В стенах академии Александр Петрович смог лучше узнать старого знакомого по Геолкому Ф.Б.Шмидта и привязаться к нему. Фридрих Богданович, как человек и ученый, оказал немалое влияние на Карпинского; необходимо сказать о нем несколько слов. 18-летним юношей поступил он в Дерптский университет, записавшись на историко-филологический факультет, и закончил его по разряду русского языка и словесности. Но одновременно прослушал курсы химии, физики, минералогии и ботаники; по ботанике даже сдал экзамен. Прошло три года, и он представил диссертацию, посвященную одному из аспектов ботаники. Друзья и родные решили, что его научные интересы установились. Нет, оказывается, все эти три года он вел еще и палеонтологические раскопки, отыскал и описал интереснейшую фауну силурийского периода. Петербургская академия, познакомившись с его палеонтологическими работами, оценила их столь высоко, что присудила молодому магистру Демидовскую премию.

Он уезжает в Москву и записывается в университет — опять-таки на историко-филологический факультет. Слушает лекции по древнерусской литературе у Буслаева. Однако не пропускает и лекций ботаника Шифера и геолога Щуровского. И все-таки любовь к палеонтологии побеждает, и он решает посвятить себя ей одной! С 1859 по 1863 год путешествует по Сибири, Амурскому краю и Сахалину. Позже, когда составлялась первая геологическая карта России, глубинное строение Сибири было нанесено на нее под непосредственным наблюдением Шмидта. На Амуре и Сахалине он открыл богатые отложения третичной и юрской флоры и дал общее освещение геологии местности.

С 1881 года печатается его исследование некоторых представителей ископаемой фауны силурийской системы Прибалтики, оно стало одним из основных сочинений стратиграфической литературы 80-х годов. Фридрих Богданович перекидывается на изучение еще более древних — докембрийских отложений и дает ценнейшее описание органических остатков. Его назначают заведующим Минералогическим музеем академии. Помещение, в котором располагался музей, было небольшим, но коллекции славились на весь мир. 487 тысяч номеров насчитывалось в каталоге музея. Шмидт 25 лет заведовал им.

Вот так удачно сложилась научная карьера бывшего филолога, чего нельзя сказать о его личной жизни. В молодости Фридрих Богданович пережил неразделенное чувство и остался верен ему — или памяти о нем — на всю жизнь. Он снимал холостяцкую квартиру, но Александр Петрович предпочитал видеться с ним и беседовать не там, а в кабинете Минералогического музея. Более всего привлекало его в старшем друге разнообразие интересов, хотя Шмидт не занимался русской словесностью как ученый, но любил ее и считал долгом знакомиться с новинками литературы в этой области; любил театр, музыку. По-видимому, Шмидт в известной степени в глазах Александра Петровича приближался к идеалу академика, каким он его себе представлял: настоящий академик должен быть широко образованным, никак не замкнутым в сфере своей науки, непременно добрым и безукоризненно честным...

Вероятно, через Шмидта Карпинский познакомился и сошелся с академиками Второго отделения, которое тогда переживало расцвет своей деятельности; на собраниях его рассматривались главным образом сочинения по русской и славянской филологии и истории. С докладами выступали Ф.И.Буслаев, И.И.Срезневский, А.А.Потебня, Ф.Ф.Фортунатов, И.А.Бодуэн де Куртэнэ. Пройдет немного времени, и их доклады составят золотой фонд русской филологии. Русская диалектология и история русского языка их усилиями сформировались как самостоятельные дисциплины; начала зарождаться сравнительная грамматика индоевропейских языков, в свете которой делались попытки представить развитие славянских языков. Все это были интереснейшие начинания, и Александр Петрович с живым любопытством, который еще подогревался Фридрихом Богдановичем, знакомился с ними.

Социетет (то есть содружество) наук и художеств — так представлял себе и такой хотел видеть академию Петр. И в 80-х годах, когда в ее состав вошел Карпинский, она вполне отвечала желаниям Петра. И она была отечественной академией, о какой мечтал великий реформатор, уверенно и гостеприимно приглашая в свою столицу иностранных ученых знаменитостей. Вживление академии в российскую действительность произошло быстро, быстрее, чем можно было ожидать, — тому способствовали колоссальная фигура ученого, озарившего своими трудами начало истории академии и весь ход последующего ее развития, и колоссальное деяние, затеянное академией и с блеском выполненное, несмотря на неисчислимые трудности. Личность эта — Ломоносов; деяние — академические путешествия, открывшие Россию русским и всему миру как край несметного богатства и красоты.

Среди сочинений Михаила Васильевича Ломоносова, охвативших все отрасли науки, Карпинского, конечно, в первую очередь интересовали геологические. «Велико есть дело достигать во глубину земную разумом...» — с гордостью, которую Александр Петрович всем сердцем разделял, писал Ломоносов. И сам пытался разумом проникнуть «сквозь тесные расселины и вечною ночью потраченные вещи...». В 1763 году он выпустил «Первые основания металлургии или рудных дел», книгу, охватывающую круг знаний, необходимых горняку и металлургу. Заключительная часть ее «О слоях земных» — свод геологических теорем; в ней содержится также своеобразный прогноз минеральных скоплений в недрах России.

Это ставшее классическим сочетание теоретических построений с практическими выводами характеризовало и наказы руководителям экспедиций, которые академия посылала одна за другой в глухие и недоступные уголки страны. Ученые отправлялись на телегах — и пропадали в суете проселков; лишь время от времени (очень редко!) прибывали от них в академию весточки или заколоченные ящики с образцами. Зато с собою, возвратясь, они привозили столько материала, что разбирать его хватало и им самим, и их преемникам иногда на десятилетия. Особенно прославились экспедиции П.С.Палласа, И.И.Лепехина, С.Г.Гмелина.

Академия стала центром научного познания России и сама стала подлинно российской.

Академики, конечно, много думали о лучшем внутреннем устройстве своего научного учреждения. Нельзя было слепо копировать иноземные образцы. Против этого восставал и Ломоносов. Его перу принадлежит проект устава академии. Любопытна та роль, которую он отводил президенту. «Президент Академии наук не токмо главные правитель и начальник, но и оберегатель оные от посторонних приключений и наветов». Оберегатель, то есть должен  о б е р е г а т ь  академиков. «Оберегатель», продолжает Михаил Васильевич, должен быть «природным россиянином» и образованным человеком, знающим «нужнейшие языки».

По странной прихоти судьбы тот, кто пришел на место Федорова, тоже получил приставку «и.д.» — исполняющий должность — словно место это было заколдовано и без приставки его никак было не получить; только на сей раз вполне она была правомерна, и носил ее новый обладатель не десять лет, как Евграф Степанович, а двадцать три года.

Правомерна потому, что Николай Погребов был без высшего образования, и Карпинский, вообще говоря, не имел права принимать его на службу. «Известия Геологического Комитета» за 1897 год извещали: «Директор доложил, что министр земледелия и государственных имуществ согласился на утверждение техника путей сообщения Погребова исполняющим должность секретаря и библиотекаря Геологического комитета». Согласился! Значит, пришлось хлопотать, просить. Вероятно, дополнительным, но еще более серьезным препятствием служило прошлое Погребова, и Александр Петрович шел на определенный риск, хлопоча за него, и, видно, сознавал, что хлопоты стоят того. Геолком приобретает нужного, полезного человека и работника. Как всегда, Александр Петрович не ошибся. Чутье не обмануло его. Погребов стал своеобразным центром в коллективе сотрудников Комитета и оставался им долго, десятки лет, когда Карпинский уже давно ушел из него, а потом и из жизни...

Впрочем, может быть, Александром Петровичем двигала еще и простая человеческая жалость: когда Погребов постучался в двери Геолкома, он был в положении отчаянном: на руках пятеро детей, заработков никаких, и позади ссылка — мучительных три года на безлюдной Онеге, где пропитание себе и семье находил переменчивой рыбалкою, да жена, медицинская сестра по профессии, кой-чего обретала родовспоможением...