Церковная жизнь Византии во время Комнинов и Ангелов имеет значение главным образом в двух направлениях: во-первых, во внутренних церковных отношениях, проявлявшихся в виде попыток разрешить ряд религиозных вопросов и сомнений, которые волновали византийское общество данного периода и являлись одним из самых жизненных интересов того времени; во-вторых, в отношениях Восточной церкви к Западной, константинопольского патриархата к папству.

В своих отношениях к церкви государи династий Комнинов и Ангелов твердо придерживались столь типичных для Византии цезаре папистских взглядов. Одна редакция «Истории» Никиты Акомината приводит такие слова Исаака Ангела: «На земле нет никакого различия во власти между Богом и императором; царям все позволительно делать и можно нераздельно употреблять Божие со своим, так как они получили царскую власть от Бога и между Богом и ими нет расстояния». Тот же писатель, говоря о церковной деятельности Мануила Комнина, изрекает общее суждение о византийских императорах, которые считают себя «непогрешимыми судьями дел божеских и человеческих». Эту точку зрения императоров поддерживали во второй половине XII века и духовные лица. Известный греческий канонист и комментатор так называемого Псевдо-Фотиева Номоканона (канонического сборника XIV века). Антиохийский патриарх Феодор Вальсамон, живший при последних Комнинах и первом Ангеле, писал: «Императоры и патриархи должны быть уважаемы, как учители (церкви), ради силы святого помазания. Отсюда-то происходит власть правоверных императоров наставлять христианский народ и, подобно священникам, приносить Богу воскурение». В этом их слава, что, подобно солнцу, блеском своего православия они просвещают мир с одного его конца до другого. «Мощь и деятельность императоров касаются тела и души (человека), тогда как мощь и деятельность патриарха касаются только одной души». Тот же автор заявляет: «Император не является субъектом ни законов, ни канонов».

Церковная жизнь при Комнинах и Ангелах открывала императорам возможность широко применять свои цезаре-папистские взгляды: с одной стороны, многочисленные «ереси» и «лжеучения» сильно волновали умы населения империи; с другой стороны, угроза от турок и печенегов и сближение империи с Западом, явившееся результатом крестовых походов, стали грозить самому существованию Византии, как самостоятельного государства, и заставили императоров серьезно обдумать и взвесить вопрос об унии с католической церковью, которая в лице папы могла предотвратить надвигавшуюся с Запада на Восток политическую опасность.

В религиозном отношении первые два Комнина, являясь вообще защитниками восточной православной веры и церкви внутри государства, тем не менее соглашались, под давлением политических причин, на некоторые уступки в пользу католической церкви. Увлеченная деятельностью своего отца, Алексея Комнина, Анна Комнина с несомненным преувеличением в своей «Алексиаде» называет отца «тринадцатым апостолом»; или, если последняя честь должна принадлежать Константину Великому, то Алексея Комнина, по словам той же писательницы, «можно считать равным самодержцу Константину Великому, или же, чтобы избежать возражений, следующим после Константина апостолом и императором». Третий Комнин, Мануил, уже слишком усердно приносил интересы восточной церкви в жертву своей несбыточной западной политике.

Во внутренней церковной жизни империи главное внимание государей было обращено на борьбу с догматическими заблуждениями и еретическими движениями их времени. Одна сторона в церковной жизни смущала императоров: это — чрезмерный рост церковного и монастырского имущества, против чего правительство и принимало время от времени соответствующие меры.

Алексей Комнин для нужд государственной обороны и для вознаграждения лиц, помогших ему овладеть престолом, конфисковал часть монастырских имений и перечеканил в деньги некоторые церковные сосуды. Однако, уступая возникшему вследствие этого недовольству, император возвратил церквам стоимость взятых сосудов и осудил свое поведение специальной новеллой «О неупотреблении священных сосудов на общественные надобности». Но Мануил восстановлением отмененной новеллы 964 года Никифора Фоки еще раз положил предел дальнейшему увеличению церковной и монастырской собственности, хотя рядом последующих новелл и должен был, по возможности, смягчать суровые для духовенства последствия данного распоряжения.

Непорядки и моральный упадок в духовном сословии также тревожили сердце Алексея Комнина, который в одной из своих новелл объявлял, что «христианская вера подвергается опасности, так как церковный чин с каждым днем приходит все в худшее состояние», и намечал целый ряд мер для поднятия нравственного значения духовенства в смысле лучшего устроения жизни последнего на канонических началах, развития его образования, широкого развития пастырской деятельности и т.д. Далеко не всегда, правда, императору удавалось, ввиду общих жизненных условий того времени в стране, проводить свои благие начинания в жизнь.

Выступая иногда против чрезмерного увеличения церковной собственности, Комнины в то же время являлись нередко покровителями и основателями монастырей.

При Алексее Афонская Гора была объявлена императором свободной до скончания века от всяких податей и других притеснений; причем «гражданские чиновники не должны иметь никаких сношений со Св. Горой»; как и прежде, Афон не зависел ни от какого епископа; прот, т.е. председатель совета игуменов афонских монастырей, рукополагался самим императором. Итак, Афон находился в прямой зависимости от самого государя. При Мануиле русские, жившие уже раньше на Афоне и имевшие там небольшой монастырь, получили по постановлению протата (совета игуменов) обитель Пантелеймона, которая пользуется широкой известностью и в наше время.

Тот же император Алексей Комнин помог Христодулу основать на острове Патмосе, где, по преданию, Иоанн Богослов написал Апокалипсис, монастырь во имя этого святого, существующий и поныне. В изданном по этому делу хрисовуле император дарил означенный остров Христодулу в вечную, неотъемлемую собственность, освобождал его от всяких налогов и запрещал доступ на остров всяким государственным чиновникам. Строжайший режим жизни был введен в монастыре. По словам Ф. Шаландона, «остров Патмос сделался маленькою религиозною, почти независимою республикой, где могли жить одни монахи». Атаки сельджуков на острова Архипелага заставили Христодула покинуть Патмос и искать спасения на Эвбее, где Христодул и умер в конце XI века. Реформы Христодула его не пережили, и все его попытки [создать монашескую республику] на острове Патмосе кончились ничем.

Иоанн Комнин построил в Константинополе монастырь Вседержителя (Пантократора) и учредил при нем для бедных мирян в высшей степени благоустроенную больницу на пятьдесят кроватей, внутреннее устройство которой, подробно описанное в опубликованном по этому делу императором уставе (типиконе), являет собой пример «может быть, самого трогательного, что история сохранила насчет гуманитарных понятий в византийском обществе».

Интеллектуальная жизнь времени Комнинов отличалась усиленной деятельностью. Некоторые ученые называют даже эту эпоху временем Эллинского возрождения, подготовленного такими выдающимися людьми империи, как, например, Михаил Пселл. Это умственное оживление выразилось при Комнинах, между прочим, в появлении различных еретических учений и догматических заблуждений, с которыми императоры, как защитники истинной веры, должны были неминуемо вступить в борьбу. Эта черта эпохи Комнинов нашла отражение в так называемом Синодике, т.е. в том перечне еретических имен и противоцерковных учений, который ежегодно читается в восточной церкви в праздник Торжества православия, когда еретики и противоцерковные учения предаются анафеме. Значительное число отреченных имен и учений в Синодике относится именно ко времени Алексея и Мануила Комнинов.