Католическая церковь, однако, до сих пор признает всю важность решений Флорентийского собора, и еще в XIX веке папа Лев XIII в своей энциклике (окружном послании) о соединении церквей призывал православных возвратиться именно к решению этого собора.

Последний византийский государь Константин XI, подобно своему брату Иоанну VIII, видел спасение гибнущего государства в унии.

Некоторые ученые утверждают, что в 1450 году в храме Св. Софии будто бы был созван собор с многочисленными представителями православного духовенства. В присутствии приехавших в Константинополь патриархов — Антиохийского, Александрийского и Иерусалимского — собор этот, осудив унию и ее сторонников, восстановил православие. Издавший впервые отрывки деяний этого собора еще в XVII веке известный ученый Лев Алляций признал их подложными. С этого времени мнения ученых разделились. Одни, следуя примеру Алляция, признавали деяния собора подложными и самый собор не существовавшим. Другие, особенно греческие богословы и ученые, для которых подобный собор имел громадное значение, стояли за подлинность напечатанных деяний и считали созыв Софийского собора историческим фактом. Вопрос этот в последнее время решался скорее в пользу признания деяний Софийского собора подложными и отрицания самого факта созыва такого торжественного собрания, хотя и теперь еще раздаются голоса против подобного взгляда. Во всяком случае, мы не имеем достаточных оснований утверждать, что при Константине XI имел место открытый, утвержденный собором разрыв с унией. Наоборот, видя приближение смертельной опасности для города, Константин снова обратился за помощью к Западу. Однако вместо желаемой помощи в Константинополь прибыл бывший московский митрополит и участник Флорентийского собора, сделавшийся кардиналом Исидор. В декабре 1452 г., то есть за пять месяцев до падения города, он устроил в Св. Софии торжественное провозглашение унии и отслужил униатскую обедню с поминовением папы. Это вызвало сильнейшее возбуждение среди городского населения.

После падения Константинополя, под турецким владычеством, религия и религиозные учреждения греков сохранились. Несмотря на отдельные акты насилия турецкого правительства и мусульманского населения против представителей Греческой церкви и православного населения, надо признать, что при Мехмеде II и его ближайших преемниках дарованные христианам религиозные права соблюдались довольно строго. Личности патриарха, епископов и священников признавались неприкосновенными. Все духовные лица считались свободными от подати, в то время как весь греческий народ был обязан платить ежегодную подать (харадж). Половина столичных церквей должна была быть обращена в мечети, а другая — остаться в пользовании христиан. Церковные каноны сохраняли свою силу во всех делах по внутреннему церковному управлению, которое, будучи осуществляемо патриархом и епископами, пользовалось самостоятельностью. При патриархе существовал Священный Синод; патриарх и Синод вели дела церковного управления. Все религиозные действия могли отправляться свободно. Во всех городах и деревнях разрешалось торжественное празднование Пасхи и т.д. Эта религиозная терпимость сохранялась в Турецкой империи до наших дней, хотя с течением времени случаи нарушения религиозных прав христиан со стороны турок участились, и положение христианского населения временами было очень тяжелым.

Первый Константинопольский патриарх при новом владычестве был избран духовенством вскоре после взятия города и затем признан султаном. Выбор пал на образованного полемиста и разностороннего писателя Геннадия (в миру Георгия) Схолария. Он сопровождал Иоанна VIII на собор в Феррару и Флоренцию. Тогда он был сторонником унии, ко времени же своего патриаршества он превратился в ее противника и ревностного защитника православия. С его избранием греко-римская уния полностью прекратила свое существование.

Вопрос о внутреннем состоянии империи при Палеологах в смысле ее общего управления, финансового и социально-экономического положения принадлежит к числу наименее разработанных и наиболее трудных и сложных вопросов византийской истории. Изданный обширный материал с данной стороны еще недостаточно обследован, использован и оценен. Много драгоценного материала, особенно в виде хрисовулов, монастырских и частных актов, хранится еще среди рукописных сокровищ различных библиотек Востока и Запада. Одно из самых важных мест занимают рукописи афонских монастырей, в изучении которых немалую роль сыграли русские ученые.

В XVIII веке русский путешественник В. Г. Барский посещал афонские монастыри дважды (в 1725—1726 и в 1744 гг.) Он был современным ученым, который познакомился с богатствами исторических архивов Афона. Составленное им детальное описание увиденных документов пролило яркий свет на эти ценные источники. В XIX веке русские ученые епископ Порфирий Успенский, П. Севастьянов, Т. Флоринский и В. Регель ревностно работали в монастырях Св. Горы и опубликовали большое количество весьма важных документов, касающихся внутреннего положения империи. Особенно важны акты, изданные в приложениях к ряду томов «Византийского временника». Эти публикации содержат обильное количество еще мало использованного материала для более углубленного проникновения в условия внутренней жизни позднейшей Византии. В самом конце XIX века греческий ученый С. Ламброс опубликовал каталог греческих рукописей Афона. Однако, вследствие обстоятельств, превосходящих возможности С. Ламброса, он не смог включить в свой каталог описание двух самых важных коллекций рукописей, находящихся в монастырях Лавра и Ватопеди. Каталог греческих рукописей библиотеки монастыря Ватопеди был опубликован в 1924 году. В 1915 году французский исследователь Г. Мийе (Millet) был послан на Афон, где он собрал серию документов из архивов Лавры, которая была, согласно одному хрисовулу, «головой и Акрополем всей монашеской республики».

Во введении к каталогу греческих рукописей монастыря Ватопеди авторы писали: «Святая Гора сохранила и спасла в целости византийскую цивилизацию и духовные силы греческого народа».

Богатый материал по эпохе Палеологов содержится и в других библиотеках. Большое значение имеет собрание документов, опубликованное Миклошичем и Мюллером в Acta et diplomata graeca medii aevi, как и многочисленные издания греческих текстов греческим ученым К. Сафой (С. Sathas). Наконец, недавно опубликованные акты Вазелонского монастыря, расположенного рядом с Трапезундом, дают новый и богатый материал по истории крестьянского и монастырского землевладения не только Трапезундской империи, но и Византии в целом в период с XIII по XV века.

При незначительности территории восстановленной империи Палеологов и при ее постоянном уменьшении, при непрекращающихся угрозах со стороны норманнов, турок, сербов, венецианцев и генуэзцев, империя перешла при Палеологах в разряд второстепенных государств и не могла жить правильной, налаженной внутренней жизнью. Расстройство во всех частях государственного механизма и упадок центральной императорской власти являются отличительной чертой этого периода. Длительные династические усобицы двух Андроников, деда и внука, Иоанна V с Иоанном Кантакузеном, заискиванья, с одной стороны, перед папами в виде заключенных уний, никогда не находивших одобрения народных масс, и связанные с этим порою унизительные путешествия императоров Иоанна V, задержанного на обратном пути в Венеции за долги, Мануила II и Иоанна VIII в Западную Европу; подобные же заискиванья и унижения перед турецкими султанами, то в виде платежа ему дани, то в виде вынужденных пребываний при его дворе и выдачи императорских принцесс замуж за мусульманских правителей, — все это принижало и ослабляло в глазах народа власть византийского басилевса.

Сам Константинополь, перешедший в руки Палеологов после разгрома и ограбления его латинянами, уже не был прежним городом. Об упадке столицы свидетельствуют как греческие источники, так и свидетельства разнообразных иностранных путешественников и паломников, бывавших в Константинополе.