Свои взгляды на соотношение светской и церковной власти Грозный высказал после разрыва с наставником. В приписке к парадной летописи — Царственной книге — он обрушился на Сильвестра за то, что тот узурпировал всю власть в государстве:

«Владяше обема властми, и святительским и царским, яко же царь и святитель, точию имени и образа и седалища не имеяше святителскаго и царьского, но поповское имеяше». Более всего Грозного возмущало то, что Сильвестр, имея «поповское седалище», подчинил себе «царствие».

Церковь в Древней Руси была основана византийским патриархом. На протяжении нескольких столетий ее возглавляли византийские иерархи. Характерной чертой византийского общества было подчинение церковной власти государству. Эта традиция просуществовала до времен Грозного и даже усилилась в связи со становлением самодержавия.

Московская военно-служилая система не могла существовать без постоянных завоевательных войн. Русская церковь стремилась придать этим войнам религиозную окраску. Войны против «неверных» агарян — казанских татар — стали своего рода крестовым походом на Восток.

Появление в составе России обширных территорий, населенных иноверцами и управляемых светской администрацией, расширило сферу вмешательства царя в церковные дела.

Грозный видел свою историческую миссию в расширении пределов православного царства и покорении извечных врагов христиан — «бесерменов». В то же время царь искал опору в среде казанской знати. Тех, кто соглашался сотрудничать с Москвой, охотно принимали на царскую службу.

Грозный ценил знатность в подданных и гордился тем, что ему служат высокородные татарские цари, потомки Чингисхана. Он многократно назначал служилых царей на самые высокие посты в своей армии, включая пост главнокомандующего. Но назначения такого рода были чисто номинальными.

Московское правительство стремилось оторвать татарских «царевичей» от их степных кочевий и переселить вместе с их войском и «двором» на Русь. Некоторые из переселенных «царей» и «царевичей» получили возможность сохранить религию предков. Их сажали «на царство» в Касимове, а также на «уделы» в Юрьеве и Романове. Крещеные «царевичи» держали земли в Звенигороде, Суражике и иных местах.

В Касимове и «уделах» татарские владыки имели собственную администрацию, творили суд и расправу, отправляли свои религиозные обряды. Как заявляли русские послы за рубежом, в переданных ханам городах «мусульманские веры люди по своему обычаю и мизгити и кишени держат, и государь их ничем от их веры не нудит и мольбищ их не рушит, всякой иноземец в своей вере живет». Во владениях мусульманских ханов жили не только татары, но и православное русское население. Права мусульманских ханов в отношении этих двух групп населения были неодинаковы. Касимовские ханы выступали как удельные владыки по отношению к татарскому населению и как кормленщики по отношению к русскому населению, отданному под их власть.

Золотая Орда в период своего господства над Русью не чинила притеснений православной церкви. Опыт мирных отношений с мусульманским миром не был отвергнут Россией. Русские власти никогда не предпринимали попыток к полному искоренению ислама в пределах православного царства.

Завоевание ливонских городов поставило царя лицом к лицу с проблемой управления протестантской провинцией. Многие крепости и замки в Ливонии открыли ворота перед царем, получив от него или его бояр обещание «не выводить» местное население в глубь России. Обязательство было грубо нарушено. Под предлогом «измены» бюргеры Дерпта и других замков были переселены во Владимир, Кострому, Нижний Новгород и Углич.

Выселения вызвали крайнюю тревогу у церковного руководства. Опасаясь, как бы «прескверные люторы» не занесли ересь на Святую Русь, высшие иерархи предлагали принудительно крестить их в православную веру. Однако царь не желал отталкивать от себя ливонских дворян-протестантов. Еще в 1569-1570 гг. в Москву был приглашен герцог Магнус, бедный родственник датского короля «с какой-то противоестественной внешностью». Герцог получил от царя титул короля Ливонии и в придачу крохотный замок Полчев (Оберпален) с округой. Этот городок и стал столицей его королевства. Грозный сосватал Магнусу племянницу Евфимию Старицкую и обещал дать за ней богатое приданое.

Согласно договору, Грозный обязался передать Магнусу все свои владения в Ливонии после того, как под его власть перейдут Рига и Ревель.

Невеста Магнуса умерла во время чумы. Тогда королю сосватали другую дочь князя Владимира Старицкого. 12 апреля 1573 г. Магнус отпраздновал свадьбу с 13-летней княжной Марией. Грозный не стал принуждать нового слугу к переходу в православную веру. Разряд свадебной церемонии предусматривал участие двух священников — ксендза и православного попа. Инструкция предписывала «обручать и переменять перстни на месте у короля попу римскому, а княжну обручать попу русскому по греческому закону». Высшее духовенство не одобряло уступок латинянам, но никто не смел перечить самодержцу.

Высшее духовенство требовало запретить ливонским переселенцам-протестантам отправление их культа. Но Грозный отверг домогательства такого рода. Немецкие купцы с похвалой отзывались о веротерпимости Ивана IV и его расположении к немцам. Царь, передавали они, обнаруживает обширные познания в религиозных вопросах. Он охотно ведет диспуты на догматические темы, особенно с ливонскими пленниками, разбирает различия между православием и католичеством и якобы серьезно думает о соединении церквей. Доброжелатели царя — немецкие купцы не упомянули о том, что московский царь был человеком вспыльчивым и диспуты с ним не всегда имели мирный исход.

В 1577 г. Грозный затеял спор с лютеранским проповедником Мартином Нандельштетом, встреченным случайно на улицах Кокенхаузена. Когда пастор сравнил Лютера с апостолом Павлом, самодержец пришел в ярость и огрел его кнутом по голове. Немного успокоившись, он продолжил беседу и даже просил проповедника изложить письменно, «что их вера». Из дальнейших вопросов царя следовало, что его живо интересовала реформа церковных обрядов, проведенная Лютером.