«…В подавляющем большинстве случаев мы не знаем, за что казнены были люди, имена которых встречаются в перечне Синодика, сообщениях иностранцев и сочинении Курбского» (Б.Н. Флоря). Суммарная оценка столь разнородных источников не может удовлетворить нас. Трудно найти более тенденциозный источник, чем «История» Курбского. Нет более надежного источника по истории террора, чем Синодик — конспект утраченного опричного архива. Синодик позволяет установить не только причины, но и многие обстоятельства гибели опальных. Следует подчеркнуть, что речь идет не о толках или рассказах с чужих слов, а о выписках из подлинных опричных судебных документов.

Выписки Синодика вводят нас в самый центр грандиозного политического процесса, получившего наименование «новгородского изменного дела». Синодик позволяет установить, что главной фигурой этого процесса был Василий Дмитриевич Данилов, глава одного из приказных ведомств столицы.

Изборское дело подорвало доверие Грозного к своим «верникам» — дьякам, «писарям». Дело Данилова укрепило его подозрения. В известной мере это дело предопределило судьбу шести главных московских дьяков. В Новгороде вместе с Даниловым был казнен один из видных столичных дьяков — Иван Юрьев. В Дворовой тетради середины XVI в. он был записан как «большой дьяк». В этом чине Юрьев присутствовал на Земском соборе 1566 г.

Дело об отравлении царской семьи оставалось главным стержнем новгородского процесса. Вместе с Даниловым на Городище был казнен слуга князя Владимира новгородский помещик, сын боярский Иван Сысоев. Из слуг архиепископа Пимена вместе с Даниловым погиб сын боярский Третьяк Пешков, лицо второстепенное. Владычные бояре, дьяки и прочие высокопоставленные члены Софийской администрации были арестованы, но их казнь была отложена.

В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Глава церкви и епископы поспешили публично осудить жертвы опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».

Вопреки традиционному мнению суд над Пименом вовсе не был центральным эпизодом государева разгрома Новгорода. Как раз наоборот, подлинный сыск по делу архиепископа опричники решили перенести на московскую почву, чтобы изобличить московских участников заговора и преподать урок боярской Москве. Там Пимену и его окружению предстояло держать ответ за мнимый заговор. Там же предполагалось провести публичную казнь главных изменников.

Тотчас после расправы над новгородцами Посольский приказ составил подробный наказ для русских дипломатов в Польше. Если поляки спросят о казнях в Новгороде, значилось в наказе, то на их вопрос должно отвечать ехидным контрвопросом: «Али вам то ведомо?» и «Коли вам то ведомо, а нам что и сказывати? О котором есте лихом деле с государскими изменники через лазучьством ссылались и Бог ту измену государю нашему объявил и потому над теми изменниками так и ссталось».

В дни новгородского разгрома в Москву прибыл с польским посольством венецианец аббат Джерио. Ему удалось собрать ценные сведения о только что происшедших событиях. По словам аббата, царь разорил Новгород «вследствие поимки гонца с изменническим письмом». Приведенные выше известия, исходившие от дипломатов, принадлежат к числу самых ранних и достоверных свидетельств. Источник более позднего происхождения — новгородская летопись сохранила предание о лазутчике Петре Волынце (Волынь была польской провинцией), будто бы явившемся главным виновником трагедии. «Некий волынец волочащей именем Петр», проникший в Россию как бродяга, подделал грамоту за подписями архиепископа, всех первейших дворян и «граждан» Новгорода о желании их предаться польскому королю, подбросил эту грамоту в Софийский собор и тут же подал донос Грозному. Новгородцы, которым предъявлена была грамота Петра, растерянно сказали: «От подписей рук наших отпереться не можем, но что мы королю польскому поддаться хотели или думали, того никогда не было». Результатом явился новгородский погром. Так излагал события поздний летописец, переложивший вину за трагедию с царя на бродягу.

Авторитетные документы времени Грозного позволяют уточнить историю о литовском лазутчике и доставленном им письме. Согласно архивной описи 70-х годов XVI в., в царском архиве хранилась отписка «из Новагорода от дьяков Андрея Безсонова да от Кузьмы Румянцева о польской памяти». Названные в отписке лица были главными дьяками Новгорода, казненными за измену в пользу польского короля.

Конюший Федоров поспешил выдать литовского лазутчика царю. Так же поступили новгородские дьяки в 1569 г. Они сами известили государя о «польской памяти».

Скорее всего «память» попала к ним в руки в виде подметного письма. Иначе имя пойманного лазутчика запечатлелось бы в дипломатической переписке и в Синодике.

Царь счел «польскую память» достаточным доказательством измены неверных новгородцев.

Источники позволяют объяснить, как псковское дело окончательно превратилось в новгородское изменное дело. Решающее значение имело, по-видимому, внешнее вмешательство.

Литовское подметное письмо носило откровенно провокационный характер. Литовцы постарались скомпрометировать в глазах опричных руководителей их же угодника и пособника архиепископа Пимена как главу заговора. В иных условиях царь не придал бы значения фальшивке. Но навет пал на подготовленную почву.

Конфликт с церковью не был исчерпан. Духовенство негодовало, расценивая низложение Филиппа как недопустимое вмешательство в церковные дела. Фактически с согласия царя Малюта задушил низложенного Филиппа. Об этом страшном преступлении вскоре заговорила вся Россия. Слободской игумен одержал верх над соловецким. Но моральная победа досталась тому, кто принял мученическую смерть во имя спасения ни в чем не повинных душ.