После низложения Симеона «двор» не был упразднен, а лишь подвергся новой реорганизации. В ведении «дворового» правительства остались почти все главнейшие территории «удела», включая Псков и Ростов, а также Поморье с Двинской землей. К этим землям была присоединена бывшая опричная периферия — Козельск, Вологда и Каргополь. Присоединение северного комплекса земель преследовало вполне определенную цель: увеличение доходов «дворового» ведомства. Во «дворе» функционировали такие приказы, как Двинская четверть, «дворовый» Большой приход, «дворовый» Разряд и т. д. Они располагались в Москве на «дворовой» стороне, отдельно от земских приказов. В военных ведомостях 1577-1579 гг. четко разфаничивались «дворовые» и «земские» чины. В глазах современников «двор» выглядел зловещим призраком опричнины, но эти учреждения все же существенно различались между собой. Основное различие состояло, возможно, в том, что «двор» не был связан с определенной территорией столь жестко, как опричнина или «удел». Иначе говоря, «двор» рассматривался скорее как особое войско царя, чем особые территориальные владения, в которых царь был удельным государем. Во главе «двора» стояли те же «ближние» думные чины, которые возглавляли «удел» Иванца Московского. То были думные дворяне А.Ф. Нагой, Б.Я. Бельский, а также Годуновы.

В условиях военного поражения «дворовое» правительство ввело в жизнь чрезвычайные меры с целью покрытия военных расходов и поддержания дворянского ополчения. Собор, созванный в Москве в январе 1580 г., утвердил приговор о церковных землях. Приговор воспрещал духовенству приобретать новые земли и одновременно предусматривал возможность полного отчуждения у монастырей всех княжеских вотчин, когда бы то ни было перешедших в их владение: «…а которые покупали княженецкие вотчины, и те вотчины взята на государя, а в деньгах ведает Бог да государь».

Наследие удельного времени — обломки вотчинного землевладения суздальской и прочей знати — давно было предметом вожделения казны. В годы опричнины княжеское землевладение пережило подлинную катастрофу, которая привела к неслыханному обогащению монастырей, прибравших к рукам земли опальных. «Дворовое» правительство не хотело допустить возврата земель к старым землевладельцам и с этой целью воспретило вотчинникам выкупать у церкви родовые земли. Подобная уступка духовенству носила преимущественно декларативный характер, поскольку она не распространялась на самую ценную категорию земель — княжеские вотчины, на которые претендовала казна. Антимонастырские меры, провозглашенные «дворовым» правительством, в конечном счете должны были способствовать расширению поместного фонда земель и тем самым поддержанию скудеющего дворянства.

В обстановке военного поражения власти осуществили чрезвычайные финансовые меры с целью изыскания средств на войну. Они обложили дополнительными поборами всю «землю», в особенности черносошные (государственные) земли Севера и Поморья.

Крупные суммы были взысканы с городов и купечества. Одна только английская купеческая компания должна была заплатить в несколько приемов 2000 рублей.

Описанные финансовые меры затронули все слои населения. Усиление налогового бремени оказало пагубное влияние на экономику страны, переживавшую кризис.

Истоки кризиса второй половины XVI в. обычно связывают с ростом податей, опричниной и войной, а его основные признаки усматривают в длительном и катастрофическом сокращении посевных площадей, обнищании крестьян, убыли сельского и городского населения. Предполагается, что признаки упадка накапливались постепенно на протяжении двух десятилетий, пока в начале 80-х годов наконец не наступила разруха. При таком взгляде на ход кризиса не учитывается один важный факт, ускользавший до сих пор из поля зрения исследователей.

Известно, что в начале XVII в. экономика страны была подорвана трехлетним голодом 1601-1603 гг. Сходное происхождение имело и «великое разорение» 70-80-х годов, у которого также существовал свой порог — трехлетний голод и чума 1569-1571 гг. Последствия опричного погрома не шли ни в какое сравнение с грандиозными стихийными бедствиями, но так вышло, что казни и голод достигли апогея одновременно. При обычных условиях населению потребовалось бы для восстановления производства одно-два десятилетия. Но шла война, государство облагало податные сословия усиленными поборами, и в итоге налоги стали главным фактором дальнейшего упадка экономики, охватившего и сельское и городское население.

От разорения более всего пострадали города Центра и Северо-Запада. Население Москвы сократилось втрое. Обезлюдели сельские местности. На протяжении сотен верст путешественники встречали лишь заброшенные деревни. Крестьяне уходили на окраины. Те, кто оставался в насиженных местах, сокращали запашку, чтобы избежать разорительных государевых податей. На единицу тяглового обложения — обжу — в старину приходилось от одного до трех крестьянских дворов, в годы разорения — от четырех до восьми и более. Экстренные поборы последних военных лет оказались для крестьянина с крохотным наделом вовсе непосильными.

Убыль населения и сокращение наделов привели к тому, что большая часть земель в государстве перестала обрабатываться. Ко времени смерти Грозного в Московском уезде не засевалось 5/6 пашни. В опустошенной неприятелем Новгородской земле крестьяне обрабатывали едва ли 1/13 пашни. Новгородские села и деревни походили на громадные кладбища, среди которых кое-где бродили еще живые люди.

Великое разорение расстроило традиционные отношения между крестьянами и землевладельцами. Дворяне все чаще нарушали нормы Юрьева дня и прибегали к насилию. Возникла ситуация, ярко изображенная Поместным приказом: «…переходом крестьян причинилися великие кромолы, ябеды и насилия немощным от сильных».

В условиях разрухи дворянское оскудение приобрело широкие масштабы. Владельцы мелких поместий лишились большинства крестьян. Писцовые книги запестрели пометами о разоренных помещиках, из которых одни сошли «в нищих» и скитались «меж дворы», другие померли, а «дети под окны волочатца». Утомленные войной дворяне растеряли прежнюю воинственность и не заявляли более, что готовы положить голову за одну десятину государевой земли. В Польшу приходили вести о том, что московские служилые люди обратились к царю с настойчивой просьбой закончить войну, поскольку им невозможно служить, имея запустевшие поместья.