Особо Федор Кузьмич отмечал день памяти князя Александра Невского, небесного покровителя императора Александра I. В этот день он посещал своих знакомых Анну и Марфу, готовивших праздничный обед, после которого старец рассказывал: «Какие торжества были в этот день в Петербурге — стреляли из пушек, развешивали ковры, вечером по всему городу было освещение, и общая радость наполняла любовью сердца…» Известны также рассказы старца о событиях Отечественной войны 1812 года, о жизни Петербурга, воспоминания об Аракчееве, Суворове, Кутузове.

Федор Кузьмич отличался простотой в обращении и одежде: летом носил белую рубашку из деревенского холста и шаровары, зимой надевал длинный темно-синий халат и сибирскую доху, обувался в кожаные туфли. Спал на доске, обтянутой холстом. Имел репутацию постника, не любил жирной пищи, питался в основном сухарями, вымоченными в воде, но не отказывался и от мяса. Старец много времени проводил в молитвах, вследствие чего его колени были покрыты мозолями от длительного стояния на них.

Незадолго до смерти Федор Кузьмич побывал у старого знакомого казака Семена Сидорова, а затем вернулся в Томск, где прожил некоторое время, страдая от застарелой болезни. Перед смертью его исповедовал отец Рафаил из Алексеевского монастыря. На исповеди старец отказался назвать имя своего небесного покровителя («Это Бог знает»), а также имена своих родителей («Святая Церковь за них молится»). Сохранился известный со слов купца Хромова его разговор с Федором Кузьмичом накануне смерти старца:

— Благослови, батюшка, спросить тебя об одном важном деле, — обратился к нему Семен Хромов.

— Говори. Бог тебя благословит, — ответил старец.

— Есть молва, — продолжал Семен Феофанович, — что ты, батюшка, не кто иной, как Александр Благословенный… Правда ли это?..

Старец, услыша эти слова, стал креститься и проговорил:

— Чудны дела Твои, Господи… Нет тайны, которая бы не открылась.

Скончался Федор Кузьмич 20 января 1864 года, согласно метрической записи восьмидесяти лет от роду. В 1866 году по инициативе купца Хромова был написан карандашный портрет старца, имевшего схожие черты лица с императором Александром I. С него томский фотограф Ефимов сделал фотоснимки, которые пользовались популярностью среди горожан. Позднее Хромов заказал у неизвестного томского художника два портрета: императора Александра I (копия с известного портрета работы Д. Доу) и Федора Кузьмича, которые повесил в келии старца. Позднее портреты были помещены в часовню, построенную над его могилой.

После смерти Федора Кузьмича купец Хромов разобрал его личные вещи. Среди них им были обнаружены: документ о бракосочетании императора Александра I: «толстый лист синеватого цвета, где часть слов была отпечатана типографским способом, а часть написана от руки. Внизу листа находилась белая печать с изображением церкви»; небольшое резное распятие из слоновой кости; цепь ордена Андрея Первозванного; нарисованный вензель в виде буквы «А». Также были найдены короткие шифрованные записки, получившие название «тайна Федора Кузьмича».

Незадолго до своей смерти Федор Кузьмич указал Хромову на мешочек, висевший над его кроватью, и сказал: «В нем моя тайна». После кончины старца мешочек был вскрыт; в нем обнаружились две записки — узкие бумажные ленты, исписанные с обеих сторон. Кроме этих записок сохранились написанная Федором Кузьмичем выдержка из Священного Писания, датированная 2 июня 1849 года, и конверт с надписью «Милостивому государю Семиону Феофановичу Хромову».

Содержание записок было довольно туманным и при желании позволяло интерпретировать их как в качестве подтверждения легенды об императорском происхождении старца.

Попытки расшифровать данные записки предпринимались неоднократно.

Подлинные записки считаются исчезнувшими при неизвестных обстоятельствах в 1909 году. В настоящее время сохранились лишь их фотокопии, причем не очень хорошего качества, что значительно затрудняет возможность дальнейшей их идентификации и дешифровки.

Исследователь легенды о старце В. В. Барятинский предлагал в конце XIX века следующий вариант расшифровки текстов записок.

На лицевой стороне первой записки можно прочесть следующую фразу: «Видишь ли, на какое молчание вас обрекло ваше счастье и ваше слово».

Оборотная сторона первой записки гласит: «Но когда Александры молчат, Павлы не возвещают» (в значении — когда Александр хранит молчание, то его не терзают угрызения совести относительно Павла).

Текст на лицевой стороне второй записки: «Я скрываю тебя, Александр, как страус, прячущий свою голову под крыло».

Иван Петров, преподаватель Санкт-Петербургского театрального училища, заинтересовавшись записками, путем перестановки букв подобрал ключ для прочтения «тайны» старца. Данной расшифровкой заинтересовался великий князь Николай Михайлович и привел ее в своей работе про Федора Кузьмича.

Николай Михайлович пишет, что это — первая удачная попытка расшифровки записки.

Одна из легенд дома Романовых гласит, что Федор Кузьмич — это император Александр I, скоропостижная смерть которого в Таганроге породила в народе массу слухов (Н. К. Шильдер в составленной им биографии императора приводит мнения, возникшие в течение нескольких недель после смерти Александра). Вот, например, один из слухов: «государь бежал под скрытием в Киев и там будет жить о Христе с душею и станет давать советы, нужные теперешнему государю Николаю Павловичу для лучшего управления государством». Позднее, в 30—40-х годах XIX века, появилась легенда о том, что Александр, измученный угрызениями совести (как соучастник убийства своего отца, императора Павла), инсценировал свою смерть и начал скитальческую, отшельническую жизнь под именем Федора Кузьмича. Сторонники этой версии утверждали, что вместо императора в Петропавловском соборе был погребен другой человек (часто называется фельдъегерь Масков, в семье которого долго сохранялось предание, что их предок похоронен в императорской усыпальнице). Одним из первых, кто описал легенду о сибирском отшельнике, был князь Н. С. Голицын, который опубликовал ее в журнале «Русская старина» за ноябрь 1880 года.

Вера в эту легенду сохраняется и поныне. Склонны ее поддерживать и некоторые историки. Так, например, директор Института российской истории РАН А. Н. Сахаров в своей книге «Александр I» приводит следующие аргументы по поводу версии о «перевоплощении» императора.

Дневниковые записи особо приближенных к Александру лиц — императрицы Елизаветы Алексеевны, генерал-адъютанта П. М. Волконского и лейб-медика Я. В. Виллие — о пребывании императора в Таганроге начинаются в один и тот же день, 5 ноября 1825 года, и заканчиваются практически одновременно: 11 ноября (у Волконского и Виллие) и 19 ноября (у Елизаветы Алексеевны). Поскольку 5 ноября никакая опасность здоровью императора еще не угрожала, то, по мнению А. Н. Сахарова, «…приходится считать такое единодушие необъяснимым, либо объяснить его лишь желанием создать единую версию течения болезни, нужную как Александру, так и этим трем его близким людям».

Противоречия в протоколе вскрытия тела императора не позволяют однозначно идентифицировать тело Александра I с телом человека, которое стало объектом этого протокола.