В то время как западные источники, почти все без исключения, ограничиваются лишь простым упоминанием о взятии Константинополя Михаилом и об изгнании франков, греческие источники высказывают по этому поводу великую радость. Георгий Акрополит, например, писал: «Весь ромейский народ находился по причине случившегося тогда в великом удовольствии, веселии и несказанной радости. Не было никого, кто бы не веселился и не радовался». Однако была слышна нота неудовольствия в словах высокого должностного лица при Михаиле Палеологе, преподавателя, комментатора Гомера и юриста, Сенахерима, который, после взятия греками Константинополя, воскликнул: «Что я слышу! И это было оставлено для наших дней! Что мы сделали для того, чтобы жить и видеть подобные катастрофы? Никто не может рассчитывать ни на что хорошее, ибо ромеи снова в городе!»

При подведении итогов хотелось бы отметить, что большинство исследователей смотрит с осуждением на поведение латинян во время их господства в Константинополе. Если взять во внимание взятие столицы крестоносцами, «рассеяние» ее многочисленных сокровищ по Европе и угнетение Греческой православной церкви, отрицательное отношение к современным событиям греческих источников и большинства новейших исследователей вполне понятно. Недавно, однако же, был поднят голос во извинение и частичное оправдание латинян. Американский профессор Е. X. Свифт исследовал отношение латинян по отношению к знаменитому и единственному в своем роде зданию: «Большой Церкви» — Святой Софии.

В 1907 г. E. M. Антониадис, греческий автор детальной монографии о Св. Софии, писал: «Пятьдесят семь лет латинского господства составляют самый худший и опасный период в истории церкви, которая была спасена только взятием греками Константинополя в 1261 г». Профессор Свифт усомнился в этом утверждении. Он полагал, что на основании исторических источников, также как и на базе археологических данных, которые можно наблюдать в здании таким, каким оно есть сейчас, можно прийти скорее к противоположному выводу. Землетрясения, происходившие до 1204 года, сделали архитектурную конструкцию здания шаткой и небезопасной. Ввиду того, что они нашли храм в опасно ослабленном виде, они предприняли адекватные меры для обеспечения стабилизации и сохранения их новоприобретенного собора, особенно путем сооружения контрфорсов. Следовательно, заключает Свифт, «латиняне не были столь черны, как их обычно изображают, однако скорее… стали спасителями одного из величайших памятников греческого архитектурного гения». Уточнение Свифта является важным дополнением к истории здания и весьма вероятно, что крестоносцы сознательно способствовали сохранению уникального памятника. Однако точно установлен и тот факт, что они безжалостно ограбили внутреннее убранство Св. Софии.

Завоевание Константинополя в 1204 году совершилось, как известно, против воли папы Иннокентия III. Однако, после основания Латинской империи папа прекрасно понял, что создавшееся положение вещей, как бы оно в первый момент и ни было неприятно папскому достоинству, тем не менее открывало широкие горизонты для дальнейшего усиления католичества и папства. Главная церковная задача эпохи заключалась в установлении взаимоотношений между восточной и западной церквами ввиду происшедших политических перемен на христианском Востоке. В основанных на территории Византийской империи латинских владениях должно было вместе с крестоносцами водвориться католичество. Первой задачей папы было организовать католическую церковь в завоеванных латинянами областях, выяснить ее отношение к светской власти и к туземному греческому населению, как светскому, так и духовному. Второй задачей было для папства подчинить Риму в церковном отношении те греческие области, которые остались после 1204 года независимыми и во главе которых стояла Никейская империя. Одним словом, вопрос об унии с греками стоял в центре всех церковных отношений XIII века.

В первое время существования Латинской империи положение папы было очень затруднительным. По договору, заключенному крестоносцами с Венецией, предусматривалось, что в случае избрания императора из франков, латинский патриарх должен быть избран из венецианского духовенства. Интересы Римской курии в договоре были оставлены в стороне, так как в нем не было сказано ни слова ни об участии папы в избрании патриарха, ни о каких-либо доходах, долженствующих идти в казну курии.

В послании первого латинского императора Балдуина к папе говорилось о «чудесном успехе» крестоносцев, о падении Константинополя, о беззаконии греков, «которые в самом Господе вызывали тошноту», о надежде в будущем совершить крестовый поход в Святую Землю и т.д. и ничего не говорилось об избрании патриарха. Когда же новый клир Св. Софии, состоявший из венецианцев, избрал в патриархи венецианца Фому Морозини, то папа, хотя и объявивший его избрание неканоническим, тем не менее вынужден был уступить и «по собственной инициативе» посвятил Фому в патриархи.

Интересен также вопрос от отношении к греческому духовенству, оставшемуся в пределах латинского государства. Известно, что много епископов и большинство низшего духовенства не покинули своих мест. В данном случае папство придерживалось примирительной политики, разрешая назначать епископов из греков в епархии с исключительно греческим населением и предоставляя льготы относительно сохранения греческого обряда при совершении таинств. Но вместе с тем папские легаты появлялись на Балканском полуострове и в Малой Азии, пытаясь склонить представителей греческого духовенства к унии.

В 1204 году папский легат предпринял первую попытку добиться согласия от греческого духовенства на признание папы главой их церкви. Переговоры проходили в Св. Софии в Константинополе, но успеха не имели. Весьма важную роль в переговорах этого времени играл Николай Месарит, впоследствии епископ Эфесский, личность и деятельность которого впервые по-настоящему оценены А. Гейзенбергом. В 1205—1206 гг. переговоры продолжились. Николай из Отранто, аббат южно-итальянского города Касоле, принимал участие в переговорах как переводчик; придерживаясь православных взглядов, он признавал, подобно всему клиру Южной Италии, примат папы и был сторонником унии. Николай из Отранто, который оставил немало поэм и прозаических сочинений, большинство из которых не опубликовано, заслуживает, как справедливо заметил А. Гейзенберг, специальной монографии. Позиция греческого клира стала более сложной, когда в 1206 году патриарх Константинопольский Иоанн Каматир умер в Болгарии, убежав туда от крестоносцев. С разрешения императора Генриха, греческий клир Латинской империи обратился к Иннокентию III за позволением избрать нового патриарха. Генрих позволил избрать патриарха при том условии, что тот признает главенство папы. Греки, однако, не хотели ни подчинения Святому Престолу, ни примирения с ним. Поэтому-то ни к чему не привел диспут, имевший место в том же 1206 году, когда во главе латинян стоял латинский патриарх Фома Морозини, а греков возглавлял Николай Месарит. Греки Латинской империи стали поворачиваться к Феодору Ласкарю. В 1208 году новый православный патриарх, Михаил Автореан, был избран в Никее. Он короновал Феодора Ласкаря императором Никеи. Это был великий момент не только для Никеи, но также и для греков Латинской империи.

Переговоры 1214 года, проходившие в Константинополе и Малой Азии при участии кардинала Пелагия, его представителей и Николая Месарита, прервались без какого-либо результата. Николай Месарит, в это время митрополит в Эфесе с титулом экзарха всей Азии, был глубоко разочарован высокомерным приемом со стороны Пелагия в Константинополе. В смысле влияния на латинское духовенство Востока Иннокентий III к концу своего понтификата одержал блестящую победу: Латеранский собор 1215 года, признаваемый западной церковью Вселенским собором, признал папу главой всех восточных латинских патриархов, то есть Константинопольского, Иерусалимского, Антиохийского, которые с этих пор находились в полном подчинении Святому Престолу.