Действительно, с одной стороны, Н.Н. Муравьев, выразивший «полное сочувствие... предложению» Г.И. Невельского исследовать амурский лиман и обещавший «употребить все средства к его осуществлению», приложил, по воспоминаниям самого же Г.И. Невельского, немало сил в борьбе с канцлером К.В. Нессельроде, военным министром А.И. Чернышевым и другими противниками проведения Амурской экспедиции, ходатайствуя за своего единомышленника перед начальником Главного Морского штаба А.С. Меньшиковым и министром внутренних дел Л.А. Петровским. С другой стороны, он до конца упорствовал в своем заблуждении, переоценивая стратегическую значимость Петропавловского порта и намереваясь перенести туда Охотский порт, не желая соглашаться с Г.И. Невельским, предлагавшим передислоцировать главную военно-морскую базу России на Тихом океане в устье Амура. И только события Крымской войны вынудили генерал-губернатора принять аргументы мореплавателя.
Как свидетельствуют М.И. Венюков и П.А. Кропоткин, энергия генерал-губернатора передавалась его сподвижникам, заставляя последних действовать более активно и инициативно. Так, М.С. Корсаков - будущий преемник Н.Н. Муравьева-Амурского, а в 1848-1856 гг. - чиновник для особых поручений при генерал-губернаторе, находясь в непосредственном подчинении у человека, лично изъездившего «по делам службы, 120000 верст», в конечном счете «свое атаманство в Забайкалье не выслужил, а выездил».
Проложенные по всей Восточной Сибири шоссе с наведенными мостами и устроенными на спусках перилами, по словам П.А. Кропоткина, появлялись «по желанию Муравьева», причем даже там, «где Муравьев никогда не езжал», ибо сама «возможность его приезда заставляла приниматься за усыпание дороги галькою». Однако причины этого усердия муравьевского окружения связаны отнюдь не только с магнетизмом и энергетикой личности генерал-губернатора, и многие, а прежде всего П.А. Кропоткин, отмечают авторитарность методов руководства Н.Н. Муравьева.
Неисполнение кем-либо из его подчиненных своих обязанностей влекло за собой, по выражению М.И. Венюкова, «административную грозу», наблюдать которую ему приходилось неоднократно за время своих контактов с Н.Н. Муравьевым-Амурским. В частности, генерал-губернатор распорядился посадить на гауптвахту нерчинского почтодержателя, когда при смене лошадей обратил внимание на то, что «они и сбруи очень плохи». Год спустя на грани расправы оказался местный почтмейстер, о злоупотреблениях которого стало известно Н.Н. Муравьеву, и только неподконтрольность почтового ведомства генерал-губернатору Восточной Сибири вкупе с нежеланием последнего прибегать к недозволенным методам воздействия спасли проворовавшегося чиновника от заслуженного наказания.
Интенданты, чинившие «каверзу» подрядчику, обязавшемуся обеспечить сплав по Амуру в 1857 г. мукой, получили от Н.Н. Муравьева выговор в выражениях, из которых «слова «мошенничество» и «воровство» не были самыми сильными и жестокими». В аналогичном положении оказался и корабельный инженер капитан Бурачек, не обеспечивший надлежащее качество барок, построенных под его присмотром для вышеупомянутого сплава... Многие из подобных разносов носили справедливый характер, ибо казнокрадов в чиновничьей среде было предостаточно, но в ряде случаев наказания выносились спонтанно, без объективного разбора обстоятельств конкретной ситуации. Впечатление очевидцев подобных действий Н.Н. Муравьева наиболее ярко сформулировал М.И. Венюков: «Это было до такой степени по-генеральски, по-аракчеевски, что у меня что-то оторвалось в груди, и с тех пор я стал холоднее к человеку, в котором дотоле видел почти одни хорошие качества».
Д.А. Кропоткин, отмечая смену настроений в обществе по отношению к Н.Н. Муравьеву-Амурскому от всеобщих восторгов до прямых укоров в посредственности и даже в бесчестности, расценивал это как «закон неизбежный», полагая, что «время середины еще не пришло» и «взгляд на Муравьева еще не выяснился». Данная оценка, безусловно, справедлива для 1863 г., которым датирована приведенная запись из дневника ученого-этнографа. Вместе с тем, и сам П.А. Кропоткин, и другие авторы, оставившие воспоминания о генерал-губернаторе Восточной Сибири, многие из которых составлялись и редактировались спустя десятилетия после описываемых событий, как раз и способствовали выявлению этого объективного «взгляда на Муравьева» как на человека сложного, неординарного, с целым рядом недостатков, в окружении которого было немало людей нестоящих и откровенных проходимцев.
Еще в большей степени дорисовывают воспоминания гражданскую позицию и политические воззрения Н.Н. Муравьева-Амурского, так как в силу неоднородности собственных убеждений мемуаристов мы имеем возможность составить наиболее полное и объективное представление об отношении графа Амурского к основным проблемам российской действительности середины 19 века.
Убежденным поборником интересов России на Дальнем Востоке предстает Н.Н. Муравьев в воспоминаниях Г.И. Невельского, чья книга «Подвиги русских морских офицеров на крайнем Востоке России» изображают генерал-губернатора Восточной Сибири одним из немногих чиновников столь высокого ранга, понимавшим всю необходимость урегулирования проблемы пограничного размежевания с Китаем с сохранением за Россией левого берега и устья Амура, а также Приморья, и приложившим все силы в борьбе как со столичной проавстрийской партией во главе с канцлером К. В. Нессельроде, чинившей всевозможные препоны решению «амурского вопроса», так и китайскими властями, действуя зачастую без всякой поддержки, а то и вопреки имеющимся правительственным предписаниям.
Государственником характеризуют Н.Н. Муравьева А.И. Гончаров, М.И. Венюков... Некоторым диссонансом звучит лишь заявление П.А. Кропоткина, упоминающего в своих мемуарах, работа над которыми была им окончена в 1902 году, о якобы имевших место в 1857-1861 гг. в кабинете генерал-губернатора беседах молодых офицеров с сосланным в Иркутск М.А. Бакуниным, в которых обсуждалась «возможность создания Сибирских Соединенных Штатов, вступивших в федеративный союз с Северо-Американскими Соединенными Штатами». Правда, судя по контексту, речь не идет о сепаратизме Н.Н. Муравьева, по крайней мере в современном значении данного понятия, тем более, что указанное не находит подтверждения ни у самого М.А. Бакунина в письме к А.И. Герцену от 7 ноября 1860 г., сообщавшего адресату о стремлении графа Амурского к «вольной... и крепко соединенной славянской федерации», но никак не к «Сибирским Соединенным Штатам», ни у других современников Н.Н. Муравьева. М.И. Венюков приводит случай безусловного согласия генерал-губернатора с распоряжением управляющего делами Сибирского комитета статс-секретаря Буткова, блокировавшим строительство американцами железной дороги в Забайкалье как раз из-за угрозы экономического закабаления территории, распространения там республиканского духа и отторжения в конечном итоге Сибири от России. Да и сам П.А. Кропоткин сорока годами ранее опровергал подобные слухи о Н.Н. Муравьеве.
Еще более неоднозначны русские путешественники и писатели середины 19 века в оценке политических убеждений генерал-губернатора Восточной Сибири. Если Г.И. Невельской в своих воспоминаниях особо не затрагивал данный вопрос, то А.И. Гончаров, а еще в большей степени М.В. Венюков - негласный сотрудник зарубежных изданий А.И. Герцена и Н.П. Огарева, наиболее политический, по выражению А.А. Степанова, русский географ своего времени, в целом, рассматривали Н.Н. Муравьева-Амурского как человека довольно либеральных воззрений. Именно с подачи М.И. Венюкова стало историографической традицией считать, Н.Н. Муравьева первым губернатором, открыто поддерживающим идею отмены крепостного права в России.
В путевых тетрадях и письмах молодого, еще далекого от политики офицера П.А. Кропоткина, проходившего в 1862-1867 гг. военную службу на Дальнем Востоке, генерал-губернатор характеризуется умеренным либералом, создавшим в управляемом им регионе атмосферу свободы и вольнодумства. Это и отношение к политосужденным, с которыми «обходятся с замечательным уважением везде», и библиотека Вагина в Иркутске, где «был в свое время просто оппозиционный клуб, из которого исходили разные уличные демонстрации против правительства», и многое другое.