23 мая 1888 года анонимка была отослана из МВД Одесскому градоначальнику. Одесское начальство взяло Бунина под защиту. 3 августа 1888 года градоначальник контр-адмирал Павел Алексеевич Зеленой сообщил в Департамент полиции о проведенном расследовании:

«Вследствие отношения от 23 мая сего года за № 3323 имею честь уведомить, что Одесский полицеймейстер Бунин безукоризненным и строгим исполнением обязанностей как в настоящей должности, занимаемой им в течение почти 7 лет, так и в предшествующей служебной деятельности он заявил себя с самой лучшей стороны. Бунин поставлен в необходимость при таком отношении к делу увольнять часто служащих под его начальством, и равно отказывать в приеме многим лицам, желающим поступить на службу, г. Бунин вызывает этим против себя раздражение и, как его последствие, доносы, практикующиеся вообще в Одессе в самых широких размерах. Несмотря на то, что безыменные доносы на основании существующих законов оставляются без всяких последствий, по подобным же доносам, как и настоящий, вследствие распоряжения г. Одесского генерал-губернатора и желания самого г. Бунина проводилось неоднократно тщательно расследование, которое удостоверяло полную законность всех действий г. Бунина. И настоящий донос является, по всей вероятности, средством личной мести какого- нибудь уволенного полицейского чиновника, содержит самые неосновательные обвинения. Всем суммам, находящимся в распоряжении Одесского полицеймейстера, ведется строгая отчетность при моем контроле. Определение и увольнение всех должностных лиц производится также с моего ведома и разрешения.

Что касается до секретаря полиции Сорочана, определенного на службу моим предшественником (Иван Иванович Сорочан был ветераном одесских правоохранительных органов. Уже в 1866 году в «Адрес- календаре Херсонской губернии» он числился как Столоначальник судебного стола Одесского градоначальства в чине губернского секретаря — XII класс), то полицеймейстер Бунин высказывал часто недоверие к его нравственным качествам, но принимая во внимание его служебную опытность, приобретенную им в должности судебного следователя по старым учреждениям и участкового пристава, которые он занимал прежде в г. Одессе и, не имея никаких фактических оснований к обвинению его в злоупотреблениях по службе, не ходатайствовал об его увольнении. Прилагаемый донос при сем возвращается обратно».

Тут надо сказать, что Зеленой, вероятно, был прав в том, что Бунин нисколько не был причастен к казнокрадству, равно как и в том, что автор анонимки был отнюдь не графом, а уволенным мелким полицейским чиновником. Граф явно не стал бы писать анонимку с таким количеством орфографических ошибок. Полицеймейстеру же вполне хватало средств, получаемых с бизнеса. Если верить анонимному доносчику, то к концу жизни Бунин должен был стать миллионером. Судя по всему, так оно и было, раз, как мы увидим далее, его старшая дочь имела перед 1917 годом весьма значительное состояние. Если верить тому же доносчику, должность околоточного надзирателя (по нынешней терминологии — участкового) стоила от 200 до 700 рублей, вероятно, в зависимости от района города и личности рекомендателя. Третий по численности населения город Российской империи (без учета царства Польского), крупнейший порт и торговый центр открывал богатые кормления для полицейских чинов и градоначальников. Замечу, что при Бунине сменились три градоначальника (Павел Косаговский, Павел Зеленой и граф Павел Шувалов). Что же касается борьбы с еврейским засилием в одесской полиции, то Яков Иванович уже через неделю после вступления в должность издал приказ об увольнении из нее всех евреев. Но, очевидно, ничто не препятствовало нанимать их письмоводителями. Несомненно, как мы увидим далее, высоким покровителем полицеймейстера был всесильный обер-прокурор Священного синода Константин Победоносцев. Встречается утверждение, будто «Яков Бунин за задержание турецкого преступника был награжден турецким орденом, а его родным дядей был сам обер-прокурор Синода Константин Победоносцев». Орден Яков Иванович, скорее всего, получил не за задержание турецкого преступника, а за теплый прием, оказанный какому-нибудь турецкому вельможе. Степень же родства Бунина с Победоносцевым пока что установить не представляется возможным. Во всяком случае, подобное покровительство многое объясняет в карьерном взлете Бунина в начале 80-х годов, когда Победоносцев был самым влиятельным человеком в империи и производил в чины вне правил.

Интересно, что Бунин не испытывал никакого почтения к армейским генералам, хотя оставался в скромном звании армейского подполковника. Об этом свидетельствует письмо начальника Главного штаба генерала от инфантерии Николая Николаевича Обручева от имени военного министра министру внутренних дел действительному тайному советнику Ивану Николаевичу Дурново от 19 июня 1890 года:

«Милостивый Государь Иван Николаевич!

Командующий войсками Одесского военного округа вошел с ходатайством о переименовании Полицеймейстера г. Одессы подполковника Бунина в соответствующий гражданский чин, в том внимании, что названный Штаб-Офицер резко проявляет совершенное непонимание отношений, долженствующих быть между ним и старшими в армии чинами, и в отстранение его вредного влияния на молодых офицеров.

Генерал от инфантерии Рооп (командующий Одесским военным округом и одесский генерал-губернатор Христофор Христофорович Рооп) из ряда случаев, установивших в нем такое убеждение, приводит следующее:

1) Греческая королева, приехав в Одессу, изменила свой маршрут и вместо выезда из Одессы в 8 часов утра отложила его до 8 часов вечера. Об этом подполковник Бунин не уведомил военное начальство и тем лишил его возможности представиться Ее Величеству. На основании 9-й статьи “Правил о взаимных отношениях гражданских и военных властей”, полицеймейстеры городов, где пребывает командующий войсками, обязаны представлять сведения о прибывающих лицах, и следовательно тем паче о царственных особах.

2) В январе месяце для присутствования от лица Государя Императора на похоронах генерал-адъютанта Радецкого (генерал от инфантерии Федор Федорович Радецкий был членом Государственного совета) был командирован Адъютант Его Величества князь Шаховской. По экстренной надобности, касавшейся похорон, князь потребовал к себе полицеймейстера и последний позволил себе явиться лишь спустя значительное время, приводя самые недостаточные оправдания.

3) Подполковник Бунин позволяет себе в обращении к старшим лицам и генералам, с которыми у него нет даже сколько-нибудь близкого знакомства, придавать разговору фамильярный тон, что разумеется вызывает неудовольствие в этих лицах. Независимо сего, он даже не всегда отдает установленную наружную честь старшим лицам в армии.

Имею честь сообщить об изложенном на усмотрение Вашего Высокопревосходительства.

Прошу принять уверение в истинном почтении и совершенном уважении».

Но градоначальник Зеленой решительно встал на защиту полицеймейстера. 21 июля 1890 года он писал директору Департамента полиции П.Н. Дурново:

«Милостивый государь Петр Николаевич!

По поводу сообщенных в письме от 26 минувшего июня за № 4241 случаев, указанных генералом от инфантерии Роопом в доказательство будто бы совершенного непонимания Одесским полицеймейстером подполковником Буниным отношений, долженствующих быть между ним и старшими в армии офицерами, имею честь доставить Вашему Превосходительству нижеследующие находящиеся в моем распоряжении сведения:

1) Относительно приезда в Одессу Ее Королевского Величества Греческой Королевы. Получив 14 марта сего года от Агента Министерства иностранных дел в Одессе донесение о том, что королева прибудет в Одессу на пароходе “Сфактория” в Воскресенье 18 марта, я в тот же день за № 2902 довел об этом до сведения г. Командующего Одесским военным округом. Независимо этого, согласно телеграмме нашего посланника в Афинах я 15-го числа марта, за № 2989 уведомил генерала Роопа, что королева просит предупредить одесские власти не делать официальной встречи* Накануне приезда королевы меня посетил прибывший из Петербурга для встречи и сопровождения Ее Королевского Величества церемониймейстер граф Гендриков, который между прочим передал мне, что о времени приезда и отъезда королевы из Одессы он говорил генералу Роопу, который однако же не намерен был встречать королеву ввиду заявленного ею нежелания официальной встречи. За сим в 7 час. 50 мин. утра 18-го марта, яхта “Сфактория” вошла в Карантинный порт, а в 10 часов Ее Величество соизволила принять меня и мою жену, поднесшую при этом букет цветов, И.Д. Городского головы, его Товарища, явившегося с хлебом-солью, жандармского генерала Цугаловского, капитана над портом, греческого консула с женою, графа Гендрикова, полицеймейстера, членов Совета Греческого благотворительного общества и других лиц. Ни командующий войсками, ни корпусной командир при встрече не присутствовали.