С 1945 по 1957 год Ново-Валаамский монастырь находился в юрисдикции Русской православной церкви, после чего Ново-Валаамская обитель была передана финской церкви. В связи с этим по ходатайству митрополита Новгородского и Ленинградского Григория (Чукова), власти Советского Союза разрешили валаамским инокам вернуться на родину. Семь монахов с Нового Валаама стали насельниками Псково-Печерского монастыря.
…Шло время, и к середине 1970-х годов на Новом Валааме осталось только два русских инока: архимандрит Симфориан (1892–1981) и монах Акакий, умерший в 110-летнем возрасте в 1984 году. С их кончиной завершилась история русского Нового Валаама, который теперь населяют монахи-финны, их общину возглавил игумен Пантелеймон (ныне митрополит). Богослужения в обители с 1977 года совершаются на финском языке и по новому календарному стилю. На Новом Валааме, а также в городе Куопио, где находится единственный в Западной Европе музей Православной церкви, хранятся многие святыни, вывезенные с Валаама ещё в 1940 году: рака преподобных Сергия и Германа, иконы, Евангелия, предметы церковной утвари. К 800-летию православия в Финляндии на Новом Валааме был воздвигнут каменный, в новгородском стиле, Спасо-Преображенский собор. Построен он был на средства общества друзей Нового Валаама по проекту финского архитектора русского происхождения И. Н. Кудрявцева и был освящён 5 июня 1977 года. Братию, численностью 14 человек, ныне возглавляет архимандрит Сергий.
Старый же Валаам на долгие годы был обречён на забвение. Осенью 1944 года на опустевший остров прибыли несколько девушек, бойцов тылового подразделения, для обеспечения фронта молочными продуктами. Для Валаама начиналась новая жизнь: без церквей и службы, без колокольного звона и молитвы, жизнь суетная и хлопотливая. В 1949 году на острове был создан совхоз. В течение тридцати двух лет (1952–1984) здесь находился дом-интернат для инвалидов войны и престарелых. Стремительно, буквально за несколько десятилетий, беспощадно было разрушено то, что создавалось веками. Монастырские здания, представляющие собой уникальный по архитектуре ансамбль, даже формально не состояли под государственной охраной.
В Спасо-Преображенском соборе из-за конденсата и протечек кровли осыпалась живопись. В нижней церкви собора, где когда-то иноки преклоняли колена пред мощами великих Валаамских подвижников, хранились овощи. В алтаре Успенской церкви открыли магазин. В Воскресенском скиту обосновалась туристическая база. «На кирпич разбирались каменные скиты, а деревянные использовались как легкодоступное топливо», — пишет современный автор В. Р. Рывкин. По воспоминаниям островитян, «директор дома инвалидов разбирал и сжигал деревянные часовни — отапливал ими свинарник и коровник; председатель сельсовета жёг старые церковные книги и иконы». В 1950-е годы был сожжён деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос. Погибли Назариевская пустынь и около 20 деревянных часовен на островах. От строений Коневского скита к середине 1950-х годов остались только фундаменты. Церковь, перевезённую на центральную усадьбу, приспособленную под кормокухню и осквернённую, позже также уничтожил пожар.
Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 года (ныне, как и Владимирская, отстроена заново). Изуверское отношение к святыням не прошло бесследно, многие из тех, кто разрушал их, постепенно теряли человеческий облик. Очень точно заметил бывший игумен монастыря (с июля 1990) Андроник (Трубачёв), что впервые источником разрушения обители стали «не войны противоборствующих держав, а разорение собственного гнезда, самоопустошение и самоистребление».
В 1965 году власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму новую жизнь. Были и другие попытки. В 1979 году природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников. Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе — зала органной музыки, строительство нового посёлка на 1000 жителей. По милости Божьей, этим планам не суждено было сбыться.
Конец 1980-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то столпом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (впоследствии Патриарха Московского и всея Руси, священноигумена Валаамского монастыря Алексия II) 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскресенского и Гефсиманского. Наместником обители был определён архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.
Первые шесть насельников — иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил) — прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов («Морской дом»).
С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 годах.
С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешёл в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, святейший патриарх почти ежегодно отмечал день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомился с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседовал с братией.
С января 1993 года монастырскую братию возглавляет игумен Спасо-Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.
В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище — нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калаподешта, подвизался на Святой горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный синод Румынской православной, причислил к лику святых Румынской православной церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению его святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы Русской православной церкви. Отныне Валаамская обитель получила ещё одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.
В 1996 году престольный праздник монастыря — день памяти преподобных Сергия и Германа — был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама — глава поместной православной церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосии, который передал монастырю бесценный дар — частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх — большую икону святого.
В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни — креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона — родовая святыня бояр Нащокиных.
