Киликийская Армения, или Малая Армения, была основана в конце XI века беженцами из собственно Армении, которые покинули свою страну перед продвижением турок. Среди прочих знатных фамилий фамилия Рупенов (Рубенов) начинает играть главную роль в управлении новой страной. Малая Армения, расширившая свои пределы между прочим за счет Византии, вступила в союзные отношения с латинскими князьями на Востоке, выказав этим свое враждебное отношение к империи. Иоанн Комнин тогда выступил в поход, желая наказать восставшую Малую Армению и вместе с тем решить вопрос об Антиохийском княжестве, которое, как известно, еще в эпоху первого похода не принесло императору вассальной присяги и позднее не подчинилось ему, вопреки договору Алексея Комнина с Боемундом.

Поход Иоанна увенчался полным успехом. Киликия была покорена, и армянский князь со своими сыновьями отправлен в Константинополь. Увеличенная присоединением Малой Армении византийская территория достигла границ Антиохийского княжества. В борьбе с последним Иоанн также достиг полного успеха. Осажденная Антиохия должна была просить у него мира, который и был дарован Иоанном на условии признания антиохийским князем сюзеренитета империи. Князь получил из рук императора инвеституру на уступаемые земли, а в знак взятия Антиохии Иоанном на антиохийской цитадели был поднят императорский штандарт. Через год император, вернувшись в Антиохию, совершил в качестве сюзерена торжественный въезд в город, окруженный сыновьями, придворными и многочисленными воинами. Триумфальное шествие двигалось по разукрашенным улицам. Рядом с императором, в качестве как бы его оруженосца, ехал антиохийский князь. Встреченный у городских ворот патриархом во главе с его клиром, Иоанн, среди громадной толпы, при пении гимнов и псалмов, при звуках музыки, проехал сначала в собор, а затем во дворец.

Панегирист пишет: «[Антиохия], принимает тебя как человека, любящего Христа, как борца [за дело] Господа, как страстного борца с варварами, как того, кто несет меч Элии. Она вытирает твой пот и нежно обнимает. Все множество жителей города вышло на улицы, все возрасты и оба пола представлены в твоей блистательной процессии. Тебе предоставлен большой триумф… Смешиваются крики и на многих языках: здесь итальянцы, здесь ассирийцы. Здесь полководцы, здесь офицеры и среди них ты блестишь как самая яркая звезда».

Планы императора шли дальше. Судя по некоторым указаниям источников, он мечтал о восстановлении византийского владычества в долине Евфрата и, кажется, хотел вмешаться в дела Иерусалимского королевства; может быть, в представлении Иоанна подобное вмешательство основывалось на возможности признания иерусалимским королем императорского сюзеренитета, как это было в Антиохии. Об этих планах панегирист пишет: «Мужайтесь! О вы, что любите Христа, и вы, паломники и странники на земле благодаря Христу» (ср.: к Евр. 11:13). «Не бойтесь более убийственных рук. Император, который любит Христа, надел на них цепи и в крошки разбил их неправедный меч. Ты им показал дорогу к земному и видимому Иерусалиму и ты открыл для себя другую дорогу, более божественную и широкую, дорогу к небесному и святому Иерусалиму».

Однако, этим планам не суждено было сбыться. Во время похода против турок, на охоте в горах Киликии, Иоанн ранил себя в руку отравленной стрелой, вследствие чего и умер в 1143 году вдали от столицы, успев перед смертью назначить наследником своего младшего сына Мануила. С его смертью латинские владетели на Востоке избавились от грозившей им опасности. Посвятив все свое царствование войне против врагов империи, Иоанн передал в руки наследника государство еще более сильным и обширным, чем то, которое он сам получил от своего энергичного и талантливого отца. Панегирист Иоанна, считая его выше Александра Македонского и Ганнибала, восклицает: «Крепок был кельтский дуб, но ты вырвал его с корнями. Киликийский кедр поднялся, а ты, перед нами, его поднял и обратил в пыль».

Если Иоанн обращал во внешней политике главное внимание на Восток, то преемник его Мануил, особенно благодаря нормандским отношениям и своим личным симпатиям к Западу, был вовлечен главным образом в западную политику, что для империи имело печальные последствия. Сельджукская опасность, не находившая в лице Мануила надлежащего отпора, снова стала грозою на восточной границе.

Византийская граница в Малой Азии подвергалась обычным опустошительным набегам мусульман, разорявшим, истреблявшим и изгонявшим христианское население. Мануилу нужно было обеспечить спокойствие в пограничных областях, для чего он построил или восстановил целый ряд укрепленных центров, преимущественно на тех путях, по которым неприятель большей частью производил свои нападения. Нельзя сказать, однако, чтобы военные действия Мануила против турок были удачны. Вступив в первые годы своего правления в союз с мусульманскими эмирами Каппадокии, уже упомянутыми выше Данишмендами, Мануил имел своим врагом в Малой Азии одного иконийского, или румского, султана, с которым и начал войну. Императорские войска успешно дошли до главного города султаната, Икония (Конии); но, узнав, вероятно, о полученных султаном подкреплениях, они только разграбили городские предместья и отступили, причем на обратном пути потерпели сильное поражение от сельджуков, чуть не повлекшее за собой настоящей катастрофы для отступавшего войска. Однако, известие о Крестовом походе, который являлся угрозой как для императора, так и для султана, заставил обоих врагов искать мира, который и был заключен.

Западная политика Мануила в первые годы правления была основана, как и при его предшественнике на идее союза с Германией, вызванного сознанием общей опасности перед усилением итальянских норманнов. Прервавшиеся за смертью императора Иоанна переговоры с германским государем Конрадом III были возобновлены. Снова поднялся вопрос, начатый еще при Иоанне, о бракосочетании Мануила с родной сестрой жены германского государя, Бертой Зульцбахской. В своем письме к Мануилу Конрад писал, что этот брак должен быть залогом «вечного союза постоянной дружбы», что германский государь обещает быть «другом друзей императора и врагом его врагов» и в случае опасности для империи явиться к ней на помощь не только в виде вспомогательных отрядов, но, если нужно, прийти лично со всеми силами германского государства. Брачный союз Мануила с невесткой Конрада, Бертой Зульцбахской, переименованной в Византии в Ирину, скрепил союз двух империй. Последний давал надежду Мануилу освободиться от опасности, грозившей его государству от Рожера II, который, имея перед собой таких двух противников, как византийский и германский государи, не мог уже с прежними надеждами на успех начать борьбу с Византией.

Но неожиданное событие быстро разрушило мечты Мануила. Второй Крестовый поход совершенно, по крайней мере на время, изменил положение вещей: он, как мы увидим ниже, лишил Византию германской поддержки и подверг ее двойной опасности: со стороны крестоносцев и норманнов.

После первого Крестового похода христианские государи на Востоке, т.е. император византийский и латинские правители Антиохии, Эдессы и Триполи, отчасти и король иерусалимский, вместо того, чтобы общими силами стараться сломить силу мусульман, занялись распрями между собой, смотря с недоверием на политическое усиление своего соседа. Особенно гибельны были для общего дела враждебные отношения Византии к Антиохии и Эдессе. Подобные обстоятельства дали возможность ослабленным и отодвинутым крестоносцами первого похода мусульманам оправиться и снова угрожать христианским владениям со стороны Месопотамии.