Библиотека — крупнейшее древнерусское книжное собрание на Севере, художественная и научная ценность которого исключительно высока. Она была основана во второй половине XV века иноком Досифеем, впоследствии игуменом, просвещённым книголюбом. Он заказывал переписывать книги, «не мало лет» находясь в Новгороде, а сохранившиеся списки (1493–1494) показывают, что те книги были не богослужебные, а «для чтения и образования». Досифей известен как первый на Руси автор книжного знака, экслибриса, и как первый соловецкий писатель, автор Жития Зосимы и Савватия. В описях XVI века упоминаются книгохранительные палатки под присмотром специального книгохранителя. К концу XVI века в библиотеке находилось: 481 рукопись и 38 печатных книг. В её фонде и исторические сочинения — летописи, где сообщалось о внутренней жизни монастыря, о событиях на Севере, в России. Например, о поездке Ивана IV в Новгород и Псков, о землетрясении в Керети, Ковде и Кандалакше (1542). Соловецкие летописцы сопровождали игуменов и старцев в Москву и Новгород. В XVI — начале XVII века библиотека пополнилась сборниками двух групп текстов: традиционного содержания и современной исторической публицистики. Позднее солидное собрание заимело «книгописную палату» с отделом квалифицированных переписчиков — скрипторием и при нём переплётной мастерской. Лучшие экземпляры шли «на раздачу», продажу, в другие монастыри.

Рукописные книги были произведениями не только литературного, но и прикладного искусства. Деревянный переплёт обтягивали кожей, которую вручную теснили затейливым орнаментом. Самые дорогие — оковывали серебряными или медными окладами и украшали жемчугом, драгоценными камнями. Для лучшей сохранности их снабжали металлическими застёжками, а чтобы внутрь не попадала пыль, в Соловках придумали хранить их корешком вверх. Для защиты переплёта на рёбрах досок со стороны, противоположной корешку, делались маленькие выступы-ножки (иногда и по углам переплёта), чтобы тиснёная кожа не истёрлась и не поцарапалась при чтении. Переписка книг в монастыре велась, видимо, до семидесятых годов XVII века. Дороговизна рукописной книги делала её пожертвование существенным и ценным вкладом. Книжные вклады составляли половину всех поступлений библиотеки. Так, были подарены книги Иваном IV (12 штук), священником Сильвестром, Фёдором Колычёвым, его преемником Иоасафом, патриархом Никоном, келарями Троице-Сергиева монастыря Авраамием Палицыным и Александром Булатниковым («Житие Зосимы и Савватия» 1623 г. и др.), Дмитрием Пожарским (рукописное евангелие XVI века в 1613 году — редкий памятник отечественной письменности: в серебряном с позолотой окладе, с чернью, драгоценными камнями, хрусталём, жемчугом, бесследно исчезнувшим, местонахождение его неизвестно).

В числе раритетов значились: Псалтырь, принадлежавший Зосиме; «Апостол» 1586 года; Временник Георгия Амартола, греческого писателя IX века; «Слово о законе и благодати» — XI века; старопечатные евангелия начала XVII века в драгоценных окладах (вес одного 40 кг). Книги больше «приходили» в библиотеку, а если и расходились, то в филиалы и колонии (скиты, соляные варницы), после закрытия которых вновь возвращались. О том, кто пользовался ими, остались «пометы»: «сия книга даётся на прочтение в братскую больницу», «живёт в поварне», «обменяна на псалтырь Никифору кузнецу», «читал сторож Ивашко Иларионов сын Верёвкин». С возвратом книг читателей не торопили, один книгочей пользовался книгой 42 года. Когда в XVII–XVIII веках рукописные книги из монастырей изымались, Соловецкий, как ставропигиальный, оставил их у себя. Источники пополнения библиотеки расширялись постепенно: сначала это были дары, вклады, поступления из других монастырей, покупка, переписка. Позже книги стали поступать по завещаниям, изыматься у ссыльных (особенно раскольников) и благодаря подвижничеству самобытных библиофилов. Состав и содержание книг не был только церковно-религиозным, и, несмотря на отдалённость от центра, имелись все произведения официальной идеологии, за исключением летописных сводов. Старинные рукописные книги были в особом почёте, по поводу именно их защиты от нововведений Никона началось Соловецкое восстание, после которого пропаганда опального монастыря уже не входила в интересы правительства. В сборниках того времени отразилась борьба церкви в связи с расколом. Комплектование библиотеки рукописными книгами закончилось в XVIII веке, её изучение началось позднее.

Первым историком стал в 1826 году архимандрит Досифей (Немчинов), тёзка основателя библиотеки. Он издал «Соловецкий летописец» и солидный трёхтомный труд по истории и географии монастыря. Книжные богатства Соловков были поистине грандиозными. По описи (1676 г.) указано 948 рукописных, 530 старопечатных книг, представляющих большую ценность. Есть сведения, что «одно время» их было 2000 томов, и среди них памятники русского книгопечатания, выпущенные Иваном Фёдоровым: «Апостол» 1564 года, «Острожская библия» 1581 года. Были также грамматики, арифметики, космографии, хронографы, лечебники, травники, певческие рукописи. Разные источники сообщают, что в 1835 году в библиотеке было 4606 томов, а в 1844 году — 1378, в т. ч. 978 рукописных. По численному составу соловецкое собрание сравнимо с Кирилло-Белозерским и Иосифо-Волоколамским, а по разнообразию — с Троице-Сергиевским. Уже к концу XVI века библиотека так разрослась, что потребовала специального помещения. С этой целью в паперти Преображенского собора (1602) устроили каменную палату. Позднее книги перенесли в помещение, примыкавшее к ризнице, в 1797 году — на первый этаж ризницы. В тот же год для библиотеки была оборудована небольшая комната со сводчатыми потолками в первом ярусе новой колокольни. Вход в неё был с галереи между колокольней и ризницей. Последнее перемещение (1846) было в специальное каменное строение над самой галереей, примыкавшее к западной стене колокольни. Из обильного и разнообразного культурного наследия Соловков библиотека до наших дней сохранилась полнее и лучше всего. Это связано с событиями 1854 года, когда обители угрожало нападение английского флота. Распоряжением Синода наиболее дорогие книги вместе с драгоценностями были эвакуированы в Антониево-Сийский монастырь.

В то время для изучения раскола и борьбы со старообрядчеством в Среднем Поволжье казанский архиепископ ходатайствовал о передаче 406 соловецких книг. Библиотеку в Сии не распаковывали, книги были в ящиках, поэтому её передали в Казанскую духовную академию «для отбора требуемых книг» полностью (драгоценности и всего 33 рукописные книги вернулись на Соловки в 1856 году). В 1858 году решением Синода 1513 томов рукописных и 83 тома старопечатных книг были оставлены в Казани «навсегда». В т. ч. рукописи Анзерского скита, жития святых, богослужебные и историко-церковные («Лавсаик Зосимы»). Книги содействовали разработке монастырского наследия, изучению истории Севера и России. Послужили основой для издания журнала «Православный собеседник» и отдельных книг древнерусских писателей Филофея, Иосифа Волоцкого, Максима Грека. В разное время в Казани к ним обращались историки Н. Аристов, В. Ключевский, В. Стасов, Ф. Буслаев. После революции и упразднения духовной академии соловецкое книжное собрание перешло в ведение архивов (куда поступили и оставшиеся на Соловках книги). Все 1513 тома (по другим источникам — 1482) из Казани (29 июня 1928) были переданы в Рукописный отдел Публичной библиотеки им. Салтыкова-Щедрина Ленинграда и выделены в отдельный фонд, где ведётся их постоянное изучение. Досифеевские книги находятся в фондах древнерусских рукописных томов и до сих пор узнаваемы по экслибрису на титульном листе.

Осенью 1922 года из монастыря вывезены в Петроград и переданы в распоряжение АН СССР оставшиеся (от пермской части) документы соловецкого архива. Археографическая комиссия считала необходимым сосредоточить их в одном месте, но фактически они «с конца двадцатых годов» хранятся и изучаются в двух центрах. Это российский государственный архив древних актов в Москве и научный архив Санкт-Петербургского отделения Института российской истории РАН.[2] Последним опубликованы (1988, 1990) «Акты Соловецкого монастыря» периода 1479–1584 годов, отражающие историю народного хозяйства, земельной собственности, способы приобретения монастырём деревень, угодий, промыслов, мельниц и прочего за счёт впадений черносошных крестьян. Подобные издания позволяют широкому кругу читателей прикоснуться к первоисточнику, живой истории Соловков и Русского Севера.