Несмотря на его конфликты с генералами, 22 ноября 1895 года Бунин был причислен к МВД «с откомандированием в распоряжение Одесского градоначальника для исполнения обязанностей на той же должности».

Яков Иванович Бунин имел следующие русские награды: ордена — Св. Владимира 3-й и 4-й степени, Св. Анны — 2-й степени, Св. Станислава — 2-й и 3-й степени, 2 перстня с императорским вензелем, серебряные медали за оборону Севастополя и в память царствования императора Александра III и бронзовую — за Восточную войну 1853–1856 годов. Кроме того, он был награжден иностранными орденами: командорским крестом греческого ордена Спасителя (тут его не забыла греческая королева), персидским орденом Льва и Солнца 2-й степени, турецким орденом Меджидие 3-й степени, итальянским офицерским крестом ордена Короны, бухарским орденом Восходящей Звезды, золотым (был пожалован во время путешествия эмира Бухарского по России в 1893 году) абиссинским орденом Меча Соломона 2-й степени и болгарским орденом Св. Александра 3-й степени. Тут сказалось наличие в Одессе многочисленных иностранных консульств. Кроме того, иностранные монархи во время визитов в Россию часто посещали Одессу.

В 1898 году, как и в предыдущем, полицеймейстер не был в отпуску, хотя до этого и в последующем отпуск регулярно брал. Это могло быть связано с его романом с Варварой Малиновской.

Бунин стал чаще болеть. 1 июня 1899 года он подал прошение об отпуске по болезни на два месяца в России и за границей и о назначении ему пособия на лечение в 500 рублей. Разрешение было дано, но пособие не назначили из-за отсутствия в казне свободных средств.

В связи с этим прошением была составлена справка о Бунине, где говорилось:

«Исправляющий должность Одесского Полицеймейстера, полковник Бунин состоит на государственной службе 41 1/2 лет, из коих более 27 лет в полицейских должностях, при чем 17 лет в настоящей должности.

Содержания получает в год:

Жалованья — 1500 р., столовых — 1500 р., квартирных — 1000 р., на разъезды — 1000 р., пенсии из комитета о раненых — 103 р. 95 к. Всего 5103 р. 95 коп.

Бунин имеет жену и 5 человек детей в возрасте от 21 до 27 лет.

Ходатайство Одесского градоначальника о пособии на лечение полковнику Бунину, ввиду получаемого им значительного содержания, в апреле 1890 года было отклонено».

Очевидно, расстроенное здоровье заставило Якова Ивановича подумать о выходе на пенсию. Но хлопоты о ней затянулись. В феврале 1901 года, в связи с предстоящим выходом на пенсию, на Бунина в одесском градоначальстве была составлена новая, более подробная справка:

«Причисленный к Министерству внутренних дел исполняющий обязанности Одесского полицеймейстера (VI класс) полковник Бунин, 63 лет (значит, Яков Иванович родился, скорее всего, в 1837 году), прослужил свыше 43 лет, в том числе 18 лет в последней должности; имеет право на пенсию полного оклада III разряда 2-ой степени по 428 руб. 85 копеек в год; усиленная же пенсия, по преподанным Комитетом министров правилам, может быть ему испрошена в размере 2/3 производящегося ему по должности содержания, подразумевая под оным 1500 руб. жалованья, 1500 руб. столовых денег (квартирные 1000 руб. и разъездные 1000 руб., присвоенные по штату той же должности, в расчет не принимаются), а именно 2000 руб. в год; получает пенсию из комитета о раненых по 103 руб. 95 коп. в год; право на военную эмеритуру может быть выяснено только сношениями с канцелярией Военного Министерства.

Женат, дети совершеннолетние, владеет в Борисоглебском уезде Тамбовской губернии недвижимым имением в количестве 281 десятин земли.

Бунину, согласно положению Наградного Комитета, ВСЕМИЛОСТИВЕЙШЕ пожалован был в 30-й день августа 1893 года чин полковника вне правил. Поэтому и ввиду примеч. ст. 40 кн. 8. Св. Воен. Пост. изд. 1889 года, по которой штаб-офицеры, произведенные в чин полковника на службе в гражданском ведомстве, не производятся в чин генерал-майора при отставке, но могут быть переименованы в соответствующий гражданский чин по правилам, существующим для гражданских чинов, полковник Бунин не может быть переименован в чин генерал-майора при отставке.

Полицеймейстерам Санкт-Петербурга (V класс) Дубельт-Краон, Риттеру, Бирону и Есипову за свыше 35 лет службы испрашивалась усиленная пенсия по 3 тыс. рублей в виде особого для данного лица исключения и ни в пример другим, а потому в виду класса (VI) должности, тут занимаемой полк. Буниным, его семейного и имущественного положения, едва ли можно рассчитывать, даже и при особых ходатайствах, на назначение ему пенсии свыше 2500 рублей, если при том он не приобрел права на военную эмеритуру». Замечу, что в 1901 году полковник и статский советник мог рассчитывать на максимальную пенсию из эмеритальной кассы в 860 рублей, а генерал-майор и действительный статский советник — в 1290 рублей.

Но у Бунина обнаружился необычный ходатай.

Директор Департамента полиции Сергей Эрастович Зволянский извещал директора Департамента общих дел В.Ф. Трепова 24 января 1902 года:

«Милостивый государь Владимир Федорович!

Обер-прокурор Святейшего Синода, Статс-секретарь Победоносцев обратился к Г. Товарищу Министра князю Святополк-Мирскому с ходатайством об оказании содействия в разрешении в благоприятном смысле представления Одесского градоначальника о производстве Одесского полицеймейстера полковника Бунина при отставке в чин генерал-майора и об испрошении ему усиленной пенсии.

С своей стороны князь Святополк-Мирский признает удовлетворение возбужденного полковником графом Шуваловым ходатайства вполне заслуживающим удовлетворения.

Имея в виду, что представление градоначальника о полковнике Бунине, как состоящем при Министерстве внутренних дел, поступило в Департамент Общих Дел, я считаю долгом о вышеизложенном сообщить на зависящее распоряжение Вашего Превосходительства.

Примите, Ваше Превосходительство, уверение в совершенном моем почтении и преданности».

Ходатайство Победоносцева, который, очевидно, и был покровителем Бунина, возымело действие. 17 февраля 1902 года в «Русском инвалиде» было опубликовано, что, согласно Высочайшему приказу по военному ведомству от 16 февраля, «состоящий при М-ве ВД, испр. должность одесского полицеймейстера, числящийся по армейской пехоте, полковник Бунин произведен в генерал-майоры с увольнением от службы с мундиром и пенсией».

Благодарный Яков Иванович 2 марта телеграфировал из Одессы товарищу министра внутренних дел, князю Петру Дмитриевичу Святополк-Мирскому:

«Приношу душевную признательность за содействие в деле моего производства. Осмеливаюсь еще раз покорнейше просить Ваше превосходительство не отказать в поддержке при назначении мне усиленной пенсии. Результат прошу почтить меня своим уведомлением.

Генерал-майор Бунин».

И судя по пометке, оставленной на бумаге о назначении пенсии Бунину, поступившей в Департамент общих дел 4 марта 1902 года, размер пенсии было решено определить в 3500 рублей. Вот только пребывать в генеральском звании и получать усиленную пенсию Якову Ивановичу пришлось очень недолго. Согласно публикации севастопольского журналиста Леонида Сомова в газете «Слава Севастополя» от 16 июня 2009 года, Яков Иванович Бунин, родившийся в 1837 году, умер в 1902 году.

Последний документ в деле Бунина датирован 18 марта 1908 года. Это — препроводительное письмо о том, что «Департамент полиции препровождает при сем по принадлежности в Департамент О.Д. прошение совершеннолетней неизлечимо больной дочери б. Одесского полицеймейстера генерал-майора Бунина девицы Марии Буниной о назначении ей усиленной пенсии с одним приложением, так как пенсия помянутому чиновнику, как состоящему последнее время причисленному к М. Вн. Дел, была назначена по Департаменту Общих Дел».

Несмотря на неизлечимую болезнь, Мария Яковлевна прожила на свете 90 лет. Вот что сообщает ее племянник — художник Кирилл Борисович Иванов, вероятно, сын ее младшей сестры Надежды: «Мария Яковлевна Бунина родилась в марте 1872 года в имении Терновое близ Липецка. Дочь генерала, воспитанница института благородных девиц в Одессе, она испытала много лишений. В молодых годах, когда мечтала об артистической карьере в Москве, “папа давал денег столько, что хватало на один пирожок <…> думала, когда его съесть, утром или вечером?” (Очевидно, Яков Иванович был скуповат и свое богатство напоказ не выставлял.) После смерти отца она стала полновластной хозяйкой имения Буниных под Тамбовом, которое носило название Хлудневка. Перед революцией она получила наследство от матери мужа в акциях и удвоила его игрой на бирже.