После окончания войны в Европе Борис Федорович с частью своего спецназа был переброшен на Дальний Восток: Японию тоже надлежало соответствующим образом зачистить. С этой целью Пашковский побывал даже в Корее, впрочем, без видимого результата, поскольку никаких особых успехов ядерная программа Японии не имела. Японцы располагали всего 1 тонной уранового концентрата, да и то полученного из Германии, так что американцы ничего интересного для себя в Стране Восходящего Солнца не отыскали.

До середины 1947 г. Пашковский оставался в Японии, затем последовало возвращение в Европу. Борис Федорович был назначен на должность офицера связи между военной разведкой и только что созданным Центральным Разведывательным Управлением. У американского разведывательного сообщества в Европе имелось в тот момент множество проблем, самые серьезные из которых — огромное число перемещенных на Запад лиц, не желавших возвращаться на территории под контролем СССР, и колоссальный рост просоветских настроений в крупнейших странах, союзниках США. Пашковскому пришлось решать обе.

Он много работал с попавшими на Запад советскими людьми, преимущественно военнопленными, пытаясь отобрать среди них потенциально годных к разведывательной работе против СССР. Одновременно с этим Борис Федорович установил контакты с бывшими нацистами, определяя, кого следует отправить в тюрьму (в рамках проводимой союзниками денацификации), а кого — использовать в интересах США. MID и CIA руками бывших нацистов пытались обезглавить коммунистическое движение в Европе. Операция эта получила название «Бартоломью», со стороны ЦРУ ее курировал начальник отдела специальных операций Уизнер, а со стороны военной разведки — Борис Пашковский. В рамках этой операции было совершено несколько десятков актов личного террора, направленных против крупных коммунистических и профсоюзных деятелей. Наиболее известные объекты атак — лидер итальянских коммунистов Пальмиро Тольятти, которого неудачно пытались взорвать в 1948 г., и глава бельгийской компартии Лео, убитый в 1951 г. Другая известная операция Пашковского той поры — очистка лагерей перемещенных лиц от просоветски настроенных людей, агитировавших за возвращение в СССР, получила название «Блудстоун» («Bloodstone»). Сколько людей погибло в рамках ее реализации, сказать невозможно, с уверенностью можно лишь утверждать, что масштабы эта чистка имела немалые. В октябре 1947 г. в лагере перемещенных лиц в местечке Миттенвальд среди заключенных произошла настоящая бойня, в результате которой погибло более 100 человек, преимущественно выходцев с Украины. Администрация лагеря выдала холодное оружие части содержащихся в нем лиц, в основном активным ОУНовцам, для того чтобы те зачистили «агентов Кремля». Точное число убитых неизвестно, поскольку значительная часть погибших была сожжена в печах лагерной хлебопекарни. Бойня в Митген-вальде — всего лишь один из эпизодов «Блудстоуна».

Нов 1951 г. Борис Федорович Пашковский получил новое, пожалуй, самое ответственное в своей жизни назначение. Ему предложили возглавить работу по разведке объектов атомной промышленности СССР, о которых в то время американцы имели крайне отрывочные сведения. Условия ведения агентурной разведки в Советском Союзе были в то время исключительно тяжелы. В 1949 г. Министерство госбезопасности, возглавляемое Виктором Семеновичем Абакумовым, приняло беспрецедентную в истории цивилизованных спецслужб инструкцию по противодействию деятельности иностранных разведок на территории страны. Этот документ давал сотрудникам МГБ самые широкие полномочия для проведения оперативной работы в отношении не только граждан СССР, но и иностранных дипломатов. На следующий год в составе МГБ было создано Бюро № 2, призванное взять на себя силовое противодействие иностранным разведчикам либо лицам, принятым за таковых. Сотрудники Бюро под видом хулиганов совершали нападения на иностранцев, избивали и грабили их, воровали багаж иностранцев при переезде, вторгались в гостиничные номера, подобно ворам. А женщины-сотрудницы, действуя под видом проституток, опаивали снотворным и обворовывали иностранных клиентов. Да-да, буквально так, грубо, прямолинейно, без лишних затей… Задача перед сотрудниками Бюро № 2 формулировалась руководством предельно бесхитростно — создать для «шпионов» нетерпимую обстановку, дабы те просто-напросто боялись нос высунуть куда-либо, кроме посольства, Красной площади и Большого театра.

Ярким примером предельно бесцеремонного стиля работы советской госбезопасности тех лет может служить история «разоблачения» трех американских разведчиков в Волгограде летом 1955 г. Три сотрудника военного атгашата США в чинах полковника, майора и капитана выехали в город на Волге в официальную поездку, разрешение на которую должным образом запросили шестью месяцами ранее в советском МИДе. Получив разрешение, американцы прибыли в Волгоград, прогулялись по улицам и набережным, имея при себе сканер радиочастот сантиметрового диапазона. Уяснить цель променада заокеанских гостей не составляло сложности — американцы пытались выяснить рабочие частоты советских РЛС, которые включались для тестирования на заводе-изготовителе. Для этого не надо было вторгаться на территорию завода, достаточно было пройтись по периметру вдоль забора, сканер ловил сигналы запускаемых передачиков и показывал точную частоту настройки. Именно она и интересовала американских гостей.

Волгоградские контрразведчики устроили тайный обыск в гостиничном номере американцев, который сам по себе превратился в настоящее постановочное шоу, поскольку заокеанские гости старались номер без присмотра не оставлять. Тем не менее сотрудникам КГБ удалось избавиться от их присутствия, заблокировав их в лифте и ресторанном туалете. Оперативники удостоверились в наличии у американцев спецтехники и… стали в тупик, не зная, что делать. В итоге из Москвы приехали руководящие кадры, которые устроили настоящее «маски-шоу». Американцев публично «разоблачили» как шпионов, с заламыванием рук и плохо скрываемыми ударами в пах, провели в номере новый обыск (на этот раз публичный, с вытряхиванием презервативов из чемоданов), предъявили понятым «шпионскую технику» и рассказали об этом советским журналистам.

Абсурдность ситуации заключалась в том, что американские военнослужащие не нарушали ни советских законов, ни норм международного права — они официально находились в СССР на правах представителей Вооруженных сил США, получили разрешение на поездку и своими действиями в ходе этой поездки не вышли за рамки дозволенного. То, что советское военное производство не было должным образом защищено от средств технической разведки, являлось проблемой дурной организации технологического процесса и некомпетентного контрразведывательного обеспечения, но эти недостатки отнюдь не давали КГБ оснований действовать в отношении американцев столь грубо и неуклюже. Подобный произвол в отношении представителей военного атташата невозможно представить, скажем, в 1970-х гг. или в нынешнее время — теперь сотрудники госбезопасности действуют намного тоньше и корректнее, но тогда подобные истории были нормой. Спецслужбы противостоящих блоков не церемонились друг с другом.

За период 1950—60 гг. более 20 сотрудников диппредставительств США в СССР были отозваны американцами ввиду грубых провокаций, устроенных в их отношении советской госбезопасностью. Практически каждый год еще несколько дипломатов и работников военных атташатов объявлялись советской стороной персонами нон-грата и высылались в безусловном порядке. Ярким примером обоюдного игнорирования дипломатического этикета может служить история с объявлением персоной нон-грата даже самого Посла Джорджа Фроста Кеннана. Случилось это после довольно острого по тону и полемичного по содержанию интервью, которое Кеннан дал западным журналистам в сентябре 1952 г. В нем посол охарактеризовал обстановку, царившую в Москве вокруг американской дипмиссии, сопоставив ее с той, что наблюдалась после разрыва дипотношений между США и гитлеровской Германией. Кеннан был тогда в числе сотрудников американского посольства, подвергшихся интернированию, и почти полгода провел под домашним арестом. Сравнение Советского Союза с Третьим Рейхом вызвало гнев Сталина, потребовавшего немедленно убрать американского дипломата из Москвы (еще раз подчеркнем, это был далеко не единичный случай подобного выдворения из страны; так, например, в 1957 г. советский МИД потребовал убрать из СССР четырех американских дипломатов, и такого рода инциденты происходили на протяжении 1950-х ежегодно).