тонн. Приведенные данные свидетельствуют о значительных успехах советского судостроения, особенно во второй половине 30-х – начале 40-х гг. Однако они же показывают, что к началу войны флот получил реальное пополнение только в части подводных лодок и легких надводных кораблей, составлявших несколько более половины от общего числа боевых единиц, предусмотренных программой 1933 г.

Отдельного разговора заслуживает качественная сторона программы «Большого флота». При строительстве кораблей и производстве их механизмов отечественной промышленности удалось достичь заметных успехов, особенно если учесть то состояние, с которого пришлось начинать. Хотя ряд проектов и подлежал заслуженной критике за недостаточную мореходность и невысокие эксплуатационные характеристики, в целом как корабли, т. е. платформы для размещения на них соответствующих комплексов оружия, они находились примерно на одном уровне с кораблями аналогичного назначения из флотов других великих держав мира. А вот с морским оружием и всевозможными «умными» приборами, призванными обеспечить эффективное применение этого оружия, действительно образовалось серьезное отставание. Это относилось к счетно-решающим приборам артиллерийской и торпедной стрельбы, радиолокации и гидроакустике, неконтактным минам и средствам размагничивания, современным тралам, противотральным устройствам и минным защитникам, шумопеленгаторам и обесшумливанию своих подводных лодок, антеннам для связи подлодок из подводного положения и многому другому. Все это либо только начинало проектироваться, либо выходило на испытания, причем перспективы серийного производства были весьма туманными. На вооружение зенитной артиллерии начали поступать вполне современные артсистемы, но они являлись аналогами сухопутных и не во всем соответствовали требования ВМФ. В частности, из-за незаинтересованности армейского командования в развертывании крупносерийного производства 25-мм автоматов флот не получил это весьма важное оружие, пригодное для вооружения малых боевых кораблей и катеров.

Аналогичные по своему характеру планы выдвигались в отношении развития морской авиации. В 1938–1940 гг. было подготовлено несколько подобных планов, предусматривавших доведение численности авиации ВМФ к 1 января 1943 г. до 3131, к началу 1947 г. до 5168 самолетов. Ни один из них утвержден не был. Характерной особенностью этих планов был упор на развитие гидроавиации, хотя в тот момент уже явно обозначилось превосходство по летно-техническим характеристикам самолетов с колесным шасси.

Береговая оборона была ориентирована на строительство стационарных батарей, в то время как будущий противник главный упор сделал на подвижные батареи на механической тяге, где орудия и командно-наблюдательный пункт располагались на большом удалении друг от друга, а связь между ними поддерживалась по телефонам или радио. Это обусловило большие потери материальной части батарей в первый период войны при вынужденном отступлении. Хотя на маневрах РККФ регулярно отрабатывалась высадка десантов, до 1940 г. морской пехотой флот не располагал, а десантные корабли не строились и даже не проектировались. Лишь после завершения войны с Финляндией на Балтийском флоте была сформирована бригада морской пехоты, в том же году на Красноармейской судоверфи в Сталинграде были построены четыре десантные баржи, переведенные до начала войны в Ленинград. Остальные флоты до 22 июня своей морской пехотой так и не обзавелись.