В апреле 1941 г. ОКВ подготовило тезисы к докладу о значении Черного моря и проливов в операции «Барбаросса». Планировалось оборонять румынское и болгарское побережье береговыми батареями и минными заграждениями, особенно в районе портов Бургас, Варна и Констанца. Последняя представляла особый интерес, так как соседствовала с нефтеносным районом Плоешти, имела большой нефтяной терминал и являлась морскими нефтяными воротами стран «оси». Немецкое командование считало группировку Красной армии в Северном Причерноморье небольшой по численности и не представлявшей угрозы для нацеленной на Украину группы армий «Юг». Главный удар немецко-румынских войск предполагалось нанести значительно севернее черноморского побережья. Поэтому морские перевозки в Черном море могли быть радикально сокращены. Немецкое командование не планировало проводить каких-либо специальных операций по захвату ВМБ Черноморского флота, считая, что отступавшие советские войска не окажут серьезного сопротивления. До момента захвата советских баз планировалось снизить активность кораблей ЧФ при помощи демонстративного минирования самих баз и подходов к ним.
Разведывательное обеспечение действий противника на театре было довольно слабым. Более-менее оперативно поступали данные радиопеленгования советских кораблей, а сведения воздушной разведки советских баз и коммуникаций, осуществлявшейся самолетами 4-го воздушного флота, поступали с запозданием. Дешифровальная служба направляла свои материалы в штаб военно-морской группы «Юг», которая непосредственно ведением боевых действий на театре не занималась и своим подчиненным штаба эти сведения не передавала. В результате немецкая разведка оставалась в полном неведении планов советского командования, лучшим подтверждением чему стала неожиданная для противника эвакуация войск Одесского оборонительного района в октябре 1941 г.
Поскольку военная кампания против СССР планировалась скоротечной, никакого единого штаба для руководства действиями немецкого ВМФ на Черном море не создавалось. С марта 1941 г. в Софии расположился штаб Адмирала Юго-Востока, который в июле был переименован в штаб военно-морской группы «Юг» (адмирал Шустер), отвечавший за ведение военных действий в Адриатическом, Эгейском и Черном морях. В феврале 41-го были созданы морской штаб связи в Болгарии (капитан цур зее Веземанн) и немецкая военно-морская миссия в Румынии (вице-адмирал Фляйшер). Кроме того, в состав последней входило немецкое морское учебное командование в Румынии, призванное обеспечить подготовку румынского флота к участию в военных действиях. Последний состоял из морской и речной дивизий. Морская, помимо боевых кораблей (четыре эсминца, три миноносца, подводная лодка, три канонерские лодки, три минных заградителя, три торпедных катера, несколько мелких кораблей и вспомогательных судов), включала также группу береговых батарей и флотилию гидросамолетов. Речная дивизия в составе семи мониторов, двух бронированных и четырех сторожевых катеров, группы батарей и трех батальонов морской пехоты находилась на Дунае. В Болгарии немцы ограничились контролем за действиями болгарского флота (четыре миноносца постройки начала ХХ века, два охотника за подлодками, три торпедных катера), который выполнял задачи охраны своего побережья, дозорной службы и конвоирования судов «оси» в своих территориальных водах. В начале сентября военно-морской группе «Юг» также подчинили немецкую Дунайскую флотилию, вошедшую в Черное море.
К началу Великой Отечественной войны единственными немецкими кораблями в бассейне Черного моря с определенной натяжкой можно было бы считать только находившиеся в речных портах Галац, Браила и Руссе корабли Дунайской флотилии (монитор, 13 катеров-тральщиков, 3 буксира, несколько вспомогательных судов). До конца года благодаря перевозкам и сборке на болгарских верфях в строй вступили 15 быстроходных десантных барж (БДБ), около 50 паромов Зибеля и около десятка сторожевых катеров.
Морская авиация, использовавшаяся противником на черноморском театре, централизованного руководства не имела. В оперативном подчинении командования румынских ВМС находилась флотилия гидроавиации двухэскадрильного состава (38 гидросамолетов) и одна эскадрилья истребителей ПВО ВМБ Констанца. Немцы выделили для обеспечения ПВО объектов нефтяной инфраструктуры Румынии группу истребителей трехэскадрильного состава (47 Bf109). Немецкая гидроавиация к началу войны была представлена 8-й спасательной эскадрильей (шесть Не59), самолеты которой нередко привлекались и к ближней разведке, а также поиску подводных лодок. В начале ноября с Балтики на театр были переброшены штаб и две эскадрильи 125-й морской разведывательной авиагруппы (около 20 самолетов Ar95A, BV138, Ar196).
В качестве ударной авиации над морем использовались бомбардировочные эскадры немецкого 4-го воздушного флота. В составе 4-го немецкого авиакорпуса, поддерживавшего 11-ю армию, войска в Донбассе и одновременно действовавшего против Черноморского флота в 1941 г., насчитывалось от 300 (в период боев на Перекопе) до 100 (в период второго штурма Севастополя) боевых самолетов, в том числе от 200 до 60 бомбардировщиков. Они имели постоянные задачи по поддержке сухопутных войск и потому, как правило, наносили удары по морским целям, только если те оказывались в прибрежной полосе. Исключением являлась группа II/KG4, специально выделенная для осуществления минных постановок на театре. В начале июля она была переброшена во Францию. Лишь во второй половине августа немецкое командование выделило для действий на театре два специализированных ударных подразделения – торпедоносные эскадрильи 1/KG 28 (действовала на театре до конца ноября) и 6/KG 26.
Болгарский флот к началу войны собственной авиацией не располагал. В начале августа была сформирована эскадрилья, реорганизованная в середине октября в полк двухэскадрильного состава, где насчитывалось 12 колесных бипланов чешского производства.
Первым к развертыванию своих ВМС на театре приступил, естественно, агрессор. Еще в июле 1940 г. в период обострения советско-румынских отношений из-за Бессарабии румынское правительство объявило о минировании территориальных вод на подходах к Сулине и Констанце. Мины близ Сулины ставились в июле 40-го, январе и июне 41-го, близ Констанцы – 15–19 июня 1941 г. Фактически на подходах к главной базе румынского флота была создана целая минно-артиллерийская позиция: пять минных заграждений включали 1000 мин и 1797 минных защитников, группа береговых батарей – шесть 280-мм (немецкие), шесть 152-мм и четыре 120-мм орудия. Хотя мины и минные защитники и представляли собой экземпляры периода Первой мировой войны, поставленные с достаточной густотой (каждое заграждение состояло из двух рядов мин и двух рядов защитников; интервал между минами в каждом ряду – 100 м, защитниками – 50 м), они представляли серьезное препятствие в случае возможной попытки атаки порта.
В 01.15 22 июня по приказанию наркома ВМФ на Черноморском флоте была объявлена оперативная готовность № 1. Военные действия начались перед рассветом налетом одной эскадрильи постановщиков мин Не111 на Севастополь. Заблаговременно приведенная в готовность противовоздушная оборона главной базы встретила немецкие самолеты плотным огнем. Это помешало противнику в первые сутки войны заблокировать Севастополь донными неконтактными минами, к борьбе с которыми наш флот оказался практически не готов. По немецким данным, с начала войны до 4 июля 1941 г. авиагруппа II/KG 4 выставила 91 мину в районе Севастополя и 49 в Днепровском лимане. По сведениям нашей стороны, начиная с первой военной ночи наблюдательным постам главной базы удалось заметить сброс 44 мин, из которых только 24 упали на выходе из Северной бухты. Таким образом, даже если допустить, что часть сброшенных мин осталась незамеченной, немцам удалось выставить в заданном районе только около четверти от намеченного числа мин, а остальные упали на сушу или на большую глубину в море, где они не представляли большой угрозы. Собственно, на Инкерманский створ, по которому шло основное движение, попадали единичные мины, и до их ликвидации входившие и выходившие корабли просто обходили отмеченные места. Хотя флот понес на минах некоторые потери (получили тяжелые повреждения эсминец «Быстрый» и несколько мелких вспомогательных единиц), парализовать выходы из баз советских кораблей немцам не удалось.
