Восемнадцать лет управлял Филипп монастырём, превратив его за эти годы в один из крупнейших на Севере. В 1566 году Филипп был призван Иваном IV на место митрополита Московского, а в 1569 году по его же приказу был задушен Малютой Скуратовым в Твери, куда был сослан за протест против произвола опричников. Имя Филиппа в Соловецком монастыре свято и увековечено неоднократно.
Во второй половине XVI века над Соловками нависла военная опасность. Удивлённые и раздражённые активностью соловецкого торгового судоходства шведы в самый разгар Ливонской войны посылают к русским берегам военные корабли. Обеспокоенные соловецкие островитяне начинают возводить деревянную крепость, заменённую в 1582–1596 годах каменной. В крепости появляется войско с воеводой, призванное защищать берега Белого моря и монастырь от нападения шведов.
К середине XVII века монастырь достигает расцвета, растёт его политическое и нравственное влияние не только на Севере, но и во всём государстве. Но именно в это время, единственный раз в своей истории, монастырь подвергся страшному разгрому с многочисленными кровавыми жертвами. Так наказали его в конце знаменитого восьмилетнего «Соловецкого сидения» (1668–1676) царские войска за сопротивление церковной реформе патриарха Никона (кстати, жившего когда-то на Анзерском острове). При этом взять крепость штурмом так и не удалось — помог предатель.
Событием, покрывшим монастырь неувядающей военной славой, была неожиданная, весьма интенсивная и продолжительная, но совершенно безрезультатная бомбардировка монастыря двумя английскими шестидесятипушечными фрегатами в 1854 году, во время Крымской войны. Военные корабли, выпустившие из своих пушек за 9 часов канонады около 2000 ядер и бомб, ушли, слегка повредив отдельные здания и никого не убив. Это событие резко повысило авторитет монастыря среди верующих. Значительно увеличивается количество паломников и почётных гостей, в числе которых был и посол Франции в России Талейран.
Заботы об обустройстве монастыря продолжались и во времена, близкие к нашим. Характерна в этом отношении сооружённая в 1912 году гидроэлектростанция на самотёчном канале из Святого озера в Белом море.
Продолжалось бы дальнейшее обустройство островов, если бы монастырь остался действующим? Кто знает. Но зато точно известно, что из всех привлекательных качеств и особенностей архипелага и монастырских строений большевиков заинтересовали только те, которые позволили без особых лишних затрат устроить здесь тюрьму.
Стены монастыря и раньше использовались для изоляции и наказания преступников и еретиков. Но если за 400 предыдущих лет здесь перебывало чуть более трёхсот узников, то всего за 20 неполных лет существования «Соловецкого Лагеря (потом тюрьмы) Особого Назначения» (СЛОНа) их было сотни тысяч, большинство из которых так и остались на Соловках в безымянных братских могилах…
К концу 1940-х годов Соловецкий архипелаг утратил это своё предназначение…
В 1965 году в Соловецком кремле начались реставрационные работы. Сегодня уже многие объекты приняли свой прежний облик, утраченный в первую половину XX века; изучается его история, строится посёлок у стен древнего монастыря, взяты под охрану государства все многочисленные культовые, хозяйственные, жилые и инженерные сооружения островов, их уникальная природа.
Ризница — богатейшее собрание редкостей и предмет гордости монастыря. Среди самых знаменитых коллекций древнерусского искусства ризница стояла в первых рядах. Там хранились сервизы золотой и серебряной посуды, позолоченные чаши, блюда, кубки, ковши, потиры, кадила, литые золотые и серебряные кресты, драгоценные ковчеги, оклады евангелий и икон, украшенные чеканкой, гравировкой, эмалью, финифтью, жемчугом, чернью, камнями. Сокровища ризницы, описанные в прежних путеводителях, поражают воображение. К числу древнейших (опись 1514 г.) относились: резной крест из моржового клыка, деревянный потир Зосимы, каменный колокол, железное клепало. Цари, патриархи, князья, вельможи в надежде замолить свои проступки и грехи щедро жаловали деньги и вещи. Особенно засыпал обитель дарами Иван IV: часы, кресты, меха, драгоценные ткани, тысячу рублей и «немало серебряной утвари» (1557), один из золочёных серебряных кубков весил более восьми килограммов. По его заказу в мастерских Кремля изготовили (1562) для передачи Соловкам напрестольный золотой крест во здравие царевичей Ивана и Фёдора.
Тысячу сто рублей «в поминовение» замученных новгородцев поступило в 1584 году. Среди подарков царей Романовых поступали церковные облачения, шитые из аксамита, парчи, бархата, атласа. Пожертвования и вклады текли со всей Руси, а поминовения вкладчиков в ризницу и монастырскую казну совершалось круглосуточно в церкви Благовещения. Многие предметы не имели религиозного назначения, зато представляли колоссальную историческую ценность. Например, два вклада, переданные (1647) князем С. Прозоровским: сабля Пожарского и палаш Скопина-Шуйского, оправленные в серебро с золочением, жемчугом, бирюзою. Сабля, видимо, отдана по желанию владельца, почитавшего Соловецкую обитель. (Г. Богуславский сообщает, что она с 1850 года хранится в Оружейной палате Кремля). Палаш, после загадочной смерти (1610) хозяина, 28 лет был у его брата и о том, кто передал его князю, сведений нет. Другие предметы ризницы, созданные мастерами-умельцами, составляли художественную ценность. Это тончайшей работы чаши, кубки, блюда, посохи и среди них кружка с крышкой, выполненная (1774) холмогорским косторезом О. Х. Дудиным — «будущим родам на посмотренье». Мастер умело сочетал тонкую фактуру кости с формой металлической кружки. Украсил её шестью круглыми медальонами с портретами от Петра I до Екатерины II среди причудливых завитков с мелкими цветочками и сквозной резьбой. Остаток дней своих он провёл в Соловецком монастыре. Умер (около 1785 г.), оставив там свою замечательную библиотеку.
Книги собирал ещё его отец, и с ними был знаком юный Ломоносов. Художник В. Верещагин, критически отозвавшись о монахах после посещения (1895) Соловков, о ризнице писал, что она «очень богата, много дорогих, хорошей работы, вещей». Но сожалел, что среди драгоценных металлов «нет поделок из дерева, которыми Север так богат».
Анна Гиппиус, сестра знаменитой писательницы, всей душой преданная Русской православной церкви, находясь в эмиграции, писала: «Соловецкий монастырь владел не только большими богатствами, но и ценными редкостями. Драгоценными старинными ковчегами, крестами, иконами, митрами. Были ризы с оплечьями из жемчуга и драгоценных камней. Особая редкость — риза белого полотна с оплечием из шёлковой материи, данная преосвященным Ионою архиепископом Новгородским преподобному Зосиме при поставлении его игуменом. Риза св. Филиппа камчатной двумяной материи с чёрным, шитым золотом оплечием. Сабля Пожарского. Серебряная кружка соловецкого старца Стефана, бывшего казанского царя Симеона Бекбулатовича. Небольшой зазвонный каменный колокол, сделанный при преподобном Зосиме. А также много ценных книг».
Во второй половине XIX века сокровища оценивались в 10 млн. рублей. Его богатство составляли не только золото, жемчуг и серебро. Кроме вещевых коллекций в ризнице хранилось более пятисот ценных документов, связанных с историей монастыря (в их числе 58 — на пергаменте). Это: жалованные грамоты Ивана III, 7 грамот — Ивана IV, 13 — царя Фёдора, 4 — Бориса Годунова, 9 — Василия Шуйского, царей Михаила и Алексея — 151, Петра Первого — 61, грамот митрополитов и патриархов — 186. Первоначально ризница размещалась, видимо, в Преображенском соборе, затем было сооружено (1602 г.) специальное двухэтажное каменное здание. Внизу хранилось ручное оружие, а в сводчатой палате наверху — облачения, церковная утварь и драгоценности. Со временем ризница уже не вмещала всех накоплений, тогда под Никольской церковью была построена новая, с отдельной библиотекой. Помещение второго этажа (1797 г.) было расширено за счёт объединения с библиотекой, и драгоценности, древние книги, документы хранились в одном месте. Затем (1831 г.) к ризнице под церковью пристроили новую палату (445 кв. м). По стенам залы установили застеклённые деревянные шкафы с бесценными коллекциями. Часть их была разграблена в 1918–1919 годах белогвардейцами и англичанами. А в помещении ризницы (23 ноября 1923 г.) «открылся серый занавес с нашитой на нём белой соловецкой чайкой, символом весны и свободы». Её отдали под «слоновский» театр: соорудили подмостки и скамьи на 400 человек и играли постановки.
