Банкротство царского командования флотом, приведшее к сдаче крепости Порт-Артур, гибели Тихоокеанской эскадры и к цусимской катастрофе, вызывало острые нападки думской оппозиции. Морское министерство получило эпитет «цусимского ведомства». Оппозиция утверждала, что правительство стремится замолчать и покрыть грехи старой «морской бюрократии» и неспособно реорганизовать флот в соответствии с современными требованиями. Правительство же стремилось создать впечатление, что оно не намерено покрывать преступные действия и вину отдельных ответственных исполнителей и готово сурово покарать их за плачевные результаты прошлой военной деятельности.

Было принято решение устроить гласный судебный процесс по поводу сдачи кораблей в Цусиме. Создали «дело о сдаче четырех кораблей, окруженных под командованием адмирала Небогатова». Кроме самого адмирала к ответственности привлекались командиры сдавшихся броненосцев и весь их офицерский состав. Параллельно также подлежало разбору дело о сдаче миноносца «Бедовый», обвиняемыми по которому были адмирал Рожественский, офицеры его штаба, командир и офицеры миноносца «Бедовый». Одновременно с этим судебным делом образовали «особую следственную комиссию», перед которой была поставлена более широкая задача: рассмотреть в целом все дело цусимского поражения и вскрыть причины, приведшие флот к разгрому его.

Таким образом, Рожественский, Небогатов, их штабы, командиры взятых в плен кораблей и все офицеры должны понести кару за гибель флота в Цусиме.

Правительство, морской министр адмирал Бирилев и адмиралтейств-совет считали, что, сделав такую уступку общественному мнению страны, им удастся выставить виновниками военных неудач и позора отдельных начальников и руководителей операциями, парализовав таким образом стремление оппозиции вскрыть виновность в поражении всего руководящего аппарата царской бюрократии, связанной общей «круговой порукой» с правительством и самим монархом, и тем самым скрыть от общественного мнения полный военный крах самодержавия.

В таком направлении и началось следствие о сдаче небогатовского отряда и миноносца «Бедовый». В качестве свидетелей по делу о сдаче кораблей были привлечены все гражданские чины, находившиеся на кораблях в бою, а также и отдельные матросы, показания которых могли дать материал для следствия.

По броненосцу «Орел» в свидетели были зачислены оба наших доктора — Макаров и Авроров, флагманский юрист Добровольский, священник отец Паисий и я, как инженер, не имевший в то время офицерского чина.

Особая комиссия по делу о Цусиме также допрашивала меня. Я был вызван членом комиссии адмиралом Вирениусом и, как специалист, участвовавший в снаряжении, походе и в бою эскадры, должен был дать свои показания о состоянии кораблей в походе, о подготовке к бою, перегрузке и остойчивости наших броненосцев типа «Бородино». Мои показания соответствовали докладу, сделанному Морскому Техническому комитету.

Суд по делу о сдаче кораблей небогатовского отряда по выяснении всех обстоятельств не нашел возможным признать виновными в нарушении воинского долга офицеров броненосца «Орел». Доблестное поведение всего личного состава в бою 14 мая, тяжкая убыль офицеров, из числа которых четверо было убито или умерло от ран, включая командира, а 12 ранено и вышло из строя, потеря до 40 человек из команды убитыми и до 80 ранеными, уничтожение в бою всех спасательных средств и состояние корабля, грозившее внезапным опрокидыванием даже при небольшом крене, — все это было признано обстоятельствами, оправдывавшими сдачу броненосца. Поэтому командовавший кораблем старший офицер капитан 2-го ранга Шведе и все офицеры «Орла» от ответственности за сдачу его были освобождены судом.

Адмирал Небогатов и командиры кораблей «Николай I», «Адмирал Апраксин» и «Адмирал Сенявин», получивших в бою незначительные повреждения, сохранивших артиллерию, снаряды и спасательные средства, приговорены судом к расстрелу с заменой заключением в крепость сроком на 10 лет. Что касается офицеров сдавшихся кораблей, то они от ответственности были освобождены, так как подчинялись приказаниям своих начальников и их осуждение было бы равносильно требованию бунта и неповиновения на корабле.

Адмирал Рожественский, взятый в плен на миноносце «Бедовый» в бессознательном состоянии, от ответственности за сдачу был освобожден. Признаны виновными и присуждены к расстрелу с заменой заключением в крепость на 10 лет организаторы сдачи — начальник штаба адмирала Рожественского капитан 1-го ранга Клапье-де-Колонг, флагманский штурман полковник Филипповский, флагманский минер лейтенант Леонтьев и командир миноносца капитан 2-го ранга Баранов. Всех офицеров «Бедового» и остальных чинов штаба Рожественского от ответственности освободили.

Комиссия по расследованию обстоятельств, приведших к цусимскому поражению, возглавляемая адмиралом Гильдебрандтом и при участии ряда боевых офицеров флота, вынесла обширное постановление о главнейших причинах, подготовивших это беспримерное поражение русского флота. Констатировав коренные технические и материальные недостатки флота, устарелость артиллерийского вооружения, неудовлетворительное качество снарядов, недостаток приборов управления стрельбой, отметив чрезвычайную разнотипность кораблей русского флота, комиссия в следующих словах охарактеризовала отрицательную роль Рожественского как виновника цусимской катастрофы: «Неудачный выбор начальника эскадры, принявшего на себя командование без веры в возможность боевого успеха, не уделившего необходимого внимания боевой подготовке эскадры, не терпевшего самостоятельного сотрудничества своих подчиненных и не имевшего мужества признать непосильной принятую на себя задачу, когда сам в этом убедился. Тактические ошибки, сделанные начальником эскадры, еще ухудшили положение. Безнадежная с начала, основанная не на добросовестном расчете, а на слепой надежде на удачу, операция прорыва 2-й эскадры Тихого океана во Владивосток должна была окончиться катастрофой».

Оценка Рожественского как командующего эскадрой комиссией по делу о Цусиме была сделана правильно, но комиссия ограничилась при разборе вопроса об его ответственности за цусимский разгром флота только личными качествами адмирала и не вскрыла тех подлинных причин, которые привели русский флот к поражению, не указала на вину в этом его высоких руководителей и правительственной верховной власти. Рожественский же вполне понял, какая роль ему отводилась в этой процедуре показного правосудия. Он сам признавал себя ответственным за цусимскую катастрофу, заявлял, что именно он, будучи самостоятельным начальником эскадры, один во всем виноват и даже сдача кораблей, порученных его руководству, должна быть признана его виной. Став на эту внешне благородную позицию, он тем самым пресекал дальнейшее углубление дела и, принимая всю вину на себя, заслонял собой вопрос об ответственности всего верховного руководства за катастрофу.

Все осужденные, включая и Небогатова, были освобождены по амнистии из крепости через два года — в 1909 г., когда правительство пришло к выводу, что острота политического положения в стране миновала и дело о Цусиме уже можно предать забвению.