В Малой Азии турки-сельджуки оказались перед серьезной угрозой со стороны монголов, которым удалось сделать султана своим данником. Ситуация была деликатной и сложной, ввиду того, что Феодор — не без сомнений — поддерживал султана в его борьбе против монголов, а султан, «имея душу трусливого оленя», нашел убежище у Феодора. Однако военного конфликта удалось избежать, и к Феодору было послано монгольское посольство. Имевший место прием произошел, скорее всего, в Магнесии и был исключительно блистательным и впечатляющим. Основная идея Феодора заключалась в желании произвести впечатление на татар, которых он боялся. Император принял послов, сидя на высоком троне с мечом в руках. Византийские историки сохранили детальное описание приема.

Современный историк заметил, что Феодор «был, одним словом, комком нервов и интересным случаем для современного специалиста по изучению деятельности мозга» и что его «короткое царствование, длившееся менее четырех лет, не позволило ему оставить более значительный след в истории своего времени». Позже, наконец, было сказано, что «в Феодоре особенно чувствовалось то, что можно назвать просвещенным абсолютизмом». Конечно, царствование Феодора было слишком коротким, чтобы можно было вынести окончательное суждение о его значении. Однако в истории Никеи его имя всегда будет вспоминаться с почетом за продолжение успешной внешней политики своего отца и за свою собственную устремленность к знаниям и культуре.

Преемником Феодора II был несовершеннолетний сын его Иоанн IV (1258—1261), который не мог, даже при помощи назначенного регента, справиться со сложными государственными делами. В это время и сыграл решающую роль хитрый, обуреваемый честолюбивыми замыслами, «буйный интриган и бесчестный лицемер, но способный офицер», Михаил Палеолог, родственник Иоанна Ватаца, находившийся не раз в подозрении у него и Феодора II и, несмотря на это, занимавший ответственные посты, сумевший в опасные моменты скрываться, бежавший на некоторое время даже ко двору Иконийского султана. Бурное время требовало сильной власти. Михаил Палеолог сумел воспользоваться обстоятельствами и в 1259 году был коронован в императоры.

Главная внешняя опасность для балканских владений Никейской империи грозила со стороны Эпирского деспота, которому удалось создать против империи союз из деспотата, Сицилийского короля, родственника деспота и побочного сына Фридриха II Манфреда, и Ахайского князя Вильгельма Виллардуэна. После ряда успешных военных действий Михаила Палеолога против коалиции решительная битва произошла в 1259 году в западной Македонии, на равнине Пелагонии, около города Кастории. В войске Михаила, кроме греков, участвовали турки, куманы, славяне. Пелагонийское, или Касторийское, сражение закончилось полным поражением союзников. Ахайский князь попал в плен. Хорошо вооруженное войско западных рыцарей бежало перед легко вооруженными вифинскими, славянскими и восточными отрядами. «Может быть, — читаем мы в одном из новейших трудов по истории Никейской империи, — случилось в первый раз, что турки сражались против греков на греческой земле и в данном случае на греческой службе». Современник сражения, Георгий Акрополит, дает такую оценку этой битве: «Наши при посредстве императорских советов одержали столь великую победу, что слава о ней обошла все концы земли: немного таких побед видело солнце». Михаил Палеолог по поводу этого сражения восклицает: «Вместе с ними [2] и их союзниками, имевшими при себе вождя в виде князя Ахайского, кого я победил? Аламанов, сицилийцев, итальянцев, пришедших из Апулии, из страны япигов и Брундузия, из Вифиния, Эвбеи и Пелопоннеса».

Сражение при Кастории имело решающее значение для восстановления Византийской империи. Владения Эпирского деспота были сведены к его родовым владениям в Эпире. Латинская империя не могла полагаться на потерпевшее поражение Ахайское княжество, тем более, что во главе ее стоял слабый и безвольный Балдуин II.

Между тем, чтобы еще более обеспечить себе успех окончательного удара по Константинополю, Михаил Палеолог заключил договор с генуэзцами. Торговые интересы Генуи и Венеции сталкивались на Востоке повсюду. После четвертого Крестового похода и основания Латинской империи Венеция, как известно, стала исключительной торговой силой в латинских владениях Востока, с чем Генуя примириться никак не могла. Зная это, Михаил вступил в соглашение с генуэзцами, которые хотя и знали, что соглашение их со схизматическими греками вызовет суровое осуждение папы и Запада вообще, тем не менее были настолько охвачены желанием вытеснить венецианских соперников с Востока, что пренебрегли этим и заключили договор с Михаилом.

В марте 1261 года, в Нимфее был подписан весьма важный договор, который гарантировал генуэзцам торговое господство в Леванте, которым так долго пользовались венецианцы. Это был на деле оборонительный и наступательный союз против Венеции. Свободная торговля была навсегда гарантирована генуэзцам во всех настоящих и будущих провинциях империи. Договор содержал весьма важные привилегии генуэзцам в Константинополе и на островах Крит и Эвбея, если Михаил, «благодаря милости Божьей» сможет их отвоевать. «Смирна, прекрасный город для торговли, имеющий морской порт и изобилие во всем» был отдан под прямой и неограниченный контроль генуэзцев. Торговые центры с церквями и представительствами были открыты на островах Хиос и Лесбос и в некоторых других местах. Черное море (majus mare) было закрыто для всех иностранных торговцев, кроме генуэзцев и пизанцев, преданных подданных Михаила. Со своей стороны, генуэзцы брали на себя обязательство обеспечить подданным императора свободу торговли, поддерживать их флот при том условии, что корабли не будут направлены против папы и друзей Генуи. Генуэзский флот играл большую роль в планах Михаила по завоеванию Константинополя. Договор был ратифицирован в Генуе за несколько дней до того, как Константинополь был завоеван войсками Михаила. Это была блистательная победа для Генуи, которая после побед Саладина в Сирии понесла тяжелые потери. Это была новая страница ее экономической истории. «Мощь колониальной жизни XIII века представляет собой разительный контраст с нерешительным и застойным характером аналогичных явлений в веке двенадцатом. Причину этого явления следует искать в большем опыте, лучшей организации и особенно в поразительном развитии торговли».

25 июля 1261 г., не произведя ни единого выстрела, отряды Михаила вошли в Константинополь. Сам Михаил был в это время в Малой Азии, где он и узнал новость о том, что Константинополь взят. Он немедленно отправился в путь и в начале августа вошел в город, приветствуемый радостными возгласами населения. Вскоре была осуществлена его вторичная коронация в соборе Св. Софии. Балдуин II убежал на Эвбею (в Негропонте). Латинский патриарх и основное количество католического духовенства имели достаточно времени для того, чтобы оставить город до того, как он был взят. По приказу Михаила несчастный Иоанн IV Ласкарь был ослеплен. Михаил Палеолог сделался восстановителем Византийской империи, Михаилом VIII, основателем последней византийской династии Палеологов, сумевшим воспользоваться тем, что было уже сделано Никейскими императорами. Столица была перенесена из Никеи в Константинополь.

Беглый латинский император Балдуин перебрался с Эвбеи в Фивы и затем в Афины. Там «на священном афинском Акрополе разыгралась последняя жалкая сцена короткой драмы Латинской империи Константинополя. Потом Балдуин отправился из Пирея в Монемвасию и, оставив в Морее большую часть своей свиты, отплыл в сторону Европы просить помощи в своем проигранном деле и играть грустную роль императора в изгнании».

Таким образом, Латинская империя «создание крестоносного западного рыцарства, эгоистической торговой политики Венеции и иерархической идеи папства, пала, оставив по себе разрушение и анархию. Это уродливое рыцарское феодальное государство латинян принадлежит к незначительнейшим явлениям истории. Софистическое положение немецкого философа, который утверждал, что все существующее разумно, является здесь просто абсурдом». Другой немецкий историк заметил: «Латинский позор стал достоянием прошлого».