2 ноября 1957 Малиновский провел партактив Министерства обороны, где более подробно объяснил свое отношение к Жукову и впервые публично признал, после того как об этом на пленуме рассказал сам Никита Сергеевич, что еще в 1954 году предупреждал Хрущева и Булганина насчет бонапартизма Жукова:

«Жуков — одаренный военный человек. Жуков упорный, трудолюбивый. Он принес большую пользу советскому народу. Его высоко вознаградили. Мы не отнимаем этих заслуг Жукова. Но наряду с этими качествами — есть большие пороки.

Вы можете сказать, что теперь у вас языки развязались, когда ЦК взялся за дело.

Когда Хрущев, Булганин и Микоян ехали из Китая, то я сказал им в Хабаровске, что Жуков опасный и даже страшный человек. Булганин сказал, что мы знаем его качества. Хрущев промолчал.

Я 30 лет работаю с Жуковым. Он самовластный, деспотичный, безжалостный человек. Я решил идти с ним работать. Решил: если он будет хамить — я тоже буду хамить. Если будет ругаться — я буду ругаться. Будет драться — я ему дам сдачи.

С этими мыслями я и пришел в Министерство.

Он ко мне относился с большим уважением, вернее — вежливо.

Я поэтому ничего к нему лично не имею. Но я видел какое невероятное хамство проявлял Жуков к ряду людей, в том числе к крупным волевым людям (Бирюзов).

Характер Жукова такой, что если он хочет приятное сказать человеку, то он и этого не может сделать.

Факт: Маршал Советского Союза получил звание и его Жуков благодарил.

Тот говорит, что я счастлив, я волнуюсь, я постараюсь оправдать. Жуков ответил: а мне наплевать на ваши чувства, на ваше волнение — мне лишь бы поздравить вас.

Жуков говорил, что он не замечал, не чувствовал своих ошибок.

Тогда зачем же нам такой руководитель, который не способен видеть свои ошибки. Жуков не зрелый политик, не зрелый коммунист.

При Жукове дисциплина улучшилась, но все это давалось страхом. По цепочке за одно правонарушение наказывались многие и многие командиры. Безрассудство. Тройчатка. У моряков — три С. Снять, снизить, списать с корабля…

Было угнетенное состояние наших кадров.

Такая дисциплина непрочная. При первом серьезном испытании такая дисциплина могла развеяться как карточный домик. Дисциплина только на основе высокой сознательности, преданности.

Вопрос о диверсантах.

Назвал воздушно-десантные школы 7 лет учебы (за такой срок можно зайца научить спички зажигать)…

Праздник в Ленинграде моряков, моряки хотели быть в белых кителях, но Жуков приказал всем быть в черных, чтобы самому быть в белом на этом общем темном фоне.

Полководческое искусство вскружило голову Жукову.

Слава полководца не давала ему покоя…

Теперь не те воины, что были раньше, когда полководец играл такую роль.

Теперь воюет все государство, весь потенциал. Отблеск… общей славы может зайчиком пасть на кого- либо из нас. Надо беречь этот отблеск славы».

Получается, что Родион Яковлевич был первым, кто прямо предупредил Хрущева о бонапартистских замашках Жукова, и Никита Сергеевич сам это публично признал. А после того как Конев из-за близости к Жукову оказался в полуопале, Малиновский стал единственным претендентом на освободившийся пост министра обороны.

Хрущев вспоминал:

«[Назначение Малиновского на пост министра обороны] проходило болезненно. В партийном руководстве возражений против Малиновского не было. Конечно, общесоюзный и мировой авторитет Малиновский имел ниже, чем Жуков. С другой стороны, маршал Малиновский отлично зарекомендовал себя во время войны и был не случайной личностью в военной сфере. Жукову в личном плане он уступал по энергии, напористости, обладая спокойным, несколько медлительным характером. Но не уступал ему по вдумчивости. Я отдал предпочтение Малиновскому по сравнению с другим прославленным маршалом, Коневым, хотя я высоко ценил и военные способности Конева. Но я считал, что Конев способен повести себя неоткровенно в отношении партийного руководства и правительства.

Когда решался вопрос, кого же назначить вместо Жукова министром обороны, Жуков поставил этот вопрос в упор, по-солдатски: “Кого назначаете вместо меня?” Я вынужден был ему отвечать, хотя мне не хотелось с ним обсуждать этот вопрос, и сказал: “Мы назначаем Малиновского”. — “Я бы предложил Конева”, — отрубил он.

Конев при этом присутствовал, и мне не хотелось его обидеть. Достоинства Конева — не меньшие, чем Малиновского. Но Малиновский не уступал ему в своих познаниях, а может быть, даже и превосходил Конева.

Это люди разные по характеру».

26 октября 1957 года постановлением Президиума ЦК КПСС маршал Малиновский был назначен министром обороны. Его дочь так рассказывала об этом назначении:

«В тот октябрьский день, когда папу назначили министром, он приехал на дачу чернее тучи. Ужинать не стал. Долго, почти до ночи гуляли. Молча — мама хорошо распознавала ситуации, исключающие вопросы. Наконец на крыльце появился мамин брат: “Родион Яковлевич, радио сказало, что вас министром назначили!” И тут уже мама не сдержалась:

— Что ж ты не отказался?

— Поди откажись.

И больше ни слова.

С тяжелым сердцем папа принял новые обязанности. Его адъютант Александр Иванович Мишин говорил мне, что вскоре после назначения, завершая партийную конференцию, на которой, как водится, прежние холуи не преминули вылить на Жукова ушат грязи, отец ясно сказал, что смещение — не эквивалент гражданской казни и не повод к улюлюканью: “Сделанного Жуковым у него никто не отнимет”. Кстати, весь аппарат Жукова — секретариат, отдел писем, машинистки — остался и работал при папе. Случай, как мне объяснили, уникальный — обычно всех меняют на своих, как и было, к примеру, сделано после папы».

Андрей Глебович Бакланов, дипломат и историк, сын генерал-полковника Глеба Владимировича Бакланова, которому довелось служить с Малиновским, так характеризует реакцию армии на назначение Родиона Яковлевича министром:

«На замену Г.К. Жукову был назначен маршал Родион Яковлевич Малиновский… В армии и в народе его любили и уважали как одного из командующих фронтом в годы Великой Отечественной войны. Однако, прямо скажем, Малиновского считали не более чем “одним из плеяды маршалов Победы”. Поэтому не возлагали особых надежд на улучшение ситуации в армии с его приходом в качестве руководителя Министерства обороны. Но все предположения оказались неточными или даже неправильными. Министром обороны Р.Я. Малиновский оказался поистине замечательным. Полагаю, что лучшего министра в период после 1917 года у нас не было и его заслуги в этом качестве до сегодняшнего дня не оценены должным образом. Именно в период, когда Родион Яковлевич возглавлял Министерство обороны, были решены беспрецедентные задачи — завершено ракетно-ядерное перевооружение армии, достигнут исторический паритет сил с США.

В манере руководства Малиновского не было никакого самолюбования, он вел себя с должной солидностью, достойно, но скромно, без каких-либо элементов барства. Характерная деталь — отдыхал министр обороны, как правило, в санаториях и домах отдыха вместе со своими подчиненными, хотя получить при желании отдельную дачу для него было, конечно, несложно. Хорошо помню, как мои родители и чета Малиновских отдыхали в санатории “Архангельское”. Министр занимал примерно такой же номер люкс, как и другие старшие военачальники».

Малиновский разительно отличался от Жукова в стиле руководства и в отношении к подчиненным. В то же время он действительно во многом реформировал вооруженные силы.

Если при его послевоенных предшественниках, Булганине, Василевском и Жукове, Советская армия все еще оставалась армией Второй мировой войны, пусть и получившей в свое распоряжение более мощные средства борьбы, вроде ракет, реактивных истребителей и ядерных бомб, то при Малиновском армия стала на самом деле современной, новой не только по вооружению, но и по тактике и стратегии. Упор был сделан на ракетно-ядерные вооружения, а во флоте — на атомные подводные лодки. Новый министр обороны приоритетное значение также придавал развитию радиолокации и, что было новым для советских вооруженных сил, развитию систем управления и снабжения. При этом, стоит заметить, никакого специального образования Родион Яковлевич не имел. Его технические познания ограничивались тем, что он усвоил в академии еще в конце 20-х годов. Однако Малиновский оказался готов вполне правильно оценить перспективы использования новых систем вооружения и связи и дал зеленый свет их внедрению в войска. Много внимания новый министр уделял системам управления войсками. В высшем звене он внедрил автоматизированные системы управления, использовал также новые средства связи в тактическом звене.