«Американские» Me 163 перевезли из Шербура в Ньюарк английским авианосцем «Reaper» в начале августа 1945 года. Два самолета были отремонтированы, а 5 октября один из них подготовлен к испытаниям. 12 апреля «Комета» переправлена на авиабазу Мердок транспортным самолетом С 82, где ею занялись находившийся к тому времени в США профессор Липпиш и летчик-испытатель Л Фогель (Vogel). С 3 мая 1946 года Me 163В приступил к полетам на буксире стратегического бомбардировщика В 29 «Superfortress».

Англичане перевезли доставшиеся им «Кометы» тяжелыми транспортниками «York» в Королевский институт аэронавтики (Royal Aeronautical Establishment) в Фарнборо. Туда же отправили нескольких немецких механиков. Первые безмоторные полеты Me 163А состоялись еще 11 июля 1945 года на авиабазе Уисли с травяной ВПП. Пилотировал машину капитан Эрик Браун (Eric Brown). Испытания проведены на буксире истребителя «Spitfire» F.Mk IX. 10 октября 1946 года состоялся первый полет «Кометы», оснащенной ракетным двигателем (на высоту 4000 метров ее поднял тот же «Спитфайр»). Программа завершена в 1947 году.

Несмотря на развертывание серийного производства Me 163В, немцы не прекратили работ по его усовершенствованию. Наиболее весомой проблемой стала небольшая продолжительность полета, обусловленная неэкономичностью ракетного двигателя. Фактически самолет мог выполнить только взлет, быстрый перехват бомбардировщиков противника и немедленную посадку в режиме безмоторного планирования. Это качество Me 163 даже было отражено в лозунге на эмблеме 2-й эскадрильи JG 400: «Wie ein Floh aber O-Ho!» («Как блоха, но ого-го!»). Хотя функции перехватчика и не предусматривали продолжительной «свободной охоты», а система оповещения о налете вражеских бомбардировщиков в ПВО Германии была налажена отлично, такая продолжительность полета не могла быть признана удовлетворительной.

Исправить положение могла только модернизация двигателя. В КБ Вальтера решили применить в конструкции нового мотора две камеры сгорания: главную (тяга 16,7 кН) и вспомогательную (2,94 кН). Главная камера сгорания должна была обеспечивать отрыв машины от земли и набор заданной высоты, после чего пилот должен был переводить режим работы двигателя на использование вспомогательной (маршевой) камеры. Такое решение мотора HWK 109-509С-1 позволило увеличить время полета с 8 до 12 минут. Испытания новых моторов на стенде были завершены в первой половине 1944 года. Впоследствии их смонтировали на двух предсерийных самолетах серии В (V6 и V18), которые должны были стать базовыми образцами для выпуска модификации Me 163С. За исключением силовой установки и измененных элементов шасси, V6 и V18 не отличались от машин предыдущей серии.

6 июля 1944 года Рудольф Опиц поднял в воздух Me 183BV18 на аэродроме в Пеенемюнде. Полет сложился весьма драматично и едва не закончился аварией. На высоту 4000 метров самолет поднялся нормально, но затем внезапно начала возрастать скорость. Обеспокоенный пилот выключил двигатель и машина стала круто падать вниз: только благодаря большому везению Me 163 удалось перевести в планирование над самой поверхностью моря. В ходе полета достигнута скорость 1130 км/ч. После посадки выяснилось, что значительные повреждения получил руль направления.

Не дожидаясь завершения испытаний предсерийных машин, немцы начали производство модификации Me 163С-1а. Этот самолет был несколько крупнее, чем его предшественники. Общая конструкция крыла осталась неизменной, но его размах и площадь несущей поверхности стали больше. В увеличенном центроплане смонтировали топливные баки большего объема. Установлен новый фонарь пилотской кабины, его каплевидная форма обеспечивала отличный обзор. В конструкции самолета предусмотрена возможность установки различных типов вооружения: две 30-мм пушки МК 108 или две 20-мм MG 151/20. Кроме двух предсерийных Me 163В-0, были построены три машины модификации С (VI, V2, V3), из которых летал только один. Серийный выпуск версии Me 163С-1а был подготовлен в конце 1944 года, но ухудшившаяся обстановка на фронтах не позволила развернуть его. Все построенные образцы были уничтожены весной 1945 года ввиду угрозы их захвата советскими войсками.

Одновременно с версией С начались работы над созданием модификации D. Опытный образец Me 163DV1 был построен в конце весны 1944 года. Он имел удлиненный на 0,85 метра фюзеляж, крылья снабжались предкрылками на передней кромке. Впервые на машине установлено трехколесное убирающееся шасси с носовой стойкой. Применение колесного шасси обеспечило Me 163 возможность маневрировать после посадки и не создавать затора на ВПП. Вначале проект разрабатывался КБ фирмы «Мессершмитт», но по решению Технического управления Министерства авиации его передали на заводы Юнкерса, в группу профессора Генриха Хертеля (Heinrich Hertel). Наименование было также изменено нa Ju 248Vl, однако впоследствии RLM вновь переименовало машину — уже в Me263Vl. Опытный образец самолета был закончен в августе 1944 года и до конца месяца прошел полетные испытания без мотора (на буксире бомбардировщика Ju 188). Затем в фюзеляже был смонтирован ракетный двигатель HWK 109-509С-4 суммарной тягой свыше 20 кН (до 19,6 кН — главная камера сгорания; 3,92 кН — вспомогательная). Успешные результаты испытаний повлияли на решение Главной комиссии по разработке имперского Министерства авиации (Entwicklungs Hauptkomission), которая 22 декабря 1944 года приняла решение о форсировании работ над машиной и подготовке серийного производства истребителя под обозначением Ме 263А-1. Самолет планировалось вооружить двумя 30-мм пушками, установленными но образцу Me 163В. Однако близкий конец войны перечеркнул эти планы. Единственный экземпляр Me263Vl был захвачен Красной Армией на полигоне в Дессау и вывезен в СССР Впоследствии трофей подвергся исследованиям в КБ А. Микояна и М. Гуревича; полученные результаты использованы при разработке отечественного проекта, получившего индекс И-270. Опыты с Me263Vl завершены в 1946 году.

В 1944 году «Кометой» заинтересовалась японская военная миссия в Берлине. Результатом переговоров стала закупка лицензии на производство ракетного двигателя HWK 109-509А и планера Me 163В. Экземпляр машины в разобранном состоянии был погружен на подводную лодку, направившуюся в направлении порта Кобе. Однако корпус машины не попал в Страну Восходящего Солнца, так как перевозившая его лодка U 852 (по другим данным, U 68) была потоплена союзниками. До Японии добрался только двигатель, впоследствии адаптированный под японские стандарты Институтом морской авиации в Йокосуке под обозначением Toku Ro.2 (Кг-10). Кроме того, японцы располагали общим техническим описанием проекта Me 163, привезенным из Германии инженером Эйити Иватами (Eiichi Iwatami). Располагая такой скромной информацией, в конце июля 1944 года японцы все же приступили к строительству на заводах фирмы «Mitsubishi» прототипа ракетного истребителя, получившего обозначениe J8Ml «Shisui» («Лезвие меча»). Индекс J8М1 применялся в морской авиации — для армии тот же проект разрабатывался под индексом Ki 200. В сентябре был подготовлен макет, а вскоре приступили к сборке опытных образцов. Параллельно по немецкому образцу начались работы над безмоторными учебно-тренировочными планерами, которые получили по-японски поэтичное название MXY 8 «Akigusa» («Осенняя трава»). Первую из этих машин 8 декабря 1944 года поднял в воздух капитан-лейтенант Тоехико Инусука (Toyohiko Inusuka). В серийное производство пошел более тяжелый вариант учебной машины, оснащенный балластными водяными резервуарами, которые имитировали условия полета на J8M1. Армейская версия MXY 8 обозначалась как Кu 13. Японский ВМФ планировал развернуть выпуск еще одной тренировочной версии — MXY 9 «Shuka» («Осенний огонь»), на сей раз оснащенной ракетным двигателем Tsu 11 тягой 11 кН, но это намерение не осуществлено в связи с капитуляцией Японии.

Первый двигатель Toku Ro.2 тягой 15 кН был завершен в начале июня 1945 года. За несколько месяцев до того были успешно облетаны два прототипа J8M1 с водяным балластом вместо мотора и запаса топлива. Первый старт с установленным ракетным двигателем состоялся 7 июля 1945-го, пилотировал его тот же Т. Инусука. Испытания завершились катастрофой — самолет разбился, а летчик погиб. Тем не менее спешно начались работы по достройке пяти оставшихся экземпляров машины, а также по созданию новой версии J8M2 «Shusui-Kai»/Ki 202. Реализовать эти намерения японцы не успели. J8M1 планировалось вооружить двумя 30-мм пушками «Тип 5», на J8M2 вместо одной из них устанавливался дополнительный топливный бак.