Ни в одной другой земле мероприятия, призванные гарантировать объединение, не проводились с такой последовательностью, как в Новгороде. Ко времени опричнины в Новгородской земле прочно утвердились московские порядки. Москва постоянно назначала и сменяла всю приказную и церковную администрацию Новгорода, распоряжалась всем фондом новгородских поместных земель. Влияние новгородской церкви и приказных людей на местное управление заметно усилилось после упразднения новгородского наместничества в начале 60-х годов. Местный приказной аппарат, целиком зависевший от центральной власти, служил верной опорой монархии. То же самое можно сказать и относительно новгородской церкви. Несмотря на безусловную лояльность архиепископа Пимена и новгородской администрации, царь Иван и его сподвижники не доверяли новгородцам и недолюбливали Новгород.
Опричнина умножила опасные симптомы недовольства в среде земских дворян Новгорода. Царь закрыл новгородцам доступ на опричную службу, и они испытали на себе произвол опричнины. Неудивительно, что уже в первых опричных процессах замелькали имена новгородцев.
Одной из причин антиновгородских мероприятий опричнины было давнее торговое и культурное соперничество Москвы и Новгорода. Но несравненно более важное значение имело обострение социальных противоречий в Новгородской земле, связанное с экономическим упадком конца 60-х годов. В жизни некогда независимых республик Новгорода и Пскова социальные контрасты проявлялись в особенно резкой форме. Массовые выселения конца XV в. не затронули основного посадского населения — «меньших людей», оставшихся живыми носителями демократических традиций новгородской старины. В этой среде сохранился изрядный запас антимосковских настроений, питаемых и поддерживаемых злоупотреблениями власть имущих. С давних пор авторитет московской администрации в Новгороде стоял на весьма низком уровне, подтверждением чему может служить «Сказание о градех» — старинный памятник новгородского происхождения. В Новгороде, читаем там, царят всевозможные непорядки, самый большой из них — непослушание и буйство «меньших» людей: бояре в Новгороде «меньшими людьми наряжати не могут, а меньшие их не слушают, а люди сквернословы, плохы, а пьют много и лихо, только их Бог блюдет за их глупость». Приведенные строки из старинного «Сказания» не утратили актуальности ко времени опричнины. Пресловутый новгородский сепаратизм был лишь побочным продуктом глубоких социальных противоречий. Голод, охвативший Новгород накануне опричного нашествия, усилил повсюду элементы недовольства.
Опричные власти сознавали опасность положения и пытались бороться с ним, учиняя дикие погромы и усиливая террор против низов.
