До поры до времени влиятельному церковному руководству удавалось удерживать царя от окончательного разрыва с его могущественными вассалами. Престарелый осифлянин митрополит Макарий всегда ратовал за укрепление власти московского государя, отстаивал официальную теорию самодержавия и догмат о его божественном происхождении. Но в минуту острого конфликта он не упускал случая заступиться за опальных князей. Его усилия, впрочем, не всегда достигали цели. Доказательством тому служила расправа с семьей удельных князей Воротынских и преследование родственников Адашева.

Царь затеял суд над семьей Адашева после того, как получил донос от боярина М. Я. Морозова, бывшего члена Ближней думы. В дни полоцкого похода Морозов находился в почетной ссылке на воеводстве в Смоленске. После взятия Полоцка в его руки попал литовский пленник, рассказавший о том, что литовцы спешно стягивают силы к Стародубу, наместник которого обещал им сдать крепость. Морозов поспешил сообщить о показаниях пленника царю. Иван придал отписке Морозова самое серьезное значение. Стародубские воеводы были арестованы и преданы суду. И хотя показания пленного более всего компрометировали наместника Стародуба князя Василия Фуникова, пострадал не он, а его заместитель — воевода Иван Шишкин-Ольгов, родня Адашева-Ольгова. Власти обвинили в измене всех родственников покойного правителя. На плаху посланы были его брат окольничий Данила Адашев с сыном, тесть Петр Туров, их родня Сатины. Суд над стародубскими изменниками повлек за собой массовые преследования в отношении многочисленных приверженцев павшего правительства. По свидетельству современников, власти составили обширные проскрипционные списки. В них стали записывать «сродников»

Сильвестра и Адашева, и не только «сродников», но и «друзей и соседов знаемых, аще и мало знаемых, многих же отнюдь и не знаемых». Многих из арестованных мучили «различными муками» и ссылали на окраины «в дальние грады». Стародубское дело наэлектризовало политическую атмосферу до крайних пределов и вызвало первую вспышку террора. 3 декабря 1563 г. митрополит Макарий известил царя, что намерен оставить митрополию и «отъити на молчалное житие» в Пафнутьев Боровский монастырь, где некогда принял пострижение. Владыка был удручен старостью и болезнями. Этим объясняется его решение. Однако Иван IV боялся, что его недруги истолкуют отставку главы церкви по-своему.

Вместе с наследником Грозный посетил митрополичье подворье и «со слезами» молил владыку отказаться от своего решения. С той же целью к Макарию приезжала царица Мария Кученей. Лишь 21 декабря Макарий дал себя уговорить. Вздохнув с облегчением, монарх велел митрополичье отреченное послание «дранию предати пред его очами». Однако 31 декабря 1563 г. престарелый митрополит умер.

Церковь лишилась опытного и авторитетного руководителя, с которым считались и взбалмошный царь, и бояре. Духовенству все труднее было ладить с самодержцем.

Смерть Макария развязала руки Грозному. Начавшиеся репрессии выдвинули на авансцену новую фигуру — боярина Алексея Басманова-Плещеева. Он происходил из семьи, издавна близкой к царской фамилии. Отец его служил постельничим у Василия III. Сам Алексей Басманов преуспел на военной службе. Он отличился под стенами Казани и в знаменитой битве с татарами при Судьбищах. В первые дни Ливонской войны Басманов, обладая небольшими военными силами, овладел неприступной Нарвой.

Выступив одним из инициаторов войны за Прибалтику, воевода снискал расположение Ивана IV, а затем стал его главным советником.

Переориентация всей внешней политики России сопровождалась переменами в составе думского руководства. Война в Прибалтике сделала настоятельной необходимостью заключение мира с Крымской ордой. Добиваясь мира, Грозный в марте 1563 г. наказал послу в Крыму Афанасию Нагому объявить татарам, что с ханом его, царя, ссорили «ближние люди» — Алексей Адашев, Иван Большой Шереметев и дьяк Иван Висковатый, за что изменники ныне наказаны. Адашева уже не было в живых. Зато печатник Висковатый в 1562-1563 гг. был отослан из Москвы с посольством в Данию, что было знаком падения его влияния при дворе. Посольство выехало в Копенгаген сразу после того, как Алексей Басманов завершил переговоры с датскими послами в Москве. После возвращения в Россию дьяку не вернули пост главы Посольского приказа, переданный дьяку Андрею Васильеву.

Самый влиятельный из трех названных лиц, Иван Шереметев, не подвергался видимой опале еще целый год. Его позиции в Боярской думе были достаточно прочными благодаря родству с Захарьиными. Но правление Захарьиных приближалось к концу. Басманов хорошо видел это и старался ускорить их падение. Когда он затеял местнический спор с Шереметевым и выиграл дело, всем стало ясно, что старое правительство не пользуется более влиянием. Близкий родственник Захарьиных Иван Большой Шереметев в течение полутора десятилетий входил в Ближнюю думу царя. Он имел немалые военные заслуги и занимал исключительно высокую ступень на местнической лестнице. Но все это не остановило Басманова.

По времени возвышение Басманова весьма точно совпало с началом целой полосы гонений против знати. Новый любимец царя выступил как сторонник насильственных методов подавления боярской оппозиции. Одной из первых жертв Басманова стала семья Шереметевых. Едва кончилась их местническая тяжба, как бояре братья Иван и Никита Шереметевы были взяты под стражу.

Царь велел оковать Ивана Шереметева большой цепью «по вые, по рукам и по ногам». Пояс ему заменили толстым железным обручем, к которому привесили тяжелый груз.

Один из самых популярных деятелей предыдущего периода — Шереметев — имел большие заслуги перед государством, и Грозный не решился его казнить, но отобрал у него имущество. Никита Шереметев был удавлен в тюрьме, а Иван Большой освобожден за поручительством конюшего Ивана Федорова-Челяднина и 80 других членов Государева двора. Захарьины не смогли предотвратить расправу над Шереметевыми.

В начале 1564 г. царю доложили о гибели его армии в Литве. Первые известия о поражении были сильно преувеличены. Главный воевода пропал без вести, и никто не мог определить размеров катастрофы. Грозный подозревал, что его военные планы были выданы литовцам вождями боярской оппозиции. Не медля ни минуты, он отдал приказ о казни двух заподозренных в измене бояр. Царские слуги арестовали в церкви во время всенощной князя Репнина и убили его на улице. Спустя несколько часов на утренней молитве убит был князь Кашин.