Перед смертью Василий III просил Глинского позаботиться о безопасности своей семьи. «Пролей кровь свою и тело на раздробление дай за сына моего Ивана и за жену мою…» — таково было последнее напутствие великого князя. Князь Михаил не смог выполнить данного ему поручения по милости племянницы, великой княгини.

Австрийский посол Герберштейн объяснял гибель Глинского тем, что он пытался вмешаться в интимную жизнь Елены и настойчиво убеждал ее порвать с фаворитом. Герберштейн был давним приятелем Глинского и старался выставить его поведение в самом благоприятном свете. Но он мало преуспел в своем намерении. Об авантюрных похождениях Глинского знала вся Европа. Могло ли моральное падение племянницы в самом деле волновать престарелого авантюриста? В этом можно усомниться.

Столкновение же между Овчиной и Глинским всерьез беспокоило вдову и ставило ее перед трудным выбором. Она либо должна была удалить от себя фаворита и окончательно подчиниться семибоярщине, либо, пожертвовав дядей, сохранить фаворита и разом покончить с жалким положением княгини на вдовьем уделе. Мать Грозного выбрала второй путь, доказав, что неукротимый нрав был фамильной чертой всех членов этой семьи. Елена стала правительницей вопреки ясно выраженной воле Василия III. С помощью Овчины она совершила подлинный переворот, удалив из опекунского совета сначала Михаила Глинского и Михаила Воронцова, а затем князя Андрея Старицкого.

Поздние летописи объясняли опалу Глинского и Воронцова тем, что они хотели держать «под великой княгиней» Российское царство, иначе говоря, хотели править за нее государством. Летописцы грешили против истины в угоду царю Ивану IV, считавшему мать законной преемницей отцовской власти. На самом деле Глинский и Воронцов правили по воле Василия III, который назначил их опекунами своей семьи.

Но с того момента, как Боярская дума взяла верх над семибоярщиной, законность обернулась беззаконием: боярскую опеку над великой княгиней стали квалифицировать как государственную измену.

О Глинском толковали, будто он отравил Василия III и хотел выдать полякам семью великого князя. Но этим толкам трудно верить. На самом деле князь Михаил погиб потому, что был чужаком среди московских бояр. Уморив Глинского в тюрьме, власти «забыли» наказать Воронцова. Его отправили в Новгород, наделив почетным титулом главного воеводы и наместника новгородского. Подобные действия обнаружили всю пустоту официальных заявлений по поводу заговора Глинского и Воронцова. Самый влиятельный из вождей семибоярщины, Юрьев, подвергся аресту еще до того, как взят был под стражу Глинский. Но он понес еще более мягкое наказание, чем Воронцов. После недолгого заключения его освободили и оставили в столице. Юрьев заседал в Боярской думе даже после того, как его двоюродный брат бежал в Литву.

Андрей Старицкий, младший брат Василия III, который владел обширным княжеством и располагал внушительной военной силой, после крушения семибоярщины укрылся в удельной столице — городе Старице. Однако сторонники Елены не оставили его в покое. Князю велели подписать «проклятую» грамоту о верной службе правительнице.

Опекунские функции, которыми Василий III наделил брата, были аннулированы. Живя в уделе, Андрей постоянно ждал опалы. В свою очередь, Елена подозревала бывшего опекуна во всевозможных кознях. По совету Овчины она решила вызвать Андрея в Москву и захватить его. Удельный князь почуял неладное и отклонил приглашение, сказавшись больным. При этом он постарался убедить правительницу в своей лояльности и отправил на государеву службу почти все свои войска. Этой его оплошностью сразу воспользовались Глинская и ее фаворит. Московские полки скрытно двинулись к Старице. Предупрежденный среди ночи о подходе правительственных войск, Андрей бросился из Старицы в Торжок. Отсюда он мог уйти в Литву, но вместо того повернул к Новгороду. С помощью новгородских дворян бывший глава семибоярщины надеялся одолеть Овчину и покончить с его властью.

«Князь великий мал, — писал Андрей новгородцам. — Держат государство бояре, и яз вас рад жаловати». Хотя некоторые дворяне и поддержали мятеж, Андрей не решился биться с Овчиной и, положившись на его клятву, отправился в Москву, чтобы испросить прощение у невестки. Как только удельный князь явился в Москву, его схватили и «посадили в заточенье на смерть». На узника надели некое подобие железной маски — тяжелую «шляпу железную» и за полгода уморили в тюрьме. По «великой дороге» от Москвы до Новгорода расставили виселицы. На них повесили дворян, вставших на сторону князя Андрея. Князь Михаил Глинский и брат великого князя Андрей были «сильными» людьми семибоярщины. Их Овчина наказал самым жестоким образом. Другие же душеприказчики Василия III — князья Шуйские, Юрьев и Тучков — заседали в думе до смерти Елены Глинской. По-видимому, именно в кругу старых советников Василия III созрели проекты важнейших реформ, осуществленных в те годы.

Бояре начали с изменений в местном управлении. Они возложили обязанность преследовать «лихих людей» на выборных дворян — губных старост, то есть окружных судей (губой называли округ). Они позаботились также о строительстве и украшении Москвы и провели важную реформу денежной системы. Дело в том, что с расширением товарооборота требовалось все больше денег, но запас драгоценных металлов в России был ничтожно мал. Неудовлетворенная потребность в деньгах вызвала массовую фальсификацию серебряной монеты. В городах появилось большое число фальшивомонетчиков. И хотя виновных жестоко преследовали, секли им руки, лили олово в горло, ничего не помогало. Радикальное средство для устранения кризиса денежного обращения нашли лишь в правление Елены Глинской, когда власти изъяли из обращения старую разновесную монету и перечеканили ее по единому образцу.

Основной денежной единицей стала серебряная новгородская деньга, получившая наименование «копейка» — на «новгородке» чеканили изображение всадника с копьем (на старой московской деньге чеканили всадника с саблей). Полновесная новгородская «копейка» вытеснила легкую московскую «сабляницу».